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万見
- EMDB-25490: dimer of heptamer class 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25490
タイトルdimer of heptamer class 2
マップデータdimer of heptamer class 2
試料
  • 複合体: dimer of heptamer
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Scott H / Huang W / Taylor DJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133841 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM142002 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA240993 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of the Anthrax Protective Antigen D425A Dominant Negative Mutant Reveals a Stalled Intermediate State of Pore Maturation.
著者: Harry Scott / Wei Huang / Kiran Andra / Sireesha Mamillapalli / Srinivas Gonti / Alexander Day / Kaiming Zhang / Nurjahan Mehzabeen / Kevin P Battaile / Anjali Raju / Scott Lovell / James G ...著者: Harry Scott / Wei Huang / Kiran Andra / Sireesha Mamillapalli / Srinivas Gonti / Alexander Day / Kaiming Zhang / Nurjahan Mehzabeen / Kevin P Battaile / Anjali Raju / Scott Lovell / James G Bann / Derek J Taylor /
要旨: The tripartite protein complex produced by anthrax bacteria (Bacillus anthracis) is a member of the AB family of β-barrel pore-forming toxins. The protective antigen (PA) component forms an ...The tripartite protein complex produced by anthrax bacteria (Bacillus anthracis) is a member of the AB family of β-barrel pore-forming toxins. The protective antigen (PA) component forms an oligomeric prepore that assembles on the host cell surface and serves as a scaffold for binding of lethal and edema factors. Following endocytosis, the acidic environment of the late endosome triggers a pH-induced conformational rearrangement to promote maturation of the PA prepore to a functional, membrane spanning pore that facilitates delivery of lethal and edema factors to the cytosol of the infected host. Here, we show that the dominant-negative D425A mutant of PA stalls anthrax pore maturation in an intermediate state at acidic pH. Our 2.7 Å cryo-EM structure of the intermediate state reveals structural rearrangements that involve constriction of the oligomeric pore combined with an intramolecular dissociation of the pore-forming module. In addition to defining the early stages of anthrax pore maturation, the structure identifies asymmetric conformational changes in the oligomeric pore that are influenced by the precise configuration of adjacent protomers.
履歴
登録2021年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dimer of heptamer class 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.36485967 - 1.0333228
平均 (標準偏差)0.0017698839 (±0.047261514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : dimer of heptamer

全体名称: dimer of heptamer
要素
  • 複合体: dimer of heptamer

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超分子 #1: dimer of heptamer

超分子名称: dimer of heptamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryosparc ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35188
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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