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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25768 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM maps of the (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2 complex | |||||||||
マップデータ | consensus refinement map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu Q / Zhou Y / Bartesaghi A / Dong X / Zhou P | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structural basis of NPR1 in activating plant immunity. 著者: Shivesh Kumar / Raul Zavaliev / Qinglin Wu / Ye Zhou / Jie Cheng / Lucas Dillard / Jordan Powers / John Withers / Jinshi Zhao / Ziqiang Guan / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Xinnian Dong / Pei Zhou / 要旨: NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory ...NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory mechanisms has been hindered by a lack of structural information. Here we report cryo-electron microscopy and crystal structures of Arabidopsis NPR1 and its complex with the transcription factor TGA3. Cryo-electron microscopy analysis reveals that NPR1 is a bird-shaped homodimer comprising a central Broad-complex, Tramtrack and Bric-à-brac (BTB) domain, a BTB and carboxyterminal Kelch helix bundle, four ankyrin repeats and a disordered salicylic-acid-binding domain. Crystal structure analysis reveals a unique zinc-finger motif in BTB for interacting with ankyrin repeats and mediating NPR1 oligomerization. We found that, after stimulation, salicylic-acid-induced folding and docking of the salicylic-acid-binding domain onto ankyrin repeats is required for the transcriptional cofactor activity of NPR1, providing a structural explanation for a direct role of salicylic acid in regulating NPR1-dependent gene expression. Moreover, our structure of the TGA3-NPR1-TGA3 complex, DNA-binding assay and genetic data show that dimeric NPR1 activates transcription by bridging two fatty-acid-bound TGA3 dimers to form an enhanceosome. The stepwise assembly of the NPR1-TGA complex suggests possible hetero-oligomeric complex formation with other transcription factors, revealing how NPR1 reprograms the defence transcriptome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25768.map.gz | 196.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25768-v30.xml emd-25768.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25768_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25768.png | 40.8 KB | ||
マスクデータ | emd_25768_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25768_additional_1.map.gz emd_25768_additional_2.map.gz emd_25768_additional_3.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25768 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25768 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25768_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25768_full_validation.pdf.gz | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25768_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25768_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25768 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25768 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | consensus refinement map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25768_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local Focused Refinement Map (TGA3 dimer)
ファイル | emd_25768_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local Focused Refinement Map (TGA3 dimer) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local Focused Refinement Map (TGA3 dimer)
ファイル | emd_25768_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local Focused Refinement Map (TGA3 dimer) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local Focused Refinement Map (NPR1 dimer)
ファイル | emd_25768_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Local Focused Refinement Map (NPR1 dimer) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2
全体 | 名称: Complex of (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2
超分子 | 名称: Complex of (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM HEPES pH7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.2 mM salicylic acid |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 ul of the sample was applied to the grid and incubated for 60 s in the chamber set at 277.15 K and 85% humidity. The grid was blotted for 2.4 s, followed by plunge-freezing in liquid ethane ...詳細: 3 ul of the sample was applied to the grid and incubated for 60 s in the chamber set at 277.15 K and 85% humidity. The grid was blotted for 2.4 s, followed by plunge-freezing in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |