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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-tomography of CHIKV assembly intermediates in human U2OS cells | |||||||||
![]() | CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells | |||||||||
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![]() | alphavirus / enveloped virus / virus assembly and budding / cryogenic electron tomography / subtomogram averaging / VIRUS | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
![]() | Chmielewski D / Schmid MF / Simmons G / Jin J / Chiu W | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In situ Alphavirus Assembly and Budding Mechanism Revealed by Cellular CryoET 著者: Chmielewski D / Schmid M / Simmons G / Jin J / Chiu W | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 43.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 391.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.54 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Chikungunya virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus
超分子 | 名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 181/clone 25 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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分子量 | 理論値: 65 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 75 |
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抽出 | トモグラム数: 185 / 使用した粒子像数: 75 |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |