EMDB-26209: Subtomogram average of central pair complex from Salpingoeca rose...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-26209

タイトル

Subtomogram average of central pair complex from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate)

マップデータ

Subtomogram average of Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary central pair complex

試料

細胞器官・細胞要素: central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia

キーワード

cilia microtubule central pair / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å

データ登録者

Pinskey JM / Nicastro D

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP170644	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM083122	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32 GM137470	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RR140082	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Ciliary 96-nm repeat unit from Salpingoeca rosetta (choanoflagellate), generated via cryo-electron tomography and subtomogram averaging.
著者: Pinskey JM / Nicastro D

履歴

登録	2022年2月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月23日	-
マップ公開	2022年11月23日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_26209.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_26209.map.gz	76.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-26209-v30.xml emd-26209.xml	9.2 KB 9.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_26209.png	48.8 KB
Filedesc metadata	emd-26209.cif.gz	3.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26209	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_26209_validation.pdf.gz	699.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_26209_full_validation.pdf.gz	699 KB	表示
XML形式データ	emd_26209_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	emd_26209_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26209	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26204C 26210 C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_26209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Subtomogram average of Salpingoeca rosetta (choanoflagellate) ciliary central pair complex

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 3.151 Å

密度

最小 - 最大	121.299790000000002 - 137.8416
平均 (標準偏差)	127.729004000000003 (±1.6702932)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia

全体	名称: central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia
要素	細胞器官・細胞要素: central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia

-
超分子 #1: central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia

超分子	名称: central pair complex from Salpingoeca rosetta cilia / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Contains microtubules and central pair projections
由来(天然)	生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) / 細胞中の位置: cilium

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

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試料調製

緩衝液	pH: 7
グリッド	モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE
Cryo protectant	liquid ethane
切片作成	その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー	Manufacturer: Millipore Sigma / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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