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万見
- EMDB-2615: Incomplete pneumolysin oligomers form membrane pores -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2615
タイトルIncomplete pneumolysin oligomers form membrane pores
マップデータAverage of 262 sub-tomogram volumes.
試料
  • 試料: Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome
  • 細胞器官・細胞要素: synthetic membrane
  • タンパク質・ペプチド: pneumolysin
キーワードcholesterol-dependent cytolysin / pneumolysin / proteolipid toroidal pore
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物) / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Sonnen AF-P / Plitzko JM / Gilbert RJC
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2014
タイトル: Incomplete pneumolysin oligomers form membrane pores.
著者: Andreas F-P Sonnen / Jürgen M Plitzko / Robert J C Gilbert /
要旨: Pneumolysin is a member of the cholesterol-dependent cytolysin (CDC) family of pore-forming proteins that are produced as water-soluble monomers or dimers, bind to target membranes and oligomerize ...Pneumolysin is a member of the cholesterol-dependent cytolysin (CDC) family of pore-forming proteins that are produced as water-soluble monomers or dimers, bind to target membranes and oligomerize into large ring-shaped assemblies comprising approximately 40 subunits and approximately 30 nm across. This pre-pore assembly then refolds to punch a large hole in the lipid bilayer. However, in addition to forming large pores, pneumolysin and other CDCs form smaller lesions characterized by low electrical conductance. Owing to the observation of arc-like (rather than full-ring) oligomers by electron microscopy, it has been hypothesized that smaller oligomers explain smaller functional pores. To investigate whether this is the case, we performed cryo-electron tomography of pneumolysin oligomers on model lipid membranes. We then used sub-tomogram classification and averaging to determine representative membrane-bound low-resolution structures and identified pre-pores versus pores by the presence of membrane within the oligomeric curve. We found pre-pore and pore forms of both complete (ring) and incomplete (arc) oligomers and conclude that arc-shaped oligomeric assemblies of pneumolysin can form pores. As the CDCs are evolutionarily related to the membrane attack complex/perforin family of proteins, which also form variably sized pores, our findings are of relevance to that class of proteins as well.
履歴
登録2014年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月9日-
マップ公開2014年5月7日-
更新2014年5月7日-
現状2014年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 5.68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD2615.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Average of 262 sub-tomogram volumes.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.72 Å/pix.
x 104 pix.
= 490.88 Å		4.72 Å/pix.
x 104 pix.
= 490.88 Å		4.72 Å/pix.
x 104 pix.
= 490.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.68 / ムービー #1: 5.68
最小 - 最大-32.895580289999998 - 55.356769559999996
平均 (標準偏差)0.96096355 (±5.28754616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-52-52-52
サイズ104104104
Spacing104104104
セルA=B=C: 490.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.724.724.72
M x/y/z104104104
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z490.880490.880490.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-52-52-52
NC/NR/NS104104104
D min/max/mean-32.89655.3570.961

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome

全体名称: Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome
要素
  • 試料: Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome
  • 細胞器官・細胞要素: synthetic membrane
  • タンパク質・ペプチド: pneumolysin

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超分子 #1000: Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome

超分子名称: Pneumolysin partial pore formed on a cholesterol-containing liposome
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Full ring oligomer / Number unique components: 2
分子量理論値: 2 MDa

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超分子 #1: synthetic membrane

超分子名称: synthetic membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1
詳細: Liposome formed of a 10:10:1 mixture of phosphatidylcholine:cholesterol:dicetyl phosphate
組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: pneumolysin

分子名称: pneumolysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: pneumolysin added to the synthetic membranes spontaneously forms oligomers on their surfaces.
集合状態: 40mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 52 KDa / 理論値: 52 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: M15 / 組換プラスミド: pKK233-2
配列UniProtKB: Pneumolysin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド詳細: C-flat or lacy carbon-coated grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2008年6月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 64171
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were selected manually in Bshow and subjected to automatic maximum-likelihood based classification using XMIPP.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM, Toolbox, Bsoft, XMIPP / 使用したサブトモグラム数: 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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