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- EMDB-26476: VchTnsC AAA+ ATPase with DNA, single heptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26476
タイトルVchTnsC AAA+ ATPase with DNA, single heptamer
マップデータpost-processed, masked map
試料
  • 複合体: VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: VchTnsC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードtransposon / AAA+ / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fernandez IS / Sternberg SH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2HG011650-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Selective TnsC recruitment enhances the fidelity of RNA-guided transposition.
著者: Florian T Hoffmann / Minjoo Kim / Leslie Y Beh / Jing Wang / Phuc Leo H Vo / Diego R Gelsinger / Jerrin Thomas George / Christopher Acree / Jason T Mohabir / Israel S Fernández / Samuel H Sternberg /
要旨: Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site ...Bacterial transposons are pervasive mobile genetic elements that use distinct DNA-binding proteins for horizontal transmission. For example, Escherichia coli Tn7 homes to a specific attachment site using TnsD, whereas CRISPR-associated transposons use type I or type V Cas effectors to insert downstream of target sites specified by guide RNAs. Despite this targeting diversity, transposition invariably requires TnsB, a DDE-family transposase that catalyses DNA excision and insertion, and TnsC, a AAA+ ATPase that is thought to communicate between transposase and targeting proteins. How TnsC mediates this communication and thereby regulates transposition fidelity has remained unclear. Here we use chromatin immunoprecipitation with sequencing to monitor in vivo formation of the type I-F RNA-guided transpososome, enabling us to resolve distinct protein recruitment events before integration. DNA targeting by the TniQ-Cascade complex is surprisingly promiscuous-hundreds of genomic off-target sites are sampled, but only a subset of those sites is licensed for TnsC and TnsB recruitment, revealing a crucial proofreading checkpoint. To advance the mechanistic understanding of interactions responsible for transpososome assembly, we determined structures of TnsC using cryogenic electron microscopy and found that ATP binding drives the formation of heptameric rings that thread DNA through the central pore, thereby positioning the substrate for downstream integration. Collectively, our results highlight the molecular specificity imparted by consecutive factor binding to genomic target sites during RNA-guided transposition, and provide a structural roadmap to guide future engineering efforts.
履歴
登録2022年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed, masked map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.509 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.001737326 - 2.1118963
平均 (標準偏差)0.001019768 (±0.022678738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 331.97998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26476_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: relion post-processed, masked map

ファイルemd_26476_additional_1.map
注釈relion post-processed, masked map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_26476_additional_2.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_26476_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_26476_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)

全体名称: VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)
要素
  • 複合体: VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: VchTnsC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)

超分子名称: VchTNsC AAA+ ATPase with ATP and DNA (single heptamer form)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.433163 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP...

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.455159 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)

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分子 #3: VchTnsC

分子名称: VchTnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 35.065273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TREARISRAK RAFVSTPSVR KILSYMDRCR DLSDLESEPT CMMVYGASGV GKTTVIKKYL NQAAAAAAAG GDIIPVLHIE LPDNAKPVD AARELLVEMG DPLALYETDL ARLTKRLTEL IPAVGVKLII IDEFQHLVEE RSNRVLTQVG NWLKMILNKT K CPIVIFGM ...文字列:
TREARISRAK RAFVSTPSVR KILSYMDRCR DLSDLESEPT CMMVYGASGV GKTTVIKKYL NQAAAAAAAG GDIIPVLHIE LPDNAKPVD AARELLVEMG DPLALYETDL ARLTKRLTEL IPAVGVKLII IDEFQHLVEE RSNRVLTQVG NWLKMILNKT K CPIVIFGM PYSKVVLQAN SQLHGRFSIQ VELRPFSYQG GRGVFKTFLE YLDKALPFEK QAGLANESLQ KKLYAFSQGN MR SLRNLIY QASIEAIDNQ HETITEEDFV FASKLTSGDK PNSWKNPFEE GVEVTEDMLR PPPKDIGWED YLRH

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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