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万見
- EMDB-25811: BceAB nucleotide-free conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25811
タイトルBceAB nucleotide-free conformation
マップデータCryoEM map of BceAB in a nucleotide-free conformation filtered to 3.8A with -180 b-factor
試料
  • 複合体: BceAB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
  • リガンド: 4-amino-4-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(2E,6E,10Z,14Z,18Z,22E,26E,30E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34-nonaen-1-yl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinopyranose
キーワードBceAB / bacitracin / transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter permease protein, BceB-type / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacitracin export ATP-binding protein BceA / Bacitracin export permease protein BceB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者George NL / Orlando BJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Conformational snapshots of the bacitracin sensing and resistance transporter BceAB.
著者: Natasha L George / Anthony L Schilmiller / Benjamin J Orlando /
要旨: SignificanceMany gram-positive organisms have evolved an elegant solution to sense and resist antimicrobial peptides that inhibit cell-wall synthesis. These organisms express an unusual "Bce-type" ...SignificanceMany gram-positive organisms have evolved an elegant solution to sense and resist antimicrobial peptides that inhibit cell-wall synthesis. These organisms express an unusual "Bce-type" adenosine triphosphate-binding cassette (ABC) transporter that recognizes complexes formed between antimicrobial peptides and lipids involved in cell-wall biosynthesis. In this work, we provide the first structural snapshots of a Bce-type ABC transporter trapped in different conformational states. Our structures and associated biochemical data provide key insights into the novel target protection mechanism that these unusual ABC transporters use to sense and resist antimicrobial peptides. The studies described herein set the stage to begin developing a comprehensive molecular understanding of the diverse interactions between antimicrobial peptides and conserved resistance machinery found across most gram-positive organisms.
履歴
登録2021年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25811.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of BceAB in a nucleotide-free conformation filtered to 3.8A with -180 b-factor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261.6 Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261.6 Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.872 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.276
最小 - 最大-1.8208007 - 2.7542634
平均 (標準偏差)0.0007681603 (±0.06534349)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 261.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_25811_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_25811_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BceAB

全体名称: BceAB
要素
  • 複合体: BceAB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
  • リガンド: 4-amino-4-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(2E,6E,10Z,14Z,18Z,22E,26E,30E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34-nonaen-1-yl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinopyranose

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超分子 #1: BceAB

超分子名称: BceAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 129 KDa

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分子 #1: Bacitracin export permease protein BceB

分子名称: Bacitracin export permease protein BceB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168
分子量理論値: 72.262109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM ...文字列:
MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM IMNYTFIKKQ SILSLFKVTS STEDKVKKIS FFQMLIGALG IVLILTGYYV SSELFGGKFK TINELFVAMS FI LGSVIIG TFLFYKGSVT FISNIIRKSK GGYLNISEVL SLSSIMFRMK SNALLLTIIT TVSALAIGLL SLAYISYYSS EKT AEQNVA ADFSFMNEKD AKLFENKLRE SNISFVKKAT PVLQANVDIA NIMDGTPKEM QGDPGNMQLA VVSDKDVKGV DVAA GEAVF SGYTDLLQKI MVFKDSGVIK VKSKHETQPL KYKGLREEFL VSYTFTSGGM PAVIVDDSLF KQLDKDKDPR IQLAQ STFI GVNVKHDDQM EKANELFQQV NKKNEHLSRL DTSAAQKSLF GMVMFIVGFL GLTFLITSGC ILYFKQMGES EDEKPS YTI LRKLGFTQGD LIKGIRIKQM YNFGIPLVVG LFHSYFAVQS GWFLFGSEVW APMIMVMVLY TALYSIFGFL SVLYYKK VI KSSL

UniProtKB: Bacitracin export permease protein BceB

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分子 #2: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

分子名称: Bacitracin export ATP-binding protein BceA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168
分子量理論値: 29.248377 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH ...文字列:
MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH DPSIIFADEP TGALDSKSAS DLLNKLSQLN QKRNATIIMV THDPVAASYC GRVIFIKDGQ MYTQLNKGGQ DR QTFFQDI MKTQGVLGGV QHEH

UniProtKB: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

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分子 #3: 4-amino-4-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(2E,6E,10Z,14Z,18Z,22E,26E,30E)...

分子名称: 4-amino-4-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(2E,6E,10Z,14Z,18Z,22E,26E,30E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34-nonaen-1-yl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinopyranose
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: I0O
分子量理論値: 842.178 Da
Chemical component information

ChemComp-I0O:
4-amino-4-deoxy-1-O-[(S)-hydroxy{[(2E,6E,10Z,14Z,18Z,22E,26E,30E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34-nonaen-1-yl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-arabinopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.005 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15mA in Pelco EasyGlow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.1 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 307715
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7tcg:
BceAB nucleotide-free conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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