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万見
- EMDB-2637: Negative stain electron microscopy of Bacillus subtilis RNA polym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2637
タイトルNegative stain electron microscopy of Bacillus subtilis RNA polymerase with YkzG-GFP fusion
マップデータReconstruction of B. subtilis RNAP with YkzG-GFP fusion
試料
  • 試料: RNA polymerase YkzG-GFP
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase
キーワードRNA polymerase / small subunit / transcription / Bacillus subtilis
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Keller A / Yang X / Korelusova J / Delumeau O / Krasny L / Lewis PJ
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2014
タイトル: ε, a new subunit of RNA polymerase found in gram-positive bacteria.
著者: Andrew N Keller / Xiao Yang / Jana Wiedermannová / Olivier Delumeau / Libor Krásný / Peter J Lewis /
要旨: RNA polymerase in bacteria is a multisubunit protein complex that is essential for gene expression. We have identified a new subunit of RNA polymerase present in the high-A+T Firmicutes phylum of ...RNA polymerase in bacteria is a multisubunit protein complex that is essential for gene expression. We have identified a new subunit of RNA polymerase present in the high-A+T Firmicutes phylum of Gram-positive bacteria and have named it ε. Previously ε had been identified as a small protein (ω1) that copurified with RNA polymerase. We have solved the structure of ε by X-ray crystallography and show that it is not an ω subunit. Rather, ε bears remarkable similarity to the Gp2 family of phage proteins involved in the inhibition of host cell transcription following infection. Deletion of ε shows no phenotype and has no effect on the transcriptional profile of the cell. Determination of the location of ε within the assembly of RNA polymerase core by single-particle analysis suggests that it binds toward the downstream side of the DNA binding cleft. Due to the structural similarity of ε with Gp2 and the fact they bind similar regions of RNA polymerase, we hypothesize that ε may serve a role in protection from phage infection.
履歴
登録2014年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月28日-
マップ公開2014年8月20日-
更新2014年10月1日-
現状2014年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2637.png

emd-2637.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of B. subtilis RNAP with YkzG-GFP fusion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-4.09110546 - 8.46971989
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-10-10-10
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 259.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.63.63.6
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.200259.200259.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-10-10-10
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-4.0918.470-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase YkzG-GFP

全体名称: RNA polymerase YkzG-GFP
要素
  • 試料: RNA polymerase YkzG-GFP
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase

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超分子 #1000: RNA polymerase YkzG-GFP

超分子名称: RNA polymerase YkzG-GFP / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 430 KDa / 理論値: 430 KDa

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分子 #1: RNA polymerase

分子名称: RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNAP / 詳細: RNAP with YkzG-GFP fusion / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: BS509
分子量実験値: 430 KDa / 理論値: 430 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 20 mM Tris-HCl , 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 5% (v/v) glycerol and 1 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The specimens were then stained with a 1 % (w/v) uranyl formate aqueous solution.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2009年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 260
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2.8 / 使用した粒子像数: 10104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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