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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of PLCg1 | |||||||||
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![]() | 1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 cryo EM / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoinositide phospholipase C / phospholipid catabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | |||||||||
![]() | Endo-Streeter S / Sondek J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of PLCg1 著者: Endo-Streeter S / Sondek J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 43.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 150.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7t8tMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
全体 | 名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
超分子 | 名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma
分子 | 名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphoinositide phospholipase C |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 138.185391 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AEVLHLCRSL EVGTVMTLFY SKKSQRPERK TFQVKLETRQ ITWSRGADKI EGSIDIREIK EIRPGKTSRD FDRYQEDPAF RPDQSHCFV ILYGMEFRLK TLSLQATSED EVNMWIKGLT WLMEDTLQAA TPLQIERWLR KQFYSVDRNR EDRISAKDLK N MLSQVNYR ...文字列: AEVLHLCRSL EVGTVMTLFY SKKSQRPERK TFQVKLETRQ ITWSRGADKI EGSIDIREIK EIRPGKTSRD FDRYQEDPAF RPDQSHCFV ILYGMEFRLK TLSLQATSED EVNMWIKGLT WLMEDTLQAA TPLQIERWLR KQFYSVDRNR EDRISAKDLK N MLSQVNYR VPNMRFLRER LTDLEQRSGD ITYGQFAQLY RSLMYSAQKT MDLPFLETNT LRTGERPELC QVSLSEFQQF LL EYQGELW AVDRLQVQEF MLSFLRDPLR EIEEPYFFLD ELVTFLFSKE NSVWNSQLDA VCPETMNNPL SHYWISSSAN TYL TGDQFS SESSLEAYAR CLRMGCRCIE LDCWDGPDGM PVIYHGHTLT TKIKFSDVLH TIKEHAFVAS EYPVILSIED HCSI AQQRN MAQHFRKVLG DTLLTKPVDI AADGLPSPNQ LKRKILIKHK KLAEGSAYEE VPTSVMYSEN DISNSIKNGI LYLED PVNH EWYPHYFVLT SSKIYYSEET SSDQGNEDEE EPKEASGSTE LHSSEKWFHG KLGAGRDGRH IAERLLTEYC IETGAP DGS FLVRESETFV GDYTLSFWRN GKVQHCRIHS RQDAGTPKFF LTDNLVFDSL YDLITHYQQV PLRCNEFEMR LSEPVPQ TN AHESKEWYHA SLTRAQAEHM LMRVPRDGAF LVRKRNEPNS YAISFRAEGK IKHCRVQQEG QTVMLGNSEF DSLVDLIS Y YEKHPLYRKM KLRYPINEEA LEKIGTAEPD YGALYEGRNP GFYVEANPMP TFKCAVKALF DYKAQREDEL TFTKSAIIQ NVEKQDGGWW RGDYGGKKQL WFPSNYVEEM INPAILEPER EHLDENSPLG DLLRGVLDVP ACQIAIRPEG KNNRLFVFSI SMPSVAQWS LDVAADSQEE LQDWVKKIRE VAQTADARLT EGKMMERRKK IALELSELVV YCRPVPFDEE KIGTERACYR D MSSFPETK AEKYVNKAKG KKFLQYNRLQ LSRIYPKGQR LDSSNYDPLP MWICGSQLVA LNFQTPDKPM QMNQALFMAG GH CGYVLQP STMRDEAFDP FDKSSLRGLE PCVICIEVLG ARHLPKNGRG IVCPFVEIEV AGAEYDSTKQ KTEFVVDNGL NPV WPAKPF HFQISNPEFA FLRFVVYEED MFSDQNFLAQ ATFPVKGLKT GYRAVPLKNN YSEDLELASL LIKIDIFPAK UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4450 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 13 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 238458 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |