+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Human M4 muscarinic acetylcholine receptor complex with Gi1 and the agonist iperoxo and positive allosteric modulator LY2033298 | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||
キーワード | 7 transmembrane receptor / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding ...Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / centriolar satellite / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / GDP binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / midbody / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cell cortex / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / synapse / dendrite / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / magnesium ion binding / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / ![]() | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Vuckovic Z / Mobbs JI | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 英国, オーストラリア, 日本, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023タイトル: Structural and dynamic mechanisms of allostery at the M4 muscarinic acetylcholine receptor 著者: Thal DM | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
|
-
構造の表示
| 添付画像 |
|---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_26100.map.gz | 49.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-26100-v30.xml emd-26100.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_26100_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_26100.png | 56.9 KB | ||
| マスクデータ | emd_26100_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-26100.cif.gz | 7.2 KB | ||
| その他 | emd_26100_half_map_1.map.gz emd_26100_half_map_2.map.gz | 49.8 MB 49.8 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26100 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26100 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_26100_validation.pdf.gz | 870.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_26100_full_validation.pdf.gz | 869.8 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_26100_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_26100_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26100 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26100 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_26100_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_26100_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_26100_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : M4 mAChR bound to agonist iperoxo and the PAM LY2033298 in comple...
| 全体 | 名称: M4 mAChR bound to agonist iperoxo and the PAM LY2033298 in complex with dominant negative Galpha-i1, Gbeta1, Ggamma2, and scFv16 |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: M4 mAChR bound to agonist iperoxo and the PAM LY2033298 in comple...
| 超分子 | 名称: M4 mAChR bound to agonist iperoxo and the PAM LY2033298 in complex with dominant negative Galpha-i1, Gbeta1, Ggamma2, and scFv16 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Muscarinic acetylcholine receptor M4
| 分子 | 名称: Muscarinic acetylcholine receptor M4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 39.598277 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: DYKDDDDAMA NFTPVNGSSG NQSVRLVTSS SHNRYETVEM VFIATVTGSL SLVTVVGNIL VMLSIKVNRQ LQTVNNYFLF SLACADLII GAFSMNLYTV YIIKGYWPLG AVVCDLWLAL DYVVSNASVM NLLIISFDRY FCVTKPLTYP ARRTTKMAGL M IAAAWVLS ...文字列: DYKDDDDAMA NFTPVNGSSG NQSVRLVTSS SHNRYETVEM VFIATVTGSL SLVTVVGNIL VMLSIKVNRQ LQTVNNYFLF SLACADLII GAFSMNLYTV YIIKGYWPLG AVVCDLWLAL DYVVSNASVM NLLIISFDRY FCVTKPLTYP ARRTTKMAGL M IAAAWVLS FVLWAPAILF WQFVVGKRTV PDNQCFIQFL SNPAVTFGTA IAAFYLPVVI MTVLYIHISL ASRSRVHKHR PE GPKEKKA KTKRQMAARE RKVTRTIFAI LLAFILTWTP YNVMVLVNTF CQSCIPDTVW SIGYWLCYVN STINPACYAL CNA TFKKTF RHLLLCQYRN IGTARHHHHH HHH UniProtKB: Muscarinic acetylcholine receptor M4, Muscarinic acetylcholine receptor M4 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 38.402867 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: HHHHHHGSSG SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT ...文字列: HHHHHHGSSG SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT SSGDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NA ICFFPNG NAFATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGH DNRVSC LGVTDDGMAV ATGSWDSFLK IWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 7.729947 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: ASNNTASIAQ ARKLVEQLKM EANIDRIKVS KAAADLMAYC EAHAKEDPLL TPVPASENPF REKKFFCAIL UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Antibody fragment scFv16
| 分子 | 名称: Antibody fragment scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 26.466486 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL K |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
| 分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 40.414047 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
| 配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #6: 3-amino-5-chloro-N-cyclopropyl-6-methoxy-4-methylthieno[2,3-b]pyr...
| 分子 | 名称: 3-amino-5-chloro-N-cyclopropyl-6-methoxy-4-methylthieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: IUE |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 311.787 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-IUE: |
-分子 #7: 4-(4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yloxy)-N,N,N-trimethylbut-2-yn-1-aminium
| 分子 | 名称: 4-(4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yloxy)-N,N,N-trimethylbut-2-yn-1-aminium タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: IXO |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 197.254 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-IXO: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
英国,
オーストラリア,
日本, 7件
引用


































Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)















































解析
FIELD EMISSION GUN

