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- PDB-7ttr: Skd3_ATPyS_FITC-casein Hexamer, AAA+ only -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ttr
タイトルSkd3_ATPyS_FITC-casein Hexamer, AAA+ only
要素
  • Beta-casein
  • Caseinolytic peptidase B protein homolog
キーワードCHAPERONE / cryoEM / AAA+
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region ...granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / : / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein ...Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / : / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / ATPase, AAA-type, core / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitochondrial disaggregase / Beta-casein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Rizo, A.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138690 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM099836 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Unique structural features govern the activity of a human mitochondrial AAA+ disaggregase, Skd3.
著者: Ryan R Cupo / Alexandrea N Rizo / Gabriel A Braun / Eric Tse / Edward Chuang / Kushol Gupta / Daniel R Southworth / James Shorter /
要旨: The AAA+ protein, Skd3 (human CLPB), solubilizes proteins in the mitochondrial intermembrane space, which is critical for human health. Skd3 variants with defective protein-disaggregase activity ...The AAA+ protein, Skd3 (human CLPB), solubilizes proteins in the mitochondrial intermembrane space, which is critical for human health. Skd3 variants with defective protein-disaggregase activity cause severe congenital neutropenia (SCN) and 3-methylglutaconic aciduria type 7 (MGCA7). How Skd3 disaggregates proteins remains poorly understood. Here, we report a high-resolution structure of a Skd3-substrate complex. Skd3 adopts a spiral hexameric arrangement that engages substrate via pore-loop interactions in the nucleotide-binding domain (NBD). Substrate-bound Skd3 hexamers stack head-to-head via unique, adaptable ankyrin-repeat domain (ANK)-mediated interactions to form dodecamers. Deleting the ANK linker region reduces dodecamerization and disaggregase activity. We elucidate apomorphic features of the Skd3 NBD and C-terminal domain that regulate disaggregase activity. We also define how Skd3 subunits collaborate to disaggregate proteins. Importantly, SCN-linked subunits sharply inhibit disaggregase activity, whereas MGCA7-linked subunits do not. These advances illuminate Skd3 structure and mechanism, explain SCN and MGCA7 inheritance patterns, and suggest therapeutic strategies.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caseinolytic peptidase B protein homolog
B: Caseinolytic peptidase B protein homolog
C: Caseinolytic peptidase B protein homolog
D: Caseinolytic peptidase B protein homolog
E: Caseinolytic peptidase B protein homolog
F: Caseinolytic peptidase B protein homolog
P: Beta-casein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,06716
ポリマ－421,4507
非ポリマー2,6179
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Caseinolytic peptidase B protein homolog / Suppressor of potassium transport defect 3


分子量: 66115.047 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPB, HSP78, SKD3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H078, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質 Beta-casein


分子量: 24759.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: T1T0C1
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細The residues that were modeled in the casein were modeled as UNK due to the fact that they could ...The residues that were modeled in the casein were modeled as UNK due to the fact that they could not be identified. The actual sequence of the casein is MKVLILACLVALALARELEELNVPGEIVESLSSSEESITRINKKIEKFQSEEQQQTEDEL QDKIHPFAQTQSLVYPFPGPIPNSLPQNIPPLTQTPVVVPPFLQPEVMGVSKVKGAMAPK HKEMPFPKYPVEPLTESQSLTLTDVENLHLPLPLLQSWMHQPHQPLPPTVMFPPQSVLSL SQSKVLPVPQKAVPYPQRDMPIQAFLLYQEPVLGPVRGPFPIIV

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Skd3 complex bound to FITC-casein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 358000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00222004
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.41629671
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0932947
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0343247
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023864

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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