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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26452 | ||||||||||||
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タイトル | Budding CHIKV nucleocapsid intermediate from virus-infected cells | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | alphavirus / icosahedral / Chikungunya virus / VIRUS | ||||||||||||
生物種 | Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chmielewski D / Schmid MF / Jin J / Simmons G / Chiu W | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: In situ Alphavirus Assembly and Budding Mechanism Revealed by Cellular CryoET 著者: Chmielewski D / Schmid MF / Jin J / Simmons G / Chiu W | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26452.map.gz | 752.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26452-v30.xml emd-26452.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26452.png | 27.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26452.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_26452_half_map_1.map.gz emd_26452_half_map_2.map.gz | 430 KB 443.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26452 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26452_validation.pdf.gz | 460.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26452_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26452_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26452_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26452 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26452_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26452_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya virus
全体 | 名称: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus
超分子 | 名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -0.005 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.002 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 201 |
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抽出 | トモグラム数: 185 / 使用した粒子像数: 201 |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |