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- EMDB-2655: Electron Cryo-microscopy of Venezuelan Equine Encephalitis Virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2655
タイトルElectron Cryo-microscopy of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 in complex with neutralizing antibody Fab 3B4C-4
マップデータReconstruction of VEEV TC-83 in complex with a Fab fragment from neutralizing antibody 3B4C-4.
試料
  • 試料: VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4.
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4
キーワードAlphavirus / Venezuelan / antibody neutralization / Fab
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Porta JC / Jose J / Roehrig JT / Blair CD / Kuhn RJ / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Locking and blocking the viral landscape of an alphavirus with neutralizing antibodies.
著者: Jason Porta / Joyce Jose / John T Roehrig / Carol D Blair / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: Alphaviruses are serious, sometimes lethal human pathogens that belong to the family Togaviridae. The structures of human Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), an alphavirus, in complex with ...Alphaviruses are serious, sometimes lethal human pathogens that belong to the family Togaviridae. The structures of human Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV), an alphavirus, in complex with two strongly neutralizing antibody Fab fragments (F5 and 3B4C-4) have been determined using a combination of cryo-electron microscopy and homology modeling. We characterize these monoclonal antibody Fab fragments, which are known to abrogate VEEV infectivity by binding to the E2 (envelope) surface glycoprotein. Both of these antibody Fab fragments cross-link the surface E2 glycoproteins and therefore probably inhibit infectivity by blocking the conformational changes that are required for making the virus fusogenic. The F5 Fab fragment cross-links E2 proteins within one trimeric spike, whereas the 3B4C-4 Fab fragment cross-links E2 proteins from neighboring spikes. Furthermore, F5 probably blocks the receptor-binding site, whereas 3B4C-4 sterically hinders the exposure of the fusion loop at the end of the E2 B-domain.
IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an alphavirus with a wide distribution across the globe. No effective vaccines ...IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is an alphavirus with a wide distribution across the globe. No effective vaccines exist for alphaviral infections. Therefore, a better understanding of VEEV and its associated neutralizing antibodies will help with the development of effective drugs and vaccines.
履歴
登録2014年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月18日-
マップ公開2014年6月25日-
更新2014年10月1日-
現状2014年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4uok
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4uok
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of VEEV TC-83 in complex with a Fab fragment from neutralizing antibody 3B4C-4.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.28 Å/pix.
x 256 pix.
= 1095.68 Å		4.28 Å/pix.
x 256 pix.
= 1095.68 Å		4.28 Å/pix.
x 256 pix.
= 1095.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.62350607 - 4.36190176
平均 (標準偏差)-0.00027812 (±0.48838764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1095.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.284.284.28
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1095.6801095.6801095.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-4.6244.362-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody...

全体名称: VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4.
要素
  • 試料: VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4.
  • ウイルス: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4

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超分子 #1000: VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody...

超分子名称: VEEV TC-83 in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 5.25 MDa / 理論値: 5.25 MDa / 手法: UV-VIS

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超分子 #1: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

超分子名称: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83) / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: VEEV / NCBI-ID: 11037
生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
Sci species strain: TC-83 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: VEEV
宿主生物種: Equus asinus (ロバ) / 別称: VERTEBRATES
Host system組換細胞: BHK-15
分子量実験値: 5.25 MDa / 理論値: 5.25 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E1E2 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4

分子名称: Fab fragments of neutralizing antibody 3B4C-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 50 mM TRIS-HCl, 100 mM NaCl, 0.1 M EDTA
グリッド詳細: 200 mesh Cu Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 130 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Grids prepared under BSL-2 hood / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 100 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 96,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 50.0 eV
日付2012年10月14日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 104 / 平均電子線量: 24 e/Å2 / Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60521 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected manually using the EMAN2 boxing program.
CTF補正詳細: Each particle/image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1/2 / 使用した粒子像数: 1120
最終 2次元分類クラス数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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