[日本語] English
万見
- EMDB-25652: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25652
タイトルGATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
マップデータGATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
試料
  • 複合体: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 1種
キーワードComplex / GTPase activating protein / nutrient sensing / metabolism / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / negative regulation of kinase activity / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / aorta morphogenesis ...GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / negative regulation of kinase activity / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / aorta morphogenesis / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / fibroblast migration / MTOR signalling / lysosome localization / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / endosome organization / TORC1 signaling / kinase activator activity / protein localization to membrane / cardiac muscle tissue development / vacuolar membrane / endosomal transport / azurophil granule membrane / ventricular septum development / lysosome organization / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / regulation of cell size / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / roof of mouth development / mTORC1-mediated signalling / CDC42 GTPase cycle / tertiary granule membrane / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / enzyme-substrate adaptor activity / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / negative regulation of TORC1 signaling / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / GTPase activator activity / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / RNA splicing / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cholesterol homeostasis / viral genome replication / cellular response to starvation / Regulation of PTEN gene transcription / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / phosphoprotein binding / regulation of cell growth / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / response to virus / GDP binding / late endosome membrane / intracellular protein localization / late endosome / glucose homeostasis / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / apoptotic process / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 ...: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / GATOR1 complex protein NPRL3, C-terminal HTH / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / RagC/D / Gtr1/RagA G protein / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / GATOR1 complex protein DEPDC5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / GATOR1 complex protein NPRL3 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / GATOR1 complex protein NPRL2 / Ras-related GTP-binding protein C / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Egri SB / Shen K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the human GATOR1-Rag-Ragulator complex reveal a spatial-constraint regulated GAP mechanism.
著者: Shawn B Egri / Christna Ouch / Hui-Ting Chou / Zhiheng Yu / Kangkang Song / Chen Xu / Kuang Shen /
要旨: mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface ...mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface by the Ragulator complex. The Rag GTPases receive amino acid signals from multiple upstream regulators. One negative regulator, GATOR1, is a GTPase activating protein (GAP) for RagA. GATOR1 binds to the Rag GTPases via two modes: an inhibitory mode and a GAP mode. How these two binding interactions coordinate to process amino acid signals is unknown. Here, we resolved three cryo-EM structural models of the GATOR1-Rag-Ragulator complex, with the Rag-Ragulator subcomplex occupying the inhibitory site, the GAP site, and both binding sites simultaneously. When the Rag GTPases bind to GATOR1 at the GAP site, both Rag subunits contact GATOR1 to coordinate their nucleotide loading states. These results reveal a potential GAP mechanism of GATOR1 during the mTORC1 inactivation process.
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_25652.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 440 pix.
= 288.2 Å		0.66 Å/pix.
x 440 pix.
= 288.2 Å		0.66 Å/pix.
x 440 pix.
= 288.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.655 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.42567137 - 0.8935239
平均 (標準偏差)0.002156765 (±0.03221147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 288.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex

全体名称: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
要素
  • 複合体: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein DEPDC5
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein NPRL2
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein NPRL3
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein A
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related GTP-binding protein C
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR1
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR2
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR3
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR4
    • タンパク質・ペプチド: Ragulator complex protein LAMTOR5
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

+
超分子 #1: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex

超分子名称: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Inhibitory Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: GATOR complex protein DEPDC5

分子名称: GATOR complex protein DEPDC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 181.478 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRTTKVYKLV IHKKGFGGSD DELVVNPKVF PHIKLGDIVE IAHPNDEYSP LLLQVKSLKE DLQKETISVD QTVTQVFRLR PYQDVYVNV VDPKDVTLDL VELTFKDQYI GRGDMWRLKK SLVSTCAYIT QKVEFAGIRA QAGELWVKNE KVMCGYISED T RVVFRSTS ...文字列:
MRTTKVYKLV IHKKGFGGSD DELVVNPKVF PHIKLGDIVE IAHPNDEYSP LLLQVKSLKE DLQKETISVD QTVTQVFRLR PYQDVYVNV VDPKDVTLDL VELTFKDQYI GRGDMWRLKK SLVSTCAYIT QKVEFAGIRA QAGELWVKNE KVMCGYISED T RVVFRSTS AMVYIFIQMS CEMWDFDIYG DLYFEKAVNG FLADLFTKWK EKNCSHEVTV VLFSRTFYDA KSVDEFPEIN RA SIRQDHK GRFYEDFYKV VVQNERREEW TSLLVTIKKL FIQYPVLVRL EQAEGFPQGD NSTSAQGNYL EAINLSFNVF DKH YINRNF DRTGQMSVVI TPGVGVFEVD RLLMILTKQR MIDNGIGVDL VCMGEQPLHA VPLFKLHNRS APRDSRLGDD YNIP HWINH SFYTSKSQLF CNSFTPRIKL AGKKPASEKA KNGRDTSLGS PKESENALPI QVDYDAYDAQ VFRLPGPSRA QCLTT CRSV RERESHSRKS ASSCDVSSSP SLPSRTLPTE EVRSQASDDS SLGKSANILM IPHPHLHQYE VSSSLGYTST RDVLEN MME PPQRDSSAPG RFHVGSAESM LHVRPGGYTP QRALINPFAP SRMPMKLTSN RRRWMHTFPV GPSGEAIQIH HQTRQNM AE LQGSGQRDPT HSSAELLELA YHEAAGRHSN SRQPGDGMSF LNFSGTEELS VGLLSNSGAG MNPRTQNKDS LEDSVSTS P DPILTLSAPP VVPGFCCTVG VDWKSLTTPA CLPLTTDYFP DRQGLQNDYT EGCYDLLPEA DIDRRDEDGV QMTAQQVFE EFICQRLMQG YQIIVQPKTQ KPNPAVPPPL SSSPLYSRGL VSRNRPEEED QYWLSMGRTF HKVTLKDKMI TVTRYLPKYP YESAQIHYT YSLCPSHSDS EFVSCWVEFS HERLEEYKWN YLDQYICSAG SEDFSLIESL KFWRTRFLLL PACVTATKRI T EGEAHCDI YGDRPRADED EWQLLDGFVR FVEGLNRIRR RHRSDRMMRK GTAMKGLQMT GPISTHSLES TAPPVGKKGT SA LSALLEM EASQKCLGEQ QAAVHGGKSS AQSAESSSVA MTPTYMDSPR KDGAFFMEFV RSPRTASSAF YPQVSVDQTA TPM LDGTSL GICTGQSMDR GNSQTFGNSQ NIGEQGYSST NSSDSSSQQL VASSLTSSST LTEILEAMKH PSTGVQLLSE QKGL SPYCF ISAEVVHWLV NHVEGIQTQA MAIDIMQKML EEQLITHASG EAWRTFIYGF YFYKIVTDKE PDRVAMQQPA TTWHT AGVD DFASFQRKWF EVAFVAEELV HSEIPAFLLP WLPSRPASYA SRHSSFSRSF GGRSQAAALL AATVPEQRTV TLDVDV NNR TDRLEWCSCY YHGNFSLNAA FEIKLHWMAV TAAVLFEMVQ GWHRKATSCG FLLVPVLEGP FALPSYLYGD PLRAQLF IP LNISCLLKEG SEHLFDSFEP ETYWDRMHLF QEAIAHRFGF VQDKYSASAF NFPAENKPQY IHVTGTVFLQ LPYSKRKF S GQQRRRRNST SSTNQNMFCE ERVGYNWAYN TMLTKTWRSS ATGDEKFADR LLKDFTDFCI NRDNRLVTFW TSCLEKMHA SAP

UniProtKB: GATOR1 complex protein DEPDC5

+
分子 #2: GATOR complex protein NPRL2

分子名称: GATOR complex protein NPRL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.711395 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSGCRIECI FFSEFHPTLG PKITYQVPED FISRELFDTV QVYIITKPEL QNKLITVTAM EKKLIGCPVC IEHKKYSRNA LLFNLGFVC DAQAKTCALE PIVKKLAGYL TTLELESSFV SMEESKQKLV PIMTILLEEL NASGRCTLPI DESNTIHLKV I EQRPDPPV ...文字列:
MGSGCRIECI FFSEFHPTLG PKITYQVPED FISRELFDTV QVYIITKPEL QNKLITVTAM EKKLIGCPVC IEHKKYSRNA LLFNLGFVC DAQAKTCALE PIVKKLAGYL TTLELESSFV SMEESKQKLV PIMTILLEEL NASGRCTLPI DESNTIHLKV I EQRPDPPV AQEYDVPVFT KDKEDFFNSQ WDLTTQQILP YIDGFRHIQK ISAEADVELN LVRIAIQNLL YYGVVTLVSI LQ YSNVYCP TPKVQDLVDD KSLQEACLSY VTKQGHKRAS LRDVFQLYCS LSPGTTVRDL IGRHPQQLQH VDERKLIQFG LMK NLIRRL QKYPVRVTRE EQSHPARLYT GCHSYDEICC KTGMSYHELD ERLENDPNII ICWK

UniProtKB: GATOR1 complex protein NPRL2

+
分子 #3: GATOR complex protein NPRL3

分子名称: GATOR complex protein NPRL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.68082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRDNTSPISV ILVSSGSRGN KLLFRYPFQR SQEHPASQTS KPRSRYAASN TGDHADEQDG DSRFSDVILA TILATKSEMC GQKFELKID NVRFVGHPTL LQHALGQISK TDPSPKREAP TMILFNVVFA LRANADPSVI NCLHNLSRRI ATVLQHEERR C QYLTREAK ...文字列:
MRDNTSPISV ILVSSGSRGN KLLFRYPFQR SQEHPASQTS KPRSRYAASN TGDHADEQDG DSRFSDVILA TILATKSEMC GQKFELKID NVRFVGHPTL LQHALGQISK TDPSPKREAP TMILFNVVFA LRANADPSVI NCLHNLSRRI ATVLQHEERR C QYLTREAK LILALQDEVS AMADGNEGPQ SPFHHILPKC KLARDLKEAY DSLCTSGVVR LHINSWLEVS FCLPHKIHYA AS SLIPPEA IERSLKAIRP YHALLLLSDE KSLLGELPID CSPALVRVIK TTSAVKNLQQ LAQDADLALL QVFQLAAHLV YWG KAIIIY PLCENNVYML SPNASVCLYS PLAEQFSHQF PSHDLPSVLA KFSLPVSLSE FRNPLAPAVQ ETQLIQMVVW MLQR RLLIQ LHTYVCLMAS PSEEEPRPRE DDVPFTARVG GRSLSTPNAL SFGSPTSSDD MTLTSPSMDN SSAELLPSGD SPLNQ RMTE NLLASLSEHE RAAILSVPAA QNPEDLRMFA RLLHYFRGRH HLEEIMYNEN TRRSQLLMLF DKFRSVLVVT THEDPV IAV FQALLP

UniProtKB: GATOR1 complex protein NPRL3

+
分子 #4: Ras-related GTP-binding protein A

分子名称: Ras-related GTP-binding protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.615168 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPNTAMKKKV LLMGKSGSGK TSMRSIIFAN YIARDTRRLG ATIDVEHSHV RFLGNLVLNL WDCGGQDTFM ENYFTSQRDN IFRNVEVLI YVFDVESREL EKDMHYYQSC LEAILQNSPD AKIFCLVHKM DLVQEDQRDL IFKEREEDLR RLSRPLECAC F RTSIWDET ...文字列:
MPNTAMKKKV LLMGKSGSGK TSMRSIIFAN YIARDTRRLG ATIDVEHSHV RFLGNLVLNL WDCGGQDTFM ENYFTSQRDN IFRNVEVLI YVFDVESREL EKDMHYYQSC LEAILQNSPD AKIFCLVHKM DLVQEDQRDL IFKEREEDLR RLSRPLECAC F RTSIWDET LYKAWSSIVY QLIPNVQQLE MNLRNFAQII EADEVLLFER ATFLVISHYQ CKEQRDVHRF EKISNIIKQF KL SCSKLAA SFQSMEVRNS NFAAFIDIFT SNTYVMVVMS DPSIPSAATL INIRNARKHF EKLERVDGPK HSLLMR

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein A

+
分子 #5: Ras-related GTP-binding protein C

分子名称: Ras-related GTP-binding protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.298859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLQYGAEET PLAGSYGAAD SFPKDFGYGV EEEEEEAAAA GGGVGAGAGG GCGPGGADSS KPRILLMGLR RSGKNSIQKV VFHKMSPNE TLFLESTNKI YKDDISNSSF VNFQIWDFPG QMDFFDPTFD YEMIFRGTGA LIYVIDAQDD YMEALTRLHI T VSKAYKVN ...文字列:
MSLQYGAEET PLAGSYGAAD SFPKDFGYGV EEEEEEAAAA GGGVGAGAGG GCGPGGADSS KPRILLMGLR RSGKNSIQKV VFHKMSPNE TLFLESTNKI YKDDISNSSF VNFQIWDFPG QMDFFDPTFD YEMIFRGTGA LIYVIDAQDD YMEALTRLHI T VSKAYKVN PDMNFEVFIH KVDGLSDDHK IETQRDIHQR ANDDLADAGL EKLHLSFYLT SIYDHSIFEA FSKVVQKLIP QL PTLENLL NIFISNSGIE KAFLFDVVSK IYIATDSSPV DMQSYELCCD MIDVVIDVSC IYGLKEDGSG SAYDKESMAI IKL NNTTVL YLKEVTKFLA LVCILREESF ERKGLIDYNF HCFRKAIHEV FEVGVTSHRS CGHQTSASSL KALTHNGTPR NAI

UniProtKB: Ras-related GTP-binding protein C

+
分子 #6: Ragulator complex protein LAMTOR1

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.762775 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGCCYSSENE DSDQDREERK LLLDPSSPPT KALNGAEPNY HSLPSARTDE QALLSSILAK TASNIIDVSA ADSQGMEQHE YMDRARQYS TRLAVLSSSL THWKKLPPLP SLTSQPHQVL ASEPIPFSDL QQVSRIAAYA YSALSQIRVD AKEELVVQFG I P

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR1

+
分子 #7: Ragulator complex protein LAMTOR2

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.51745 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MLRPKALTQV LSQANTGGVQ STLLLNNEGS LLAYSGYGDT DARVTAAIAS NIWAAYDRNG NQAFNEDNLK FILMDCMEGR VAITRVANL LLCMYAKETV GFGMLKAKAQ ALVQYLEEPL TQVAAS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR2

+
分子 #8: Ragulator complex protein LAMTOR3

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.637678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADDLKRFLY KKLPSVEGLH AIVVSDRDGV PVIKVANDNA PEHALRPGFL STFALATDQG SKLGLSKNKS IICYYNTYQV VQFNRLPLV VSFIASSSAN TGLIVSLEKE LAPLFEELRQ VVEVS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR3

+
分子 #9: Ragulator complex protein LAMTOR4

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.753236 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTSALTQGLE RIPDQLGYLV LSEGAVLASS GDLENDEQAA SAISELVSTA CGFRLHRGMN VPFKRLSVVF GEHTLLVTVS GQRVFVVKR QNRGREPIDV

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR4

+
分子 #10: Ragulator complex protein LAMTOR5

分子名称: Ragulator complex protein LAMTOR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.6229 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEATLEQHLE DTMKNPSIVG VLCTDSQGLN LGCRGTLSDE HAGVISVLAQ QAAKLTSDPT DIPVVCLESD NGNIMIQKHD GITVAVHKM AS

UniProtKB: Ragulator complex protein LAMTOR5

+
分子 #11: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251583
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る