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万見
- EMDB-26121: Skd3_ATPyS_FITC-casein Hexamer, AAA+ only -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26121
タイトルSkd3_ATPyS_FITC-casein Hexamer, AAA+ only
マップデータ
試料
  • 複合体: Skd3 complex bound to FITC-casein
    • タンパク質・ペプチド: Caseinolytic peptidase B protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Beta-casein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードcryoEM / AAA+ / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular space ...granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein ...Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / ATPase, AAA-type, core / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial disaggregase / Beta-casein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Rizo AN
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138690 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM099836 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Unique structural features govern the activity of a human mitochondrial AAA+ disaggregase, Skd3.
著者: Ryan R Cupo / Alexandrea N Rizo / Gabriel A Braun / Eric Tse / Edward Chuang / Kushol Gupta / Daniel R Southworth / James Shorter /
要旨: The AAA+ protein, Skd3 (human CLPB), solubilizes proteins in the mitochondrial intermembrane space, which is critical for human health. Skd3 variants with defective protein-disaggregase activity ...The AAA+ protein, Skd3 (human CLPB), solubilizes proteins in the mitochondrial intermembrane space, which is critical for human health. Skd3 variants with defective protein-disaggregase activity cause severe congenital neutropenia (SCN) and 3-methylglutaconic aciduria type 7 (MGCA7). How Skd3 disaggregates proteins remains poorly understood. Here, we report a high-resolution structure of a Skd3-substrate complex. Skd3 adopts a spiral hexameric arrangement that engages substrate via pore-loop interactions in the nucleotide-binding domain (NBD). Substrate-bound Skd3 hexamers stack head-to-head via unique, adaptable ankyrin-repeat domain (ANK)-mediated interactions to form dodecamers. Deleting the ANK linker region reduces dodecamerization and disaggregase activity. We elucidate apomorphic features of the Skd3 NBD and C-terminal domain that regulate disaggregase activity. We also define how Skd3 subunits collaborate to disaggregate proteins. Importantly, SCN-linked subunits sharply inhibit disaggregase activity, whereas MGCA7-linked subunits do not. These advances illuminate Skd3 structure and mechanism, explain SCN and MGCA7 inheritance patterns, and suggest therapeutic strategies.
履歴
登録2022年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.8538736 - 4.106993
平均 (標準偏差)0.006016913 (±0.06954311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 293.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Skd3 complex bound to FITC-casein

全体名称: Skd3 complex bound to FITC-casein
要素
  • 複合体: Skd3 complex bound to FITC-casein
    • タンパク質・ペプチド: Caseinolytic peptidase B protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Beta-casein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Skd3 complex bound to FITC-casein

超分子名称: Skd3 complex bound to FITC-casein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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分子 #1: Caseinolytic peptidase B protein homolog

分子名称: Caseinolytic peptidase B protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.115047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GGSYSKSPSN KDAALLEAAR ANNMQEVSRL LSEGADVNAK HRLGWTALMV AAINRNNSVV QVLLAAGADP NLGDDFSSVY KTAKEQGIH SLEDGGQDGA SRHITNQWTS ALEFRRWLGL PAGVLITRED DFNNRLNNRA SFKGCTALHY AVLADDYRTV K ELLDGGAN ...文字列:
GGSYSKSPSN KDAALLEAAR ANNMQEVSRL LSEGADVNAK HRLGWTALMV AAINRNNSVV QVLLAAGADP NLGDDFSSVY KTAKEQGIH SLEDGGQDGA SRHITNQWTS ALEFRRWLGL PAGVLITRED DFNNRLNNRA SFKGCTALHY AVLADDYRTV K ELLDGGAN PLQRNEMGHT PLDYAREGEV MKLLRTSEAK YQEKQRKREA EERRRFPLEQ RLKEHIIGQE SAIATVGAAI RR KENGWYD EEHPLVFLFL GSSGIGKTEL AKQTAKYMHK DAKKGFIRLD MSEFQERHEV AKFIGSPPGY VGHEEGGQLT KKL KQCPNA VVLFDEVDKA HPDVLTIMLQ LFDEGRLTDG KGKTIDCKDA IFIMTSNVAS DEIAQHALQL RQEALEMSRN RIAE NLGDV QISDKITISK NFKENVIRPI LKAHFRRDEF LGRINEIVYF LPFCHSELIQ LVNKELNFWA KRAKQRHNIT LLWDR EVAD VLVDGYNVHY GARSIKHEVE RRVVNQLAAA YEQDLLPGGC TLRITVEDSD KQLLKSPELP SPQAEKRLPK LRLEII DKD SKTRRLDIRA PLHPEKVCNT I

UniProtKB: Mitochondrial disaggregase

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分子 #2: Beta-casein

分子名称: Beta-casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 24.759648 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)ARELEE LNVP GEIVE SLSSSEESIT RINKKIEKFQ SEEQQQTEDE LQDKIHPFAQ TQSLVYPFPG PIPNSLPQNI PPLTQTPVVV PPFLQ PEVM GVSKVKGAMA ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)ARELEE LNVP GEIVE SLSSSEESIT RINKKIEKFQ SEEQQQTEDE LQDKIHPFAQ TQSLVYPFPG PIPNSLPQNI PPLTQTPVVV PPFLQ PEVM GVSKVKGAMA PKHKEMPFPK YPVEPLTESQ SLTLTDVENL HLPLPLLQSW MHQPHQPLPP TVMFPPQSVL SLSQSK VLP VPQKAVPYPQ RDMPIQAFLL YQEPVLGPVR GPFPIIV

UniProtKB: Beta-casein

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 358000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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