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- EMDB-25730: Cryo-EM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25730
タイトルCryo-EM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009, and IGH505 Fabs
マップデータSharpened non-focused map of the full complex
試料
  • 複合体: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009 and IGH505 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: AR4A Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AR4A, kappa light chain
    • タンパク質・ペプチド: IGH505, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IGH505, lambda light chain
    • タンパク質・ペプチド: AT12009 crossMab, light kappa chain
    • タンパク質・ペプチド: AT12009 CrossMab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Ward AB / Eshun-Wilson L / Lander GC
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the hepatitis C virus E1E2 glycoprotein complex.
著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / ...著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
要旨: Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope ...Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope E1 and E2 glycoproteins are essential for viral entry and comprise the primary antigenic target for neutralizing antibody responses. The molecular mechanisms of E1E2 assembly, as well as how the E1E2 heterodimer binds broadly neutralizing antibodies, remain elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the membrane-extracted full-length E1E2 heterodimer in complex with three broadly neutralizing antibodies-AR4A, AT1209, and IGH505-at ~3.5-angstrom resolution. We resolve the interface between the E1 and E2 ectodomains and deliver a blueprint for the rational design of vaccine immunogens and antiviral drugs.
履歴
登録2021年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25730.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened non-focused map of the full complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.60087013 - 1.2189401
平均 (標準偏差)0.0002346476 (±0.024856634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25730_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite sharpened map of the complex generated from...

ファイルemd_25730_additional_1.map
注釈Composite sharpened map of the complex generated from multiple focused maps of different sub-regions of the complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened non-focused map of the full complex

ファイルemd_25730_additional_2.map
注釈Unsharpened non-focused map of the full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of sharpened non-focused map of full complex

ファイルemd_25730_half_map_1.map
注釈Half map of sharpened non-focused map of full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of sharpened non-focused map of full complex

ファイルemd_25730_half_map_2.map
注釈Half map of sharpened non-focused map of full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprote...

全体名称: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009 and IGH505 Fabs
要素
  • 複合体: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009 and IGH505 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: AR4A Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AR4A, kappa light chain
    • タンパク質・ペプチド: IGH505, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IGH505, lambda light chain
    • タンパク質・ペプチド: AT12009 crossMab, light kappa chain
    • タンパク質・ペプチド: AT12009 CrossMab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprote...

超分子名称: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009 and IGH505 Fabs
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス) / 株: AMS0232

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分子 #1: Envelope glycoprotein E2

分子名称: Envelope glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス)
分子量理論値: 40.156699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTYVTGGTAA RATSGLANFF SPGAKQDVQL INTNGSWHIN RTALNCNTSL ETGWIAGLIY LNKFNSSGCP ERMASCRPLA DFAQGWGPI SYANGSGPDH RPYCWHYPPK PCGIVSAKSV CGPVYCFTPS PVVVGTTNKL GAPTYSWGEN ETDVFVLNNT R PPLGNWFG ...文字列:
QTYVTGGTAA RATSGLANFF SPGAKQDVQL INTNGSWHIN RTALNCNTSL ETGWIAGLIY LNKFNSSGCP ERMASCRPLA DFAQGWGPI SYANGSGPDH RPYCWHYPPK PCGIVSAKSV CGPVYCFTPS PVVVGTTNKL GAPTYSWGEN ETDVFVLNNT R PPLGNWFG CTWMNSTGFT KVCGAPPCAI GGVGNNTLHC PTDCFRKHPE ATYSRCGSGP WITPRCLVDY PYRLWHYPCT IN YTRFKVR MYIGGVEHRL DAACNWTRGE RCDLEDRDRS ELSPLLLSTT QWQVLPCSFT TLPALSTGLI HLHQNIVDVQ YLY GVGSSI VSWAIKWEYV VLLFLLLADA RVCSCLWMML LISQAEA

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分子 #2: AR4A Fab, heavy chain

分子名称: AR4A Fab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.8085 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEV QLLEQSGPEV KKPGDSLRIS CKMSGDSLVT TWIGWVRQKP GQGLEWMGII NPGDSSTNIY PGDSATRYG PSFQGQVTIS IDKSTSTAYL QWNNVKASDT GIYYCARHVP VPISGTFLWR EREMHDFGYF DDWGQGTLVI V SSASTKGP ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHEV QLLEQSGPEV KKPGDSLRIS CKMSGDSLVT TWIGWVRQKP GQGLEWMGII NPGDSSTNIY PGDSATRYG PSFQGQVTIS IDKSTSTAYL QWNNVKASDT GIYYCARHVP VPISGTFLWR EREMHDFGYF DDWGQGTLVI V SSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GT QTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCGG SAWSHPQFEK

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分子 #3: AR4A, kappa light chain

分子名称: AR4A, kappa light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.290209 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEL TLTQSPGTLS LSPGERATLS CRASQSVSNN YLAWYQQKPG QAPRLLIYGA SSRATGIPDR FSGSGSGTG FTLIISRLEP EDFAVYYCQQ YGSSSITFGQ GTRLEIKRTA AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHEL TLTQSPGTLS LSPGERATLS CRASQSVSNN YLAWYQQKPG QAPRLLIYGA SSRATGIPDR FSGSGSGTG FTLIISRLEP EDFAVYYCQQ YGSSSITFGQ GTRLEIKRTA AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #4: IGH505, heavy chain

分子名称: IGH505, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.277027 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELGLSWLFL VAILAQPAMA QVQFVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT RHAIHWVRQA PGQRLEWMGW INPGNGNAKY SQKFQGRVT ITRDTPASTV YMELSSLRSE DMGVYYCARD GGYSHDYSYF YGLDVWGPGT TVIVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ...文字列:
MELGLSWLFL VAILAQPAMA QVQFVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT RHAIHWVRQA PGQRLEWMGW INPGNGNAKY SQKFQGRVT ITRDTPASTV YMELSSLRSE DMGVYYCARD GGYSHDYSYF YGLDVWGPGT TVIVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VD KRVEPKS CDKTHTCPPC PAPELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPR EEQYNS TYRVVSVLTV LHQDWLNGKE YKCKVSNKAL PAPIEKTISK AKGQPREPQV YTLPPSREEM TKNQVSLTCL VKGF YPSDI AVEWESNGQP ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSPGK

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分子 #5: IGH505, lambda light chain

分子名称: IGH505, lambda light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.974764 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METPAQLLFL LLLWLPGSTQ SVLTQPPSAA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG GNFVDWYQQF PGTAPKLLIY TNDQRPSGVP ARFSGSKSG TSASLAISGL RSEDEADYYC AAWDDIVNGW VFGGGTKLEI KRTAAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT ...文字列:
METPAQLLFL LLLWLPGSTQ SVLTQPPSAA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG GNFVDWYQQF PGTAPKLLIY TNDQRPSGVP ARFSGSKSG TSASLAISGL RSEDEADYYC AAWDDIVNGW VFGGGTKLEI KRTAAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI S DFYPGAVT VAWKADSSPV KAGVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #6: AT12009 crossMab, light kappa chain

分子名称: AT12009 crossMab, light kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.014084 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEI MLTQSPVTLS VSPGERATLS CRASQSIGTN LAWYQKPGQA PRLLIHGAST RATGVPVSFS GSGSGTEFT LTISSLQSED FAVYYCQQYN NWPLTFGGGT KVEIKSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHEI MLTQSPVTLS VSPGERATLS CRASQSIGTN LAWYQKPGQA PRLLIHGAST RATGVPVSFS GSGSGTEFT LTISSLQSED FAVYYCQQYN NWPLTFGGGT KVEIKSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS C

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分子 #7: AT12009 CrossMab, heavy chain

分子名称: AT12009 CrossMab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.151678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VLVQSGAEVK KPGSSVRVSC KASGDTFKTH AISWVRQAPG QGLEWVGGTV RQAPGDGLEL LGGFVPILA PANDAQKFQG RVTITADGST GPVYMDLSTL TSEDTAMYYC VTSLSEPIPR SCRGGRCYSG PFDAFGVWGQ G TLVTVSSA ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VLVQSGAEVK KPGSSVRVSC KASGDTFKTH AISWVRQAPG QGLEWVGGTV RQAPGDGLEL LGGFVPILA PANDAQKFQG RVTITADGST GPVYMDLSTL TSEDTAMYYC VTSLSEPIPR SCRGGRCYSG PFDAFGVWGQ G TLVTVSSA SVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LT LSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #8: Envelope glycoprotein E1

分子名称: Envelope glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス)
分子量理論値: 20.956279 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YQVRNSTGLY HVTNDCPNSS IVYETADAIL HTPGCVPCVR EGNASRCWVP MTPTVATRDG KLPATQLRRH IDLLVGSATL CSALYVGDL CGSVFLVGQL FTFSPRRHWT TQDCNCSIYP GHVTGHRMAW DMMMNWSPTT ALVVAQLLRI PQAILDMIAG A HWGVLAGL ...文字列:
YQVRNSTGLY HVTNDCPNSS IVYETADAIL HTPGCVPCVR EGNASRCWVP MTPTVATRDG KLPATQLRRH IDLLVGSATL CSALYVGDL CGSVFLVGQL FTFSPRRHWT TQDCNCSIYP GHVTGHRMAW DMMMNWSPTT ALVVAQLLRI PQAILDMIAG A HWGVLAGL AYFSMVGNWA KVLAVLLLFA GVDA

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分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTRIS hydrochloride
150.0 mMsodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム

詳細: TBS buffer, pH 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 40 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting time: 5 s; Blotting force: 0; Waiting time: 7 s.
詳細Full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein complexed with AR4A, AT12009, and IGH505 Fabs and embedded in peptidiscs is diluted in TBS to a final concentration of 0.8 mg/ml.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 43478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.12 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5121 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: images were collected at 250 ms per frame. 36 frames were collected.
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2017845
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: None for E1 and E2 and homology model for AR4A, AT12009, and IGH505 Fabs.
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0)
詳細: We used the Ab initio feature in cryoSPARC to generate an initial model.
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0)
詳細: We used the Non-Uniform Refinement feature in cryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48546
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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