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- EMDB-26305: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26305
タイトルEBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element
マップデータ
試料
  • 複合体: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
    • タンパク質・ペプチド: Epstein-Barr nuclear antigen 1
    • DNA: DNA (59-MER)
    • DNA: DNA (59-MER)
キーワードEBV latency protein EBNA1 Dyad symmetry / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mei Y / Lieberman P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA093606-18 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE017336-13 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element
著者: Mei Y / Lieberman P
履歴
登録2022年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.014781157 - 0.044196803
平均 (標準偏差)0.000054378732 (±0.001144742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region

全体名称: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
要素
  • 複合体: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
    • タンパク質・ペプチド: Epstein-Barr nuclear antigen 1
    • DNA: DNA (59-MER)
    • DNA: DNA (59-MER)

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超分子 #1: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region

超分子名称: EBNA1 DNA binding domain binds to half Dyad Symmetry region
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Epstein-Barr nuclear antigen 1

分子名称: Epstein-Barr nuclear antigen 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
分子量理論値: 19.243031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PADDPGEGPS TGPRGQGDGG RRKKGGWFGK HRGQGGSNPK FENIAEGLRA LLARSHVERT TDEGTWVAGV FVYGGSKTSL YNLRRGTAL AIPQCRLTPL SRLPFGMAPG PGPQPGPLRE SIVCYFMVFL QTHIFAEVLK DAIKDLVMTK PAPTCNIRVT V CSFDDGVD LPPWFPPMVE

UniProtKB: Epstein-Barr nuclear antigen 1

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分子 #2: DNA (59-MER)

分子名称: DNA (59-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 18.181674 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)

GENBANK: GENBANK: M80517.1

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分子 #3: DNA (59-MER)

分子名称: DNA (59-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 18.177703 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)

GENBANK: GENBANK: M80517.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMsodium chlorideNaCl
2.0 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 21 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4938 / 平均露光時間: 1.68 sec. / 平均電子線量: 1.03 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 10.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1806607
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6pw2

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 168682
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 168682 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6pw2

chain_id: A, residue_range: 461-607, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pw2

chain_id: B, residue_range: 461-607, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pw2

chain_id: C, residue_range: 461-607, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pw2

chain_id: D, residue_range: 461-607, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pw2

chain_id: E, residue_range: 3-57, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6pw2

chain_id: F, residue_range: 3-57, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 135
得られたモデル

PDB-7u1t:
EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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