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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26210 | |||||||||||||||
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タイトル | Barb-like structure on the external surface of the Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary membrane | |||||||||||||||
マップデータ | Barb-like structure on the external surface of the Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary membrane | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | cilia membrane-associated barb / UNKNOWN FUNCTION | |||||||||||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||||||||
データ登録者 | Pinskey JM / Nicastro D | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Barb-like structure on the external surface of the Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary membrane, generated via cryo-electron tomography and subtomogram averaging. 著者: Pinskey JM / Nicastro D | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26210.map.gz | 39.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26210-v30.xml emd-26210.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26210.png | 21.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26210.cif.gz | 3.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26210 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26210_validation.pdf.gz | 663.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26210_full_validation.pdf.gz | 663.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26210_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26210_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26210 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Barb-like structure on the external surface of the Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary membrane | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.151 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : barb structure from Salpingoeca rosetta ciliary membrane
全体 | 名称: barb structure from Salpingoeca rosetta ciliary membrane |
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要素 |
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-超分子 #1: barb structure from Salpingoeca rosetta ciliary membrane
超分子 | 名称: barb structure from Salpingoeca rosetta ciliary membrane タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Molecular complex of unknown function that protrudes from the external surface of the ciliary membrane |
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由来(天然) | 生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) / 細胞中の位置: cilium |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
Cryo protectant | liquid ethane |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Millipore Sigma / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 詳細: 4-fold symmetry / 使用した粒子像数: 61 |
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