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万見
- EMDB-25700: VFLIP Spike Trimer with GAR05 FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25700
タイトルVFLIP Spike Trimer with GAR05 FAB
マップデータ
試料
  • 複合体: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB
キーワードspike / Fab / antibody / COVID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Sobti M / Stewart AG / Rouet R / Langley DB
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DE190100985 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Broadly neutralizing SARS-CoV-2 antibodies through epitope-based selection from convalescent patients.
著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / ...著者: Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Ohan Mazigi / Peter Schofield / Deborah L Burnett / Simon H J Brown / Marianne Martinello / Bernard Hudson / Nicole Gilroy / Jeffrey J Post / Anthony Kelleher / Hans-Martin Jäck / Christopher C Goodnow / Stuart G Turville / William D Rawlinson / Rowena A Bull / Alastair G Stewart / Philip M Hansbro / Daniel Christ /
要旨: Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies ...Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies and strategies for their identification are therefore urgently required. Here we demonstrate that broadly neutralizing antibodies can be isolated from peripheral blood mononuclear cells of convalescent patients using SARS-CoV-2 receptor binding domains carrying epitope-specific mutations. This is exemplified by two human antibodies, GAR05, binding to epitope class 1, and GAR12, binding to a new epitope class 6 (located between class 3 and 5). Both antibodies broadly neutralize VOCs, exceeding the potency of the clinical monoclonal sotrovimab (S309) by orders of magnitude. They also provide prophylactic and therapeutic in vivo protection of female hACE2 mice against viral challenge. Our results indicate that exposure to SARS-CoV-2 induces antibodies that maintain broad neutralization against emerging VOCs using two unique strategies: either by targeting the divergent class 1 epitope in a manner resistant to VOCs (ACE2 mimicry, as illustrated by GAR05 and mAbs P2C-1F11/S2K14); or alternatively, by targeting rare and highly conserved epitopes, such as the new class 6 epitope identified here (as illustrated by GAR12). Our results provide guidance for next generation monoclonal antibody development and vaccine design.
履歴
登録2021年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.2339947 - 2.0854733
平均 (標準偏差)-0.00016798866 (±0.03914221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB

全体名称: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB
要素
  • 複合体: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB

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超分子 #1: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB

超分子名称: VFLIP Spike trimer with GAR03 FAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 341602
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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