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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2566 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of yeast mitochondrial large ribosomal subunit | |||||||||
![]() | Reconstruction of yeast mitochondrial large ribosomal subunit; this map has a mask around the large ribosomal subunit | |||||||||
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![]() | cryo-EM / yeast mitochondrial ribosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of mitochondrial DNA replication / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis / large ribosomal subunit ...positive regulation of mitochondrial DNA replication / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / DNA recombination / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Amunts A / Brown A / Bai XC / Llacer JL / Hussain T / Emsley P / Long F / Murshudov G / Scheres SHW / Ramakrishnan V | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit. 著者: Alexey Amunts / Alan Brown / Xiao-Chen Bai / Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Paul Emsley / Fei Long / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan / ![]() 要旨: Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single- ...Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single-particle cryo-electron microscopy. The resolution of 3.2 angstroms enabled a nearly complete atomic model to be built de novo and refined, including 39 proteins, 13 of which are unique to mitochondria, as well as expansion segments of mitoribosomal RNA. The structure reveals a new exit tunnel path and architecture, unique elements of the E site, and a putative membrane docking site. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 22.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 209.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 362.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of yeast mitochondrial large ribosomal subunit; this map has a mask around the large ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
全体 | 名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
超分子 | 名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.9 MDa / 理論値: 1.9 MDa |
-超分子 #1: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit
超分子 | 名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 54S Mitochondrial Ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 1.9 MDa / 理論値: 1.9 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Hepes-KOH pH 7.5, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo EM |
グリッド | 詳細: 30 s on glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2), onto which a home-made continuous carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 2.5 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
日付 | 2013年5月25日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 1030 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: An in-house built system was used to intercept the videos from the detector at a rate of 17 frames for the 1 s exposures. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |