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- EMDB-26205: A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26205
タイトルA drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid
  • リガンド: (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードryanodine receptor / calcium / ion channel / MEMBRANE PROTEIN-ISOMERASE complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of membrane / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / CaM pathway / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...cytoplasmic side of membrane / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / CaM pathway / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / ossification involved in bone maturation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / skin development / autophagosome membrane docking / presynaptic endocytosis / regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / organelle membrane / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / cellular response to caffeine / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / calcineurin-mediated signaling / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / protein phosphatase activator activity / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / DARPP-32 events / Smooth Muscle Contraction / catalytic complex / toxic substance binding / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / smooth endoplasmic reticulum / presynaptic cytosol / calcium channel inhibitor activity / striated muscle contraction / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / skeletal muscle fiber development / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / regulation of calcium-mediated signaling / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / titin binding / muscle contraction / voltage-gated potassium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / release of sequestered calcium ion into cytosol / sperm midpiece / substantia nigra development / calcium channel complex / calyx of Held / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / cellular response to calcium ion / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / sarcoplasmic reticulum / sarcomere / regulation of cytokinesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / peptidylprolyl isomerase / spindle microtubule / RAF activation
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Ryanodine receptor 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Melville Z / Dridi H / Yuan Q / Reiken S / Anetta W / Liu Y / Clarke OB / Marks AR
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL145473 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01DK118240 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL142903 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL140934 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01AR070194 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32 HL120826 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: A drug and ATP binding site in type 1 ryanodine receptor.
著者: Zephan Melville / Haikel Dridi / Qi Yuan / Steven Reiken / Anetta Wronska / Yang Liu / Oliver B Clarke / Andrew R Marks /
要旨: The ryanodine receptor (RyR)/calcium release channel on the sarcoplasmic reticulum (SR) is required for excitation-contraction coupling in skeletal and cardiac muscle. Inherited mutations and stress- ...The ryanodine receptor (RyR)/calcium release channel on the sarcoplasmic reticulum (SR) is required for excitation-contraction coupling in skeletal and cardiac muscle. Inherited mutations and stress-induced post-translational modifications result in an SR Ca leak that causes skeletal myopathies, heart failure, and exercise-induced sudden death. A class of therapeutics known as Rycals prevent the RyR-mediated leak, are effective in preventing disease progression and restoring function in animal models, and are in clinical trials for patients with muscle and heart disorders. Using cryogenic-electron microscopy, we present a model of RyR1 with a 2.45-Å resolution before local refinement, revealing a binding site in the RY1&2 domain (3.10 Å local resolution), where the Rycal ARM210 binds cooperatively with ATP and stabilizes the closed state of RyR1.
履歴
登録2022年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26205.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.012685694 - 0.8873256
平均 (標準偏差)0.012576502 (±0.033572264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26205_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_26205_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_26205_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Initial refinement map

ファイルemd_26205_additional_1.map
注釈Initial refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26205_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26205_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1

全体名称: Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1
要素
  • 複合体: Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CAFFEINE
  • リガンド: 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid
  • リガンド: (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

+
超分子 #1: Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1

超分子名称: Ryanodine receptor 1 complex with calmodulin and calstabin-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 2.31 MDa

+
分子 #1: Calmodulin-1

分子名称: Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.990691 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
HMADQLTEEQ IAEFKEAFSL FDKDGDGTIT TKELGTVMRS LGQNPTEAEL QDMINEVDAD GNGTIDFPEF LTMMARKMKD TDSEEEIRE AFRVFDKDGN GYISAAELRH VMTNLGEKLT DEEVDEMIRE ADIDGDGQVN YEEFVQMMTA K

UniProtKB: Calmodulin-1

+
分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.836508 KDa
配列文字列:
GVQVETISPG DGRTFPKRGQ TCVVHYTGML EDGKKFDSSR DRNKPFKFML GKQEVIRGWE EGVAQMSVGQ RAKLTISPDY AYGATGHPG IIPPHATLVF DVELLKLE

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

+
分子 #3: Ryanodine receptor 1

分子名称: Ryanodine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 565.908625 KDa
配列文字列: MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS CLTTSRSMTD KLAFDVGLQE DATGEACWWT MHPASKQRSE G EKVRVGDD ...文字列:
MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAG VESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS CLTTSRSMTD KLAFDVGLQE DATGEACWWT MHPASKQRSE G EKVRVGDD LILVSVSSER YLHLSTASGE LQVDASFMQT LWNMNPICSC CEEGYVTGGH VLRLFHGHMD ECLTISAADS DD QRRLVYY EGGAVCTHAR SLWRLEPLRI SWSGSHLRWG QPLRIRHVTT GRYLALTEDQ GLVVVDACKA HTKATSFCFR VSK EKLDTA PKRDVEGMGP PEIKYGESLC FVQHVASGLW LTYAAPDPKA LRLGVLKKKA ILHQEGHMDD ALFLTRCQQE ESQA ARMIH STAGLYNQFI KGLDSFSGKP RGSGPPAGPA LPIEAVILSL QDLIGYFEPP SEELQHEEKQ SKLRSLRNRQ SLFQE EGML SLVLNCIDRL NVYTTAAHFA EYAGEEAAES WKEIVNLLYE LLASLIRGNR ANCALFSTNL DWVVSKLDRL EASSGI LEV LYCVLIESPE VLNIIQENHI KSIISLLDKH GRNHKVLDVL CSLCVCNGVA VRSNQDLITE NLLPGRELLL QTNLINY VT SIRPNIFVGR AEGSTQYGKW YFEVMVDEVV PFLTAQATHL RVGWALTEGY SPYPGGGEGW GGNGVGDDLY SYGFDGLH L WTGHVARPVT SPGQHLLAPE DVVSCCLDLS VPSISFRING CPVQGVFEAF NLDGLFFPVV SFSAGVKVRF LLGGRHGEF KFLPPPGYAP CHEAVLPRER LRLEPIKEYR REGPRGPHLV GPSRCLSHTD FVPCPVDTVQ IVLPPHLERI REKLAENIHE LWALTRIEQ GWTYGPVRDD NKRLHPCLVN FHSLPEPERN YNLQMSGETL KTLLALGCHV GMADEKAEDN LKKTKLPKTY M MSNGYKPA PLDLSHVRLT PAQTTLVDRL AENGHNVWAR DRVAQGWSYS AVQDIPARRN PRLVPYRLLD EATKRSNRDS LC QAVRTLL GYGYNIEPPD QEPSQVENQS RWDRVRIFRA EKSYTVQSGR WYFEFEAVTT GEMRVGWARP ELRPDVELGA DEL AYVFNG HRGQRWHLGS EPFGRPWQSG DVVGCMIDLT ENTIIFTLNG EVLMSDSGSE TAFREIEIGD GFLPVCSLGP GQVG HLNLG QDVSSLRFFA ICGLQEGFEP FAINMQRPVT TWFSKSLPQF EPVPPEHPHY EVARMDGTVD TPPCLRLAHR TWGSQ NSLV EMLFLRLSLP VQFHQHFRCT AGATPLAPPG LQPPAEDEAR AAEPDPDYEN LRRSAGGWGE AEGGKEGTAK EGTPGG TPQ PGVEAQPVRA ENEKDATTEK NKKRGFLFKA KKAAMMTQPP ATPALPRLPH DVVPADNRDD PEIILNTTTY YYSVRVF AG QEPSCVWVGW VTPDYHQHDM NFDLSKVRAV TVTMGDEQGN VHSSLKCSNC YMVWGGDFVS PGQQGRISHT DLVIGCLV D LATGLMTFTA NGKESNTFFQ VEPNTKLFPA VFVLPTHQNV IQFELGKQKN IMPLSAAMFL SERKNPAPQC PPRLEVQML MPVSWSRMPN HFLQVETRRA GERLGWAVQC QDPLTMMALH IPEENRCMDI LELSERLDLQ RFHSHTLRLY RAVCALGNNR VAHALCSHV DQAQLLHALE DAHLPGPLRA GYYDLLISIH LESACRSRRS MLSEYIVPLT PETRAITLFP PGRKGGNARR H GLPGVGVT TSLRPPHHFS PPCFVAALPA AGVAEAPARL SPAIPLEALR DKALRMLGEA VRDGGQHARD PVGGSVEFQF VP VLKLVST LLVMGIFGDE DVKQILKMIE PEVFTEEEEE EEEEEEEEEE EEEDEEEKEE DEEEEEKEDA EKEEEEAPEG EKE DLEEGL LQMKLPESVK LQMCNLLEYF CDQELQHRVE SLAAFAERYV DKLQANQRSR YALLMRAFTM SAAETARRTR EFRS PPQEQ INMLLHFKDE ADEEDCPLPE DIRQDLQDFH QDLLAHCGIQ LEGEEEEPEE ETSLSSRLRS LLETVRLVKK KEEKP EEEL PAEEKKPQSL QELVSHMVVR WAQEDYVQSP ELVRAMFSLL HRQYDGLGEL LRALPRAYTI SPSSVEDTMS LLECLG QIR SLLIVQMGPQ EENLMIQSIG NIMNNKVFYQ HPNLMRALGM HETVMEVMVN VLGGGETKEI RFPKMVTSCC RFLCYFC RI SRQNQRSMFD HLSYLLENSG IGLGMQGSTP LDVAAASVID NNELALALQE QDLEKVVSYL AGCGLQSCPM LLAKGYPD I GWNPCGGERY LDFLRFAVFV NGESVEENAN VVVRLLIRKP ECFGPALRGE GGSGLLAAIE EAIRISEDPA RDGPGVRRD RRREHFGEEP PEENRVHLGH AIMSFYAALI DLLGRCAPEM HLIQAGKGEA LRIRAILRSL VPLDDLVGII SLPLQIPTLG KDGALVQPK MSASFVPDHK ASMVLFLDRV YGIENQDFLL HVLDVGFLPD MRAAASLDTA TFSTTEMALA LNRYLCLAVL P LITKCAPL FAGTEHRAIM VDSMLHTVYR LSRGRSLTKA QRDVIEDCLM ALCRYIRPSM LQHLLRRLVF DVPILNEFAK MP LKLLTNH YERCWKYYCL PTGWANFGVT SEEELHLTRK LFWGIFDSLA HKKYDQELYR MAMPCLCAIA GALPPDYVDA SYS SKAEKK ATVDAEGNFD PRPVETLNVI IPEKLDSFIN KFAEYTHEKW AFDKIQNNWS YGENVDEELK THPMLRPYKT FSEK DKEIY RWPIKESLKA MIAWEWTIEK AREGEEERTE KKKTRKISQT AQTYDPREGY NPQPPDLSGV TLSRELQAMA EQLAE NYHN TWGRKKKQEL EAKGGGTHPL LVPYDTLTAK EKARDREKAQ ELLKFLQMNG YAVTRGLKDM ELDTSSIEKR FAFGFL QQL LRWMDISQEF IAHLEAVVSS GRVEKSPHEQ EIKFFAKILL PLINQYFTNH CLYFLSTPAK VLGSGGHASN KEKEMIT SL FCKLAALVRH RVSLFGTDAP AVVNCLHILA RSLDARTVMK SGPEIVKAGL RSFFESASED IEKMVENLRL GKVSQART Q VKGVGQNLTY TTVALLPVLT TLFQHIAQHQ FGDDVILDDV QVSCYRTLCS IYSLGTTKNT YVEKLRPALG ECLARLAAA MPVAFLEPQL NEYNACSVYT TKSPRERAIL GLPNSVEEMC PDIPVLDRLM ADIGGLAESG ARYTEMPHVI EITLPMLCSY LPRWWERGP EAPPPALPAG APPPCTAVTS DHLNSLLGNI LRIIVNNLGI DEATWMKRLA VFAQPIVSRA RPELLHSHFI P TIGRLRKR AGKVVAEEEQ LRLEAKAEAE EGELLVRDEF SVLCRDLYAL YPLLIRYVDN NRAHWLTEPN ANAEELFRMV GE IFIYWSK SHNFKREEQN FVVQNEINNM SFLTADSKSK MAKAGDAQSG GSDQERTKKK RRGDRYSVQT SLIVATLKKM LPI GLNMCA PTDQDLIMLA KTRYALKDTD EEVREFLQNN LHLQGKVEGS PSLRWQMALY RGLPGREEDA DDPEKIVRRV QEVS AVLYH LEQTEHPYKS KKAVWHKLLS KQRRRAVVAC FRMTPLYNLP THRACNMFLE SYKAAWILTE DHSFEDRMID DLSKA GEQE EEEEEVEEKK PDPLHQLVLH FSRTALTEKS KLDEDYLYMA YADIMAKSCH LEEGGENGEA EEEEVEVSFE EKEMEK QRL LYQQSRLHTR GAAEMVLQMI SACKGETGAM VSSTLKLGIS ILNGGNAEVQ QKMLDYLKDK KEVGFFQSIQ ALMQTCS VL DLNAFERQNK AEGLGMVNED GTVINRQNGE KVMADDEFTQ DLFRFLQLLC EGHNNDFQNY LRTQTGNTTT INIIICTV D YLLRLQESIS DFYWYYSGKD VIEEQGKRNF SKAMSVAKQV FNSLTEYIQG PCTGNQQSLA HSRLWDAVVG FLHVFAHMM MKLAQDSSQI ELLKELLDLQ KDMVVMLLSL LEGNVVNGMI ARQMVDMLVE SSSNVEMILK FFDMFLKLKD IVGSEAFQDY VTDPRGLIS KKDFQKAMDS QKQFTGPEIQ FLLSCSEADE NEMINFEEFA NRFQEPARDI GFNVAVLLTN LSEHVPHDPR L RNFLELAE SILEYFRPYL GRIEIMGASR RIERIYFEIS ETNRAQWEMP QVKESKRQFI FDVVNEGGEA EKMELFVSFC ED TIFEMQI AAQISEPEGE PEADEDEGMG EAAAEGAEEG AAGAEGAAGT VAAGATARLA AAAARALRGL SYRSLRRRVR RLR RLTARE AATALAALLW AVVARAGAAG AGAAAGALRL LWGSLFGGGL VEGAKKVTVT ELLAGMPDPT SDEVHGEQPA GPGG DADGA GEGEGEGDAA EGDGDEEVAG HEAGPGGAEG VVAVADGGPF RPEGAGGLGD MGDTTPAEPP TPEGSPILKR KLGVD GEEE ELVPEPEPEP EPEPEKADEE NGEKEEVPEA PPEPPKKAPP SPPAKKEEAG GAGMEFWGEL EVQRVKFLNY LSRNFY TLR FLALFLAFAI NFILLFYKVS DSPPGEDDME GSAAGDLAGA GSGGGSGWGS GAGEEAEGDE DENMVYYFLE ESTGYME PA LWCLSLLHTL VAFLCIIGYN CLKVPLVIFK REKELARKLE FDGLYITEQP GDDDVKGQWD RLVLNTPSFP SNYWDKFV K RKVLDKHGDI FGRERIAELL GMDLASLEIT AHNERKPDPP PGLLTWLMSI DVKYQIWKFG VIFTDNSFLY LGWYMVMSL LGHYNNFFFA AHLLDIAMGV KTLRTILSSV THNGKQLVMT VGLLAVVVYL YTVVAFNFFR KFYNKSEDED EPDMKCDDMM TCYLFHMYV GVRAGGGIGD EIEDPAGDEY ELYRVVFDIT FFFFVIVILL AIIQGLIIDA FGELRDQQEQ VKEDMETKCF I CGIGSDYF DTTPHGFETH TLEEHNLANY MFFLMYLINK DETEHTGQES YVWKMYQERC WDFFPAGDCF RKQYEDQLS

UniProtKB: Ryanodine receptor 1

+
分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: CAFFEINE

分子名称: CAFFEINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CFF
分子量理論値: 194.191 Da
Chemical component information

ChemComp-CFF:
CAFFEINE / カフェイン / 薬剤*YM

+
分子 #8: 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benz...

分子名称: 4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: KVR
分子量理論値: 329.413 Da
Chemical component information

ChemComp-KVR:
4-[(7-methoxy-2,3-dihydro-1,4-benzothiazepin-4(5H)-yl)methyl]benzoic acid

+
分子 #9: (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: L9R
分子量理論値: 788.129 Da
Chemical component information

ChemComp-L9R:
(2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / SOPC, リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度8.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES2-[4-(2-Hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethane-1-sulfonic acid
400.0 mMNaClSodium chloride
0.5 mMTCEP(tris(2-carboxyethyl)phosphine)
1.0 mMEGTAethylene glycol-bis-aminoethyl ether tetraacetic acid
1.0 %CHAPSDimethyl trihydroxy-cholan-amido propyl azaniumyl propane sulfonate
0.5 mMAEBSFaminoethyl benzenesulfonyl fluoride hydrochloride
1.0 mMBenzamidineBenzamidine hydrochloride
0.01 %DOPCDipalmitoylphosphatidylcholine
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6862 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 57.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 333010
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryoSPARC ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 37 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 153840
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC branch-and-bound
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC branch-and-bound
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 4158 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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