[日本語] English
万見
- EMDB-25771: CryoEM structure of the (NPR1)2-(TGA3)2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25771
タイトルCryoEM structure of the (NPR1)2-(TGA3)2 complex
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: (NPR1)2-(TGA3)2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein NPR1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TGA3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードNPR1 / TGA3 / Plant Immunity / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbivore / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / induced systemic resistance / extracellular ATP signaling / response to insect / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway ...response to herbivore / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of defense response to bacterium / regulation of systemic acquired resistance / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / induced systemic resistance / extracellular ATP signaling / response to insect / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / salicylic acid binding / plant-type hypersensitive response / response to salicylic acid / defense response to fungus / response to bacterium / transcription coregulator activity / response to wounding / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to heat / nuclear body / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / calmodulin binding / protein ubiquitination / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TGA like domain / Seed dormancy control / DOG1 domain profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. ...Transcription factor TGA like domain / Seed dormancy control / DOG1 domain profile. / NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein NPR1 / Transcription factor TGA3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wu Q / Zhou Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of NPR1 in activating plant immunity.
著者: Shivesh Kumar / Raul Zavaliev / Qinglin Wu / Ye Zhou / Jie Cheng / Lucas Dillard / Jordan Powers / John Withers / Jinshi Zhao / Ziqiang Guan / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Xinnian Dong / Pei Zhou /
要旨: NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory ...NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory mechanisms has been hindered by a lack of structural information. Here we report cryo-electron microscopy and crystal structures of Arabidopsis NPR1 and its complex with the transcription factor TGA3. Cryo-electron microscopy analysis reveals that NPR1 is a bird-shaped homodimer comprising a central Broad-complex, Tramtrack and Bric-à-brac (BTB) domain, a BTB and carboxyterminal Kelch helix bundle, four ankyrin repeats and a disordered salicylic-acid-binding domain. Crystal structure analysis reveals a unique zinc-finger motif in BTB for interacting with ankyrin repeats and mediating NPR1 oligomerization. We found that, after stimulation, salicylic-acid-induced folding and docking of the salicylic-acid-binding domain onto ankyrin repeats is required for the transcriptional cofactor activity of NPR1, providing a structural explanation for a direct role of salicylic acid in regulating NPR1-dependent gene expression. Moreover, our structure of the TGA3-NPR1-TGA3 complex, DNA-binding assay and genetic data show that dimeric NPR1 activates transcription by bridging two fatty-acid-bound TGA3 dimers to form an enhanceosome. The stepwise assembly of the NPR1-TGA complex suggests possible hetero-oligomeric complex formation with other transcription factors, revealing how NPR1 reprograms the defence transcriptome.
履歴
登録2021年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7tad
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25771.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.066 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.2 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-86.495339999999999 - 118.735600000000005
平均 (標準偏差)0.00055045245 (±1.0950737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 409.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0661.0661.066
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.344409.344409.344
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ139118109
NX/NY/NZ123164187
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-86.495118.7360.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : (NPR1)2-(TGA3)2 complex

全体名称: (NPR1)2-(TGA3)2 complex
要素
  • 複合体: (NPR1)2-(TGA3)2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory protein NPR1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor TGA3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PALMITIC ACID

-
超分子 #1: (NPR1)2-(TGA3)2 complex

超分子名称: (NPR1)2-(TGA3)2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
分子 #1: Regulatory protein NPR1

分子名称: Regulatory protein NPR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 67.886797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPAVPRMDTT IDGFADSYEI SSTSFVATDN TDSSIVYLAA EQVLTGPDVS ALQLLSNSFE SVFDSPDDFY SDAKLVLSDG REVSFHRCV LSARSSFFKS ALAAAKKEKD SNNTAAVKLE LKEIAKDYEV GFDSVVTVLA YVYSSRVRPP PKGVSECADE N CCHVACRP ...文字列:
GPAVPRMDTT IDGFADSYEI SSTSFVATDN TDSSIVYLAA EQVLTGPDVS ALQLLSNSFE SVFDSPDDFY SDAKLVLSDG REVSFHRCV LSARSSFFKS ALAAAKKEKD SNNTAAVKLE LKEIAKDYEV GFDSVVTVLA YVYSSRVRPP PKGVSECADE N CCHVACRP AVDFMLEVLY LAFIFKIPEL ITLYQRHLLD VVDKVVIEDT LVILKLANIC GKACMKLLDR CKEIIVKSNV DM VSLEKSL PEELVKEIID RRKELGLEVP KVKKHVSNVH KALDSDDIEL VKLLLKEDHT NLDDACALHF AVAYCNVKTA TDL LKLDLA DVNHRNPRGY TVLHVAAMRK EPQLILSLLE KGASASEATL EGRTALMIAK QATMAVECNN IPEQCKHSLK GRLC VEILE QEDKREQIPR DVPPSFAVAA DELKMTLLDL ENRVALAQRL FPTEAQAAME IAEMKGTCEF IVTSLEPDRL TGTKR TSPG VKIAPFRILE EHQSRLKALS KTVELGKRFF PRCSAVLDQI MNCEDLTQLA CGEDDTAEKR LQKKQRYMEI QETLKK AFS EDNLELGNSS LTDSTSSTSK STGGKRSNRK LSHRRRGGWS HPQFER

UniProtKB: Regulatory protein NPR1

-
分子 #2: Transcription factor TGA3

分子名称: Transcription factor TGA3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 36.843457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPANNDQDED RINDKMKRRL AQNREAARKS RLRKKAHVQQ LEESRLKLSQ LEQELVRARQ QGLCVRNSSD TSYLGPAGNM NSGIAAFEM EYTHWLEEQN RRVSEIRTAL QAHIGDIELK MLVDSCLNHY ANLFRMKADA AKADVFFLMS GMWRTSTERF F QWIGGFRP ...文字列:
GPANNDQDED RINDKMKRRL AQNREAARKS RLRKKAHVQQ LEESRLKLSQ LEQELVRARQ QGLCVRNSSD TSYLGPAGNM NSGIAAFEM EYTHWLEEQN RRVSEIRTAL QAHIGDIELK MLVDSCLNHY ANLFRMKADA AKADVFFLMS GMWRTSTERF F QWIGGFRP SELLNVVMPY VEPLTDQQLL EVRNLQQSSQ QAEEALSQGL DKLQQGLVES IAIQIKVVES VNHGAPMASA ME NLQALES FVNQADHLRQ QTLQQMSKIL TTRQAARGLL ALGEYFHRLR ALSSLWAARP REHTGGDYKD DDDKSSGYPY DVP DYA

UniProtKB: Transcription factor TGA3

-
分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #4: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.2 mM salicylic acid.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 ul of the sample was applied to the grid and incubated for 60 s in the chamber set at 277.15 K and 85% humidity. The grid was blotted for 2.4 s, followed by plunge-freezing in liquid ethane ...詳細: 3 ul of the sample was applied to the grid and incubated for 60 s in the chamber set at 277.15 K and 85% humidity. The grid was blotted for 2.4 s, followed by plunge-freezing in liquid ethane cooled by liquid nitrogen..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 287150
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る