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万見
- EMDB-26098: The eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26098
タイトルThe eukaryotic translation initiation factor 2B from Homo sapiens with a H160D mutation in the beta subunit
マップデータhuman eIF2B with beta H160D mutation
試料
  • 複合体: Translation initiation factor eIF-2B decamer
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
キーワードTranslation / integrated stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / oligodendrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / oligodendrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / myelination / translation initiation factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampus development / central nervous system development / translational initiation / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang L / Schoof M / Lawrence R / Boone M / Frost A / Walter P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: A point mutation in the nucleotide exchange factor eIF2B constitutively activates the integrated stress response by allosteric modulation.
著者: Morgane Boone / Lan Wang / Rosalie E Lawrence / Adam Frost / Peter Walter / Michael Schoof /
要旨: In eukaryotic cells, stressors reprogram the cellular proteome by activating the integrated stress response (ISR). In its canonical form, stress-sensing kinases phosphorylate the eukaryotic ...In eukaryotic cells, stressors reprogram the cellular proteome by activating the integrated stress response (ISR). In its canonical form, stress-sensing kinases phosphorylate the eukaryotic translation initiation factor eIF2 (eIF2-P), which ultimately leads to reduced levels of ternary complex required for initiation of mRNA translation. Previously we showed that translational control is primarily exerted through a conformational switch in eIF2's nucleotide exchange factor, eIF2B, which shifts from its active A-State conformation to its inhibited I-State conformation upon eIF2-P binding, resulting in reduced nucleotide exchange on eIF2 (Schoof et al. 2021). Here, we show functionally and structurally how a single histidine to aspartate point mutation in eIF2B's β subunit (H160D) mimics the effects of eIF2-P binding by promoting an I-State like conformation, resulting in eIF2-P independent activation of the ISR. These findings corroborate our previously proposed A/I-State model of allosteric ISR regulation.
履歴
登録2022年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26098.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human eIF2B with beta H160D mutation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-1.1017348 - 2.1093092
平均 (標準偏差)-0.00089444115 (±0.05649418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 334.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Translation initiation factor eIF-2B decamer

全体名称: Translation initiation factor eIF-2B decamer
要素
  • 複合体: Translation initiation factor eIF-2B decamer
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

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超分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B decamer

超分子名称: Translation initiation factor eIF-2B decamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.466609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH ...文字列:
MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH RLRRKLEKNV SVMTMIFKES SPSHPTRCHE DNVVVAVDST TNRVLHFQKT QGLRRFAFPL SLFQGSSDGV EV RYDLLDC HISICSPQVA QLFTDNFDYQ TRDDFVRGLL VNEEILGNQI HMHVTAKEYG ARVSNLHMYS AVCADVIRRW VYP LTPEAN FTDSTTQSCT HSRHNIYRGP EVSLGHGSIL EENVLLGSGT VIGSNCFITN SVIGPGCHIG DNVVLDQTYL WQGV RVAAG AQIHQSLLCD NAEVKERVTL KPRSVLTSQV VVGPNITLPE GSVISLHPPD AEEDEDDGEF SDDSGADQEK DKVKM KGYN PAEVGAAGKG YLWKAAGMNM EEEEELQQNL WGLKINMEEE SESESEQSMD SEEPDSRGGS PQMDDIKVFQ NEVLGT LQR GKEENISCDN LVLEINSLKY AYNISLKEVM QVLSHVVLEF PLQQMDSPLD SSRYCALLLP LLKAWSPVFR NYIKRAA DH LEALAAIEDF FLEHEALGIS MAKVLMAFYQ LEILAEETIL SWFSQRDTTD KGQQLRKNQQ LQRFIQWLKE AEEESSED D

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon

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分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.016492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI D SNEVIMTI ...文字列:
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UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit beta

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分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.640168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP ...文字列:
MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP TRKDYGSKVS LFSHLPQYSR QNSLTQFMSI PSSVIHPAMV RLGLQYSQGL VSGSNARCIA LLRALQQVIQ DY TTPPNEE LSRDLVNKLK PYMSFLTQCR PLSASMHNAI KFLNKEITSV GSSKREEEAK SELRAAIDRY VQEKIVLAAQ AIS RFAYQK ISNGDVILVY GCSSLVSRIL QEAWTEGRRF RVVVVDSRPW LEGRHTLRSL VHAGVPASYL LIPAASYVLP EVSK VLLGA HALLANGSVM SRVGTAQLAL VARAHNVPVL VCCETYKFCE RVQTDAFVSN ELDDPDDLQC KRGEHVALAN WQNHA SLRL LNLVYDVTPP ELVDLVITEL GMIPCSSVPV VLRVKSSDQ

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit delta

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分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.754148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL ...文字列:
MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL CHLNVPVTVV LDAAVGYIME KADLVIVGAE GVVENGGIIN KIGTNQMAVC AKAQNKPFYV VAESFKFVRL FP LNQQDVP DKFKYKADTL KVAQTGQDLK EEHPWVDYTA PSLITLLFTD LGVLTPSAVS DELIKLYL

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit alpha

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分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.30423 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列:
MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL FMANEADLDE ELVIKGSILQ KHPRIRFHTG LVDAHLYCLK KYIVDFLMEN GSITSIRSEL IPYLVRKQFS SA SSQQGQE EKEEDLKKKE LKSLDIYSFI KEANTLNLAP YDACWNACRG DRWEDLSRSQ VRCYVHIMKE GLCSRVSTLG LYM EANRQV PKLLSALCPE EPPVHSSAQI VSKHLVGVDS LIGPETQIGE KSSIKRSVIG SSCLIKDRVT ITNCLLMNSV TVEE GSNIQ GSVICNNAVI EKGADIKDCL IGSGQRIEAK AKRVNEVIVG NDQLMEI

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit gamma

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0006 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6caj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170244
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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