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万見
- EMDB-2566: Electron cryo-microscopy of yeast mitochondrial large ribosomal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2566
タイトルElectron cryo-microscopy of yeast mitochondrial large ribosomal subunit
マップデータReconstruction of yeast mitochondrial large ribosomal subunit; this map has a mask around the large ribosomal subunit
試料
  • 試料: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
  • 複合体: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
キーワードcryo-EM / yeast mitochondrial ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitochondrial DNA replication / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / DNA strand exchange activity / : / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis ...positive regulation of mitochondrial DNA replication / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / DNA strand exchange activity / : / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / transferase activity / cellular response to oxidative stress / large ribosomal subunit rRNA binding / DNA recombination / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / Large ribosomal subunit protein uL24m / Ribosomal protein L31, mitochondrial / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial ...54S ribosomal protein L8, C-terminal / Ribosomal L27 protein, C-terminal / Ribosomal L27 protein C-terminal domain / 54S ribosomal protein L8 C-terminal domain / Large ribosomal subunit protein uL24m / Ribosomal protein L31, mitochondrial / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 / Mitochondrial ribosomal protein L31 / 54S ribosomal protein L36, yeast / : / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III domain / : / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / ACP-like superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein mL60 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL58 / Large ribosomal subunit protein mL59 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein mL49 ...Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein mL60 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL58 / Large ribosomal subunit protein mL59 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL6m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL5m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein mL57 / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein bL31m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL67 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL13m
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Amunts A / Brown A / Bai XC / Llacer JL / Hussain T / Emsley P / Long F / Murshudov G / Scheres SHW / Ramakrishnan V
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit.
著者: Alexey Amunts / Alan Brown / Xiao-Chen Bai / Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Paul Emsley / Fei Long / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan /
要旨: Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single- ...Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single-particle cryo-electron microscopy. The resolution of 3.2 angstroms enabled a nearly complete atomic model to be built de novo and refined, including 39 proteins, 13 of which are unique to mitochondria, as well as expansion segments of mitoribosomal RNA. The structure reveals a new exit tunnel path and architecture, unique elements of the E site, and a putative membrane docking site.
履歴
登録2014年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月29日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j6b
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j6b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_2566.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast mitochondrial large ribosomal subunit; this map has a mask around the large ribosomal subunit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 482.4 Å		1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 482.4 Å		1.34 Å/pix.
x 360 pix.
= 482.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0681 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.9399122 - 1.68738818
平均 (標準偏差)0.00144499 (±0.03871778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 482.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z482.400482.400482.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-207-207-206
NX/NY/NZ414414414
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.9401.6870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit

全体名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
要素
  • 試料: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
  • 複合体: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit

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超分子 #1000: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit

超分子名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.9 MDa / 理論値: 1.9 MDa

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超分子 #1: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit

超分子名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 54S Mitochondrial Ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast / Organelle: Mitochondrion
分子量実験値: 1.9 MDa / 理論値: 1.9 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Hepes-KOH pH 7.5, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo EM
グリッド詳細: 30 s on glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2), onto which a home-made continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification
日付2013年5月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1030 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: An in-house built system was used to intercept the videos from the detector at a rate of 17 frames for the 1 s exposures.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION
詳細: Use a newly developed statistical movie processing approach to compensate for beam-induced movement.
使用した粒子像数: 47124
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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