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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2611 | |||||||||
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タイトル | Incomplete pneumolysin oligomers form membrane pores | |||||||||
![]() | Sub-tomogram 3D classified sum of 459 pneumolysin prepores | |||||||||
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![]() | cholesterol-dependent cytolysin / pneumolysin / proteolipid toroidal pore | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Sonnen AF-P / Plitzko JM / Gilbert RJC | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Incomplete pneumolysin oligomers form membrane pores. 著者: Andreas F-P Sonnen / Jürgen M Plitzko / Robert J C Gilbert / ![]() 要旨: Pneumolysin is a member of the cholesterol-dependent cytolysin (CDC) family of pore-forming proteins that are produced as water-soluble monomers or dimers, bind to target membranes and oligomerize ...Pneumolysin is a member of the cholesterol-dependent cytolysin (CDC) family of pore-forming proteins that are produced as water-soluble monomers or dimers, bind to target membranes and oligomerize into large ring-shaped assemblies comprising approximately 40 subunits and approximately 30 nm across. This pre-pore assembly then refolds to punch a large hole in the lipid bilayer. However, in addition to forming large pores, pneumolysin and other CDCs form smaller lesions characterized by low electrical conductance. Owing to the observation of arc-like (rather than full-ring) oligomers by electron microscopy, it has been hypothesized that smaller oligomers explain smaller functional pores. To investigate whether this is the case, we performed cryo-electron tomography of pneumolysin oligomers on model lipid membranes. We then used sub-tomogram classification and averaging to determine representative membrane-bound low-resolution structures and identified pre-pores versus pores by the presence of membrane within the oligomeric curve. We found pre-pore and pore forms of both complete (ring) and incomplete (arc) oligomers and conclude that arc-shaped oligomeric assemblies of pneumolysin can form pores. As the CDCs are evolutionarily related to the membrane attack complex/perforin family of proteins, which also form variably sized pores, our findings are of relevance to that class of proteins as well. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Sub-tomogram 3D classified sum of 459 pneumolysin prepores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Pneumolysin pore formed on a cholesterol-containing liposome
全体 | 名称: Pneumolysin pore formed on a cholesterol-containing liposome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Pneumolysin pore formed on a cholesterol-containing liposome
超分子 | 名称: Pneumolysin pore formed on a cholesterol-containing liposome タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Full ring oligomer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 2 MDa |
-超分子 #1: synthetic membrane
超分子 | 名称: synthetic membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 詳細: Liposome formed of a 10:10:1 mixture of phosphatidylcholine:cholesterol:dicetyl phosphate 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: pneumolysin
分子 | 名称: pneumolysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: pneumolysin added to the synthetic membranes spontaneously forms oligomers on their surfaces. 集合状態: 40mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 52 KDa / 理論値: 52 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: Pneumolysin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
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グリッド | 詳細: C-flat or lacy carbon-coated grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF2002 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2008年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 倍率(公称値): 64171 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Subtomograms were selected manually in Bshow and subjected to automatic maximum-likelihood based classification using XMIPP. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM, Toolbox, Bsoft, XMIPP / 使用したサブトモグラム数: 459 |