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- EMDB-25894: Single-molecule 3D density map of HIV cellular entry by liquid-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25894
タイトルSingle-molecule 3D density map of HIV cellular entry by liquid-phase electron tomography (particle #3)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: A HIV totally enter cell membrane
    • 細胞器官・細胞要素: cell membrane
    • ウイルス: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードHIV cellular entry / CELL INVASION
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / 解像度: 65.0 Å
データ登録者Kong L / Ren G
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042667 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Facile hermetic TEM grid preparation for molecular imaging of hydrated biological samples at room temperature.
著者: Lingli Kong / Jianfang Liu / Meng Zhang / Zhuoyang Lu / Han Xue / Amy Ren / Jiankang Liu / Jinping Li / Wai Li Ling / Gang Ren /
要旨: Although structures of vitrified supramolecular complexes have been determined at near-atomic resolution, elucidating in situ molecular structure in living cells remains a challenge. Here, we report ...Although structures of vitrified supramolecular complexes have been determined at near-atomic resolution, elucidating in situ molecular structure in living cells remains a challenge. Here, we report a straightforward liquid cell technique, originally developed for real-time visualization of dynamics at a liquid-gas interface using transmission electron microscopy, to image wet biological samples. Due to the scattering effects from the liquid phase, the micrographs display an amplitude contrast comparable to that observed in negatively stained samples. We succeed in resolving subunits within the protein complex GroEL imaged in a buffer solution at room temperature. Additionally, we capture various stages of virus cell entry, a process for which only sparse structural data exists due to their transient nature. To scrutinize the morphological details further, we used individual particle electron tomography for 3D reconstruction of each virus. These findings showcase this approach potential as an efficient, cost-effective complement to other microscopy technique in addressing biological questions at the molecular level.
履歴
登録2022年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
21.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 2744.32 Å		21.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 2744.32 Å		21.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 2744.32 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 21.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.4023509 - 1.4776587
平均 (標準偏差)0.028734766 (±0.10721366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 2744.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A HIV totally enter cell membrane

全体名称: A HIV totally enter cell membrane
要素
  • 細胞器官・細胞要素: A HIV totally enter cell membrane
    • 細胞器官・細胞要素: cell membrane
    • ウイルス: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: A HIV totally enter cell membrane

超分子名称: A HIV totally enter cell membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: In the penetrating stage of viral entry, in which a virus half embeds into the cell membrane.

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超分子 #3: cell membrane

超分子名称: cell membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human immunodeficiency virus

超分子名称: Human immunodeficiency virus / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / NCBI-ID: 12721 / 生物種: Human immunodeficiency virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
100.0 %Gibco minimum essential media
10.0 %FBS

詳細: HeLa cells were grown in Gibco minimum essential media (MEM, containing 10 percent FBS) at 37 degree with 5 percent CO2, and virus-infected cells were prepared by incubating HeLa cells with ...詳細: HeLa cells were grown in Gibco minimum essential media (MEM, containing 10 percent FBS) at 37 degree with 5 percent CO2, and virus-infected cells were prepared by incubating HeLa cells with virus at a ratio of 50 to 1 for 12 hours.
糖包埋材質: sanwiched by two formvar films
詳細: sample solution (native liquid state, label-free, without any staining) was deposited and then sandwiched between two layers of 300 mesh TEM Formvar-coated copper grids at room temperature.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細HeLa cells were grown in Gibco minimum essential media and virus-infected cells were prepared by incubating HeLa cells with virus at a ratio of 50:1 for 12 hours.
Cryo protectantLiquid-phase
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 97 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
詳細: The total illumination electron doses were ~30 electron per angstrom square.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 11.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 11.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm

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画像解析

詳細The tilt series of the targeted particles, including HeLa cells, viruses and nanoparticles, was reconstructed by IPET software (PLoS ONE, 2012, 7(1): e30249). In brief, a circular mask with a Gaussian edge was applied to each image, followed by 3D reconstruction via an iteration refinement process with a series of soft-boundary masks and filters. To display the objects with positive or negative contrast, a superimposed 3D density map was generated by combining the positive contour map of the final IPET 3D density maps with its negative contour map by using Chimera software. The resolution of the final 3D map was estimated based on the intra-Fourier shell correlation (FSC). Briefly, the aligned images were then split into two groups based on having an odd- or even-numbered tilting index so that two 3D reconstructions were generated to compute the FSC curves, and the frequency at which the FSC curve fell to a value of 0.5 was used to represent the resolution.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 65.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET (ver. 1.0) / ソフトウェア - 詳細: PLoS ONE, 2012, 7(1): e30249 / 使用した粒子像数: 97
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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