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- EMDB-2567: Structure of a bacterial Type IV secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2567
タイトルStructure of a bacterial Type IV secretion system
マップデータStructure of a bacterial Type IV secretion system
試料
  • 試料: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid
  • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid
キーワードType IV secretion system / R388 conjugative plasmid / Escherichia coli / negative stain electron microscopy
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Low HH / Gubellini F / Rivera-Calzada A / Braun N / Connery S / Dujeancourt A / Lu F / Redzej A / Fronzes R / Orlova EV / Waksman G
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of a type IV secretion system.
著者: Harry H Low / Francesca Gubellini / Angel Rivera-Calzada / Nathalie Braun / Sarah Connery / Annick Dujeancourt / Fang Lu / Adam Redzej / Rémi Fronzes / Elena V Orlova / Gabriel Waksman /
要旨: Bacterial type IV secretion systems translocate virulence factors into eukaryotic cells, distribute genetic material between bacteria and have shown potential as a tool for the genetic modification ...Bacterial type IV secretion systems translocate virulence factors into eukaryotic cells, distribute genetic material between bacteria and have shown potential as a tool for the genetic modification of human cells. Given the complex choreography of the substrate through the secretion apparatus, the molecular mechanism of the type IV secretion system has proved difficult to dissect in the absence of structural data for the entire machinery. Here we use electron microscopy to reconstruct the type IV secretion system encoded by the Escherichia coli R388 conjugative plasmid. We show that eight proteins assemble in an intricate stoichiometric relationship to form an approximately 3 megadalton nanomachine that spans the entire cell envelope. The structure comprises an outer membrane-associated core complex connected by a central stalk to a substantial inner membrane complex that is dominated by a battery of 12 VirB4 ATPase subunits organized as side-by-side hexameric barrels. Our results show a secretion system with markedly different architecture, and consequently mechanism, to other known bacterial secretion systems.
履歴
登録2014年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年2月19日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2014年4月23日-
現状2014年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 43.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 43.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2567.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a bacterial Type IV secretion system
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 633.6 Å		3.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 633.6 Å		3.3 Å/pix.
x 192 pix.
= 633.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 43.5 / ムービー #1: 43.5
最小 - 最大-1000.0 - 2669.0463867200001
平均 (標準偏差)4.89805698 (±67.904029850000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 633.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z633.600633.600633.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-1000.0002669.0464.898

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichi...

全体名称: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid
要素
  • 試料: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid
  • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid

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超分子 #1000: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichi...

超分子名称: Structure of a bacterial Type IV secretion system from Escherichia coli R388 conjugative plasmid
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 3 MDa / 理論値: 3.4 MDa
手法: Calculation based on stoichiometry determination of individual components within the complex

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分子 #1: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid

分子名称: Type IV secretion system from R388 conjugative plasmid
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: R388 conjugative plasmid
分子量実験値: 3 MDa / 理論値: 3.4 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pAsk3c

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.06 % w/v DM-NPG, 0.1 % w/v digitonin, 1 mM DTT and 1mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: Glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 693 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45500
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 3200
最終 2次元分類クラス数: 803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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