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万見
- EMDB-25578: D3-C5 computationally-designed rotor (axel only) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25578
タイトルD3-C5 computationally-designed rotor (axel only)
マップデータD3-C5 axel
試料
  • 複合体: D3-symmetric axel.
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hansen JM / Courbet A / Quispe J / Kollman JM / Baker D
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1629214 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008268 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD032290 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Computational design of mechanically coupled axle-rotor protein assemblies.
著者: A Courbet / J Hansen / Y Hsia / N Bethel / Y-J Park / C Xu / A Moyer / S E Boyken / G Ueda / U Nattermann / D Nagarajan / D-A Silva / W Sheffler / J Quispe / A Nord / N King / P Bradley / D ...著者: A Courbet / J Hansen / Y Hsia / N Bethel / Y-J Park / C Xu / A Moyer / S E Boyken / G Ueda / U Nattermann / D Nagarajan / D-A Silva / W Sheffler / J Quispe / A Nord / N King / P Bradley / D Veesler / J Kollman / D Baker /
要旨: Natural molecular machines contain protein components that undergo motion relative to each other. Designing such mechanically constrained nanoscale protein architectures with internal degrees of ...Natural molecular machines contain protein components that undergo motion relative to each other. Designing such mechanically constrained nanoscale protein architectures with internal degrees of freedom is an outstanding challenge for computational protein design. Here we explore the de novo construction of protein machinery from designed axle and rotor components with internal cyclic or dihedral symmetry. We find that the axle-rotor systems assemble in vitro and in vivo as designed. Using cryo-electron microscopy, we find that these systems populate conformationally variable relative orientations reflecting the symmetry of the coupled components and the computationally designed interface energy landscape. These mechanical systems with internal degrees of freedom are a step toward the design of genetically encodable nanomachines.
履歴
登録2021年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.653
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.653
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈D3-C5 axel
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.653 / ムービー #1: 0.653
最小 - 最大-7.5547433 - 8.095752
平均 (標準偏差)-2.710972e-12 (±0.3145305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin162115154
サイズ8417193
Spacing9384171
セルA: 97.649994 Å / B: 88.2 Å / C: 179.54999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z9384171
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z97.65088.200179.550
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ154162115
NX/NY/NZ9384171
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS115162154
NC/NR/NS1718493
D min/max/mean-7.5558.096-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : D3-symmetric axel.

全体名称: D3-symmetric axel.
要素
  • 複合体: D3-symmetric axel.

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超分子 #1: D3-symmetric axel.

超分子名称: D3-symmetric axel. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 79.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: FSCref0.5 (Density Modification) / 使用した粒子像数: 33479
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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