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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26064 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S + Fabs 5317-4 and 5217-10 | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 S HexaPro bound to Fabs 5317-4 and 5317-10 | |||||||||
試料 |
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キーワード | neutralizing antibody (中和抗体) / Fab / 5317 / viral immunity complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnson NV / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2022 タイトル: Efficient discovery of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies via B cell receptor sequencing and ligand blocking. 著者: Andrea R Shiakolas / Kevin J Kramer / Nicole V Johnson / Steven C Wall / Naveenchandra Suryadevara / Daniel Wrapp / Sivakumar Periasamy / Kelsey A Pilewski / Nagarajan Raju / Rachel Nargi / ...著者: Andrea R Shiakolas / Kevin J Kramer / Nicole V Johnson / Steven C Wall / Naveenchandra Suryadevara / Daniel Wrapp / Sivakumar Periasamy / Kelsey A Pilewski / Nagarajan Raju / Rachel Nargi / Rachel E Sutton / Lauren M Walker / Ian Setliff / James E Crowe / Alexander Bukreyev / Robert H Carnahan / Jason S McLellan / Ivelin S Georgiev / 要旨: Although several monoclonal antibodies (mAbs) targeting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have been approved for coronavirus disease 2019 (COVID-19) therapy, development ...Although several monoclonal antibodies (mAbs) targeting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have been approved for coronavirus disease 2019 (COVID-19) therapy, development was generally inefficient, with lead generation often requiring the production and testing of numerous antibody candidates. Here, we report that the integration of target-ligand blocking with a previously described B cell receptor-sequencing approach (linking B cell receptor to antigen specificity through sequencing (LIBRA-seq)) enables the rapid and efficient identification of multiple neutralizing mAbs that prevent the binding of SARS-CoV-2 spike (S) protein to angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). The combination of target-ligand blocking and high-throughput antibody sequencing promises to increase the throughput of programs aimed at discovering new neutralizing antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26064.map.gz | 150.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26064-v30.xml emd-26064.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26064_fsc.xml | 14.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26064.png | 47.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26064.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_26064_half_map_1.map.gz emd_26064_half_map_2.map.gz | 285.6 MB 285.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26064 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26064 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S HexaPro bound to Fabs 5317-4 and 5317-10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map a
ファイル | emd_26064_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map a | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map b
ファイル | emd_26064_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map b | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS-CoV-2 S-ECD with Fabs 5317-4 and 5317-10
全体 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 S-ECD with Fabs 5317-4 and 5317-10 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 S-ECD with Fabs 5317-4 and 5317-10
超分子 | 名称: Complex of SARS-CoV-2 S-ECD with Fabs 5317-4 and 5317-10 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 240 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: -4 force, 3 s blot. | |||||||||
詳細 | Sample was monodisperse. S proteins had mixed occupancy of Fabs. Final reconstruction had 5 total Fabs bound: 3 5317-4 and 2 5317-10. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |