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- EMDB-2581: The structures of cytosolic and plastid-located glutamine synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2581
タイトルThe structures of cytosolic and plastid-located glutamine synthetases from Medicago truncatula reveal a common and dynamic architecture
マップデータgsii-a reconstruction from M. trucantula
試料
  • 試料: gsii-a from M. trucantula
  • タンパク質・ペプチド: MtGSII-2a
キーワードglutamine synthetases / Medicago trucantula
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Torreira E / Seabra AR / Marriott H / Zhou M / Llorca O / Robinson CV / Carvalho HG / Fernandez-Tornero C / Pereira PJB
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2014
タイトル: The structures of cytosolic and plastid-located glutamine synthetases from Medicago truncatula reveal a common and dynamic architecture.
著者: Eva Torreira / Ana Rita Seabra / Hazel Marriott / Min Zhou / Óscar Llorca / Carol V Robinson / Helena G Carvalho / Carlos Fernández-Tornero / Pedro José Barbosa Pereira /
要旨: The first step of nitrogen assimilation in higher plants, the energy-driven incorporation of ammonia into glutamate, is catalyzed by glutamine synthetase. This central process yields the readily ...The first step of nitrogen assimilation in higher plants, the energy-driven incorporation of ammonia into glutamate, is catalyzed by glutamine synthetase. This central process yields the readily metabolizable glutamine, which in turn is at the basis of all subsequent biosynthesis of nitrogenous compounds. The essential role performed by glutamine synthetase makes it a prime target for herbicidal compounds, but also a suitable intervention point for the improvement of crop yields. Although the majority of crop plants are dicotyledonous, little is known about the structural organization of glutamine synthetase in these organisms and about the functional differences between the different isoforms. Here, the structural characterization of two glutamine synthetase isoforms from the model legume Medicago truncatula is reported: the crystallographic structure of cytoplasmic GSII-1a and an electron cryomicroscopy reconstruction of plastid-located GSII-2a. Together, these structural models unveil a decameric organization of dicotyledonous glutamine synthetase, with two pentameric rings weakly connected by inter-ring loops. Moreover, rearrangement of these dynamic loops changes the relative orientation of the rings, suggesting a zipper-like mechanism for their assembly into a decameric enzyme. Finally, the atomic structure of M. truncatula GSII-1a provides important insights into the structural determinants of herbicide resistance in this family of enzymes, opening new avenues for the development of herbicide-resistant plants.
履歴
登録2014年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年4月16日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈gsii-a reconstruction from M. trucantula
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0028 / ムービー #1: 0.0012
最小 - 最大-0.00040951 - 0.00454528
平均 (標準偏差)0.0000854 (±0.0004523)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-88-88-88
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 285.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z176176176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.120285.120285.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-88-88-88
NC/NR/NS176176176
D min/max/mean-0.0000.0050.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : gsii-a from M. trucantula

全体名称: gsii-a from M. trucantula
要素
  • 試料: gsii-a from M. trucantula
  • タンパク質・ペプチド: MtGSII-2a

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超分子 #1000: gsii-a from M. trucantula

超分子名称: gsii-a from M. trucantula / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 2-pentameric rings / Number unique components: 1
分子量実験値: 441 KDa / 理論値: 440 KDa / 手法: Native mass-spec

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分子 #1: MtGSII-2a

分子名称: MtGSII-2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 集合状態: Decamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) / 別称: Barrel medic / 細胞中の位置: plastid
分子量実験値: 441 KDa / 理論値: 440 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: CodonPlus RIL / 組換プラスミド: pET-24-d(+)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES PH 7.4
グリッド詳細: Glow-discharged QUANTIFOIL R 2/2 holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
日付2012年11月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 83393 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The final reconstruction was determined employing just perfect side-views.
CTF補正詳細: CTFFIND and BSOFT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1.9, Xmipp / 使用した粒子像数: 3117

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4is4

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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