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- EMDB-25928: S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 2) with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25928
タイトルS. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 2) with docked Orc6 N-terminal domain
マップデータunsharpened cryo-EM map
試料
  • 複合体: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードinitiator / helicase loader / AAA+ ATPase / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromosome / chromosome, telomeric region / cell division / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Cdc6, C-terminal / : / CDC6, C terminal winged helix domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / AAA domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 6 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schmidt JM / Yang R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM141313 米国
European Research Council (ERC)ERC-STG-757909 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008283 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A mechanism of origin licensing control through autoinhibition of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6.
著者: Jan Marten Schmidt / Ran Yang / Ashish Kumar / Olivia Hunker / Jan Seebacher / Franziska Bleichert /
要旨: The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to ...The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to DNA initiates the ATP-dependent recruitment of Cdc6, Cdt1 and Mcm2-7 loading, but the structural details for timely ATPase site regulation and for how loading can be impeded by inhibitory signals, such as cyclin-dependent kinase phosphorylation, are unknown. Using cryo-electron microscopy, we have determined several structures of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6 intermediates at 2.5-2.7 Å resolution. These structures reveal distinct ring conformations of the initiator·co-loader assembly and inactive ATPase site configurations for ORC and Cdc6. The Orc6 N-terminal domain laterally engages the ORC·Cdc6 ring in a manner that is incompatible with productive Mcm2-7 docking, while deletion of this Orc6 region alleviates the CDK-mediated inhibition of Mcm7 recruitment. Our findings support a model in which Orc6 promotes the assembly of an autoinhibited ORC·DNA·Cdc6 intermediate to block origin licensing in response to CDK phosphorylation and to avert DNA re-replication.
履歴
登録2022年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.025778387 - 0.086457156
平均 (標準偏差)0.0001230176 (±0.0024207095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened, masked cryo-EM map

ファイルemd_25928_additional_1.map
注釈sharpened, masked cryo-EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: density modified cryo-EM map

ファイルemd_25928_additional_2.map
注釈density modified cryo-EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_25928_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_25928_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6

全体名称: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6
要素
  • 複合体: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: DNA, 84 bp ARS1
    • DNA: DNA, 84 bp ARS1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 6
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6

超分子名称: ORC in complex with ARS1 DNA and Cdc6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 104.818422 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMAKTLKD LQGWEIITTD EQGNIIDGGQ KRLRRRGAKT EHYLKRSSDG IKLGRGDSVV MHNEAAGTYS VYMIQELRLN TLNNVVELW ALTYLRWFEV NPLAHYRQFN PDANILNRPL NYYNKLFSET ANKNELYLTA ELAELQLFNF IRVANVMDGS K WEVLKGNV ...文字列:
SNAMAKTLKD LQGWEIITTD EQGNIIDGGQ KRLRRRGAKT EHYLKRSSDG IKLGRGDSVV MHNEAAGTYS VYMIQELRLN TLNNVVELW ALTYLRWFEV NPLAHYRQFN PDANILNRPL NYYNKLFSET ANKNELYLTA ELAELQLFNF IRVANVMDGS K WEVLKGNV DPERDFTVRY ICEPTGEKFV DINIEDVKAY IKKVEPREAQ EYLKDLTLPS KKKEIKRGPQ KKDKATQTAQ IS DAETRAT DITDNEDGNE DESSDYESPS DIDVSEDMDS GEISADELEE EEDEEEDEDE EEKEARHTNS PRKRGRKIKL GKD DIDASV QPPPKKRGRK PKDPSKPRQM LLISSCRANN TPVIRKFTKK NVARAKKKYT PFSKRFKSIA AIPDLTSLPE FYGN SSELM ASRFENKLKT TQKHQIVETI FSKVKKQLNS SYVKEEILKS ANFQDYLPAR ENEFASIYLS AYSAIESDSA TTIYV AGTP GVGKTLTVRE VVKELLSSSA QREIPDFLYV EINGLKMVKP TDCYETLWNK VSGERLTWAA SMESLEFYFK RVPKNK KKT IVVLLDELDA MVTKSQDIMY NFFNWTTYEN AKLIVIAVAN TMDLPERQLG NKITSRIGFT RIMFTGYTHE ELKNIID LR LKGLNDSFFY VDTKTGNAIL IDAAGNDTTV KQTLPEDVRK VRLRMSADAI EIASRKVASV SGDARRALKV CKRAAEIA E KHYMAKHGYG YDGKTVIEDE NEEQIYDDED KDLIESNKAK DDNDDDDDND GVQTVHITHV MKALNETLNS HVITFMTRL SFTAKLFIYA LLNLMKKNGS QEQELGDIVD EIKLLIEVNG SNKFVMEIAK TLFQQGSDNI SEQLRIISWD FVLNQLLDAG ILFKQTMKN DRICCVKLNI SVEEAKRAMN EDETLRNL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #2: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

+
分子 #3: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 61.044414 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMTISEAR LSPQVNLLPI KRHSNEEVEE TAAILKKRTI DNEKCKDSDP GFGSLQRRLL QQLYGTLPTD EKIIFTYLQD CQQEIDRII KQSIIQKESH SVILVGPRQS YKTYLLDYEL SLLQQSYKEQ FITIRLNGFI HSEQTAINGI ATQLEQQLQK I HGSEEKID ...文字列:
SNAMTISEAR LSPQVNLLPI KRHSNEEVEE TAAILKKRTI DNEKCKDSDP GFGSLQRRLL QQLYGTLPTD EKIIFTYLQD CQQEIDRII KQSIIQKESH SVILVGPRQS YKTYLLDYEL SLLQQSYKEQ FITIRLNGFI HSEQTAINGI ATQLEQQLQK I HGSEEKID DTSLETISSG SLTEVFEKIL LLLDSTTKTR NEDSGEVDRE SITKITVVFI FDEIDTFAGP VRQTLLYNLF DM VEHSRVP VCIFGCTTKL NILEYLEKRV KSRFSQRVIY MPQIQNLDDM VDAVRNLLTV RSEISPWVSQ WNETLEKELS DPR SNLNRH IRMNFETFRS LPTLKNSIIP LVATSKNFGS LCTAIKSCSF LDIYNKNQLS NNLTGRLQSL SDLELAILIS AARV ALRAK DGSFNFNLAY AEYEKMIKAI NSRIPTVAPT TNVGTGQSTF SIDNTIKLWL KKDVKNVWEN LVQLDFFTEK SAVGL RDNA TAAFYASNYQ FQGTMIPFDL RSYQMQIILQ ELRRIIPKSN MYYSWTQL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

+
分子 #5: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.369531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ TNESPSITRR KLAFEEDEDE DEEEPGNDGL SLKSHSNKSI TGTRNVDSDE YENHESDPTS EEEPLGVQES RS GRTKQNK AVGKPQSELK TAKALRKRGR IPNSLLVKKY CKMTTEEIIR LCNDFELPRE VAYKIVDEYN INASRLVCPW QLV CGLVLN CTFIVFNERR RKDPRIDHFI VSKMCSLMLT SKVDDVIECV KLVKELIIGE KWFRDLQIRY DDFDGIRYDE IIFR KLGSM LQTTNILVTD DQYNIWKKRI EMDLALTEPL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

+
分子 #9: Cell division control protein 6

分子名称: Cell division control protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 58.384625 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSAIPIT PTKRIRRNLF DDAPATPPRP LKRKKLQFTD VTPESSPEKL QFGSQSIFLR TKALLQKSSE LVNLNSSDGA LPARTAEYE QVMNFLAKAI SEHRSDSLYI TGPPGTGKTA QLDMIIRQKF QSLPLSLSTP RSKDVLRHTN PNLQNLSWFE L PDGRLESV ...文字列:
SNAMSAIPIT PTKRIRRNLF DDAPATPPRP LKRKKLQFTD VTPESSPEKL QFGSQSIFLR TKALLQKSSE LVNLNSSDGA LPARTAEYE QVMNFLAKAI SEHRSDSLYI TGPPGTGKTA QLDMIIRQKF QSLPLSLSTP RSKDVLRHTN PNLQNLSWFE L PDGRLESV AVTSINCISL GEPSSIFQKI FDSFQDLNGP TLQIKNMQHL QKFLEPYHKK TTFVVVLDEM DRLLHANTSE TQ SVRTILE LFLLAKLPTV SFVLIGMANS LDMKDRFLSR LNLDRGLLPQ TIVFQPYTAE QMYEIVIQKM SSLPTIIFQP MAI KFAAKK CAGNTGDLRK LFDVLRGSIE IYELEKRFLL SPTRGSLNSA QVPLTPTTSP VKKSYPEPQG KIGLNYIAKV FSKF VNNNS TRTRIAKLNI QQKLILCTII QSLKLNSDAT IDESFDHYIK AITKTDTLAP LQRNEFLEIC TILETCGLVS IKKTK CKGK TKRFVDKIDV DLDMREFYDE MTKISILKPF LH

UniProtKB: Cell division control protein 6

+
分子 #7: DNA, 84 bp ARS1

分子名称: DNA, 84 bp ARS1 / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.820561 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
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GENBANK: GENBANK: CP007814.1

+
分子 #8: DNA, 84 bp ARS1

分子名称: DNA, 84 bp ARS1 / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.977766 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
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GENBANK: GENBANK: CP007814.1

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 130 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 6.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81494
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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