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- EMDB-26219: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26219
タイトルNegative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
マップデータNegative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
試料
  • 複合体: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.12 Å
データ登録者Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike.
著者: Mathieu Claireaux / Tom G Caniels / Marlon de Gast / Julianna Han / Denise Guerra / Gius Kerster / Barbera D C van Schaik / Aldo Jongejan / Angela I Schriek / Marloes Grobben / Philip J M ...著者: Mathieu Claireaux / Tom G Caniels / Marlon de Gast / Julianna Han / Denise Guerra / Gius Kerster / Barbera D C van Schaik / Aldo Jongejan / Angela I Schriek / Marloes Grobben / Philip J M Brouwer / Karlijn van der Straten / Yoann Aldon / Joan Capella-Pujol / Jonne L Snitselaar / Wouter Olijhoek / Aafke Aartse / Mitch Brinkkemper / Ilja Bontjer / Judith A Burger / Meliawati Poniman / Tom P L Bijl / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Isabel Cuella Martin / Steven W de Taeye / Godelieve J de Bree / Andrew B Ward / Kwinten Sliepen / Antoine H C van Kampen / Perry D Moerland / Rogier W Sanders / Marit J van Gils /
要旨: Delineating the origins and properties of antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection and vaccination is critical for understanding their benefits and potential shortcomings. Therefore, we ...Delineating the origins and properties of antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection and vaccination is critical for understanding their benefits and potential shortcomings. Therefore, we investigate the SARS-CoV-2 spike (S)-reactive B cell repertoire in unexposed individuals by flow cytometry and single-cell sequencing. We show that ∼82% of SARS-CoV-2 S-reactive B cells harbor a naive phenotype, which represents an unusually high fraction of total human naive B cells (∼0.1%). Approximately 10% of these naive S-reactive B cells share an IGHV1-69/IGKV3-11 B cell receptor pairing, an enrichment of 18-fold compared to the complete naive repertoire. Following SARS-CoV-2 infection, we report an average 37-fold enrichment of IGHV1-69/IGKV3-11 B cell receptor pairing in the S-reactive memory B cells compared to the unselected memory repertoire. This class of B cells targets a previously undefined non-neutralizing epitope on the S2 subunit that becomes exposed on S proteins used in approved vaccines when they transition away from the native pre-fusion state because of instability. These findings can help guide the improvement of SARS-CoV-2 vaccines.
履歴
登録2022年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-1.1465455 - 4.889298
平均 (標準偏差)-0.00029155248 (±0.12380437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 679.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of S...

全体名称: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
要素
  • 複合体: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S

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超分子 #1: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of S...

超分子名称: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5887
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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