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- EMDB-25448: Negative-stain EM reconstruction of SpFN_1B-06-PL, a SARS-CoV-2 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25448
タイトルNegative-stain EM reconstruction of SpFN_1B-06-PL, a SARS-CoV-2 spike fused to H.pylori ferritin nanoparticle vaccine candidate
マップデータNegative-stain EM reconstruction of SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain
試料
  • 複合体: SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain
キーワードvaccine / nanoparticle / SARS-CoV-2 / RBD / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Thomas PV / Smith C / Chen WH / Sankhala RS / Hajduczki A / Choe M / Martinez E / Chang W / Peterson CE / Karch C ...Thomas PV / Smith C / Chen WH / Sankhala RS / Hajduczki A / Choe M / Martinez E / Chang W / Peterson CE / Karch C / Gohain N / Kannadka CB / de Val N / Joyce MG / Modjarrad K
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI157155 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021
タイトル: SARS-CoV-2 ferritin nanoparticle vaccines elicit broad SARS coronavirus immunogenicity.
著者: M Gordon Joyce / Wei-Hung Chen / Rajeshwer S Sankhala / Agnes Hajduczki / Paul V Thomas / Misook Choe / William Chang / Caroline E Peterson / Elizabeth Martinez / Elaine B Morrison / Clayton ...著者: M Gordon Joyce / Wei-Hung Chen / Rajeshwer S Sankhala / Agnes Hajduczki / Paul V Thomas / Misook Choe / William Chang / Caroline E Peterson / Elizabeth Martinez / Elaine B Morrison / Clayton Smith / Aslaa Ahmed / Lindsay Wieczorek / Alexander Anderson / Rita E Chen / James Brett Case / Yifan Li / Therese Oertel / Lorean Rosado / Akshaya Ganesh / Connor Whalen / Joshua M Carmen / Letzibeth Mendez-Rivera / Christopher Karch / Neelakshi Gohain / Zuzana Villar / David McCurdy / Zoltan Beck / Jiae Kim / Shikha Shrivastava / Ousman Jobe / Vincent Dussupt / Sebastian Molnar / Ursula Tran / Chandrika B Kannadka / Michelle Zemil / Htet Khanh / Weimin Wu / Matthew A Cole / Debra K Duso / Larry W Kummer / Tricia J Lang / Shania E Muncil / Jeffrey R Currier / Shelly J Krebs / Victoria R Polonis / Saravanan Rajan / Patrick M McTamney / Mark T Esser / William W Reiley / Morgane Rolland / Natalia de Val / Michael S Diamond / Gregory D Gromowski / Gary R Matyas / Mangala Rao / Nelson L Michael / Kayvon Modjarrad /
要旨: The need for SARS-CoV-2 next-generation vaccines has been highlighted by the rise of variants of concern (VoC) and the long-term threat of other coronaviruses. Here, we designed and characterized ...The need for SARS-CoV-2 next-generation vaccines has been highlighted by the rise of variants of concern (VoC) and the long-term threat of other coronaviruses. Here, we designed and characterized four categories of engineered nanoparticle immunogens that recapitulate the structural and antigenic properties of prefusion Spike (S), S1 and RBD. These immunogens induced robust S-binding, ACE2-inhibition, and authentic and pseudovirus neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 in mice. A Spike-ferritin nanoparticle (SpFN) vaccine elicited neutralizing titers more than 20-fold higher than convalescent donor serum, following a single immunization, while RBD-Ferritin nanoparticle (RFN) immunogens elicited similar responses after two immunizations. Passive transfer of IgG purified from SpFN- or RFN-immunized mice protected K18-hACE2 transgenic mice from a lethal SARS-CoV-2 virus challenge. Furthermore, SpFN- and RFN-immunization elicited ACE2 blocking activity and neutralizing ID50 antibody titers >2,000 against SARS-CoV-1, along with high magnitude neutralizing titers against major VoC. These results provide design strategies for pan-coronavirus vaccine development.
HIGHLIGHTS: Iterative structure-based design of four Spike-domain Ferritin nanoparticle classes of immunogensSpFN-ALFQ and RFN-ALFQ immunization elicits potent neutralizing activity against SARS-CoV- ...HIGHLIGHTS: Iterative structure-based design of four Spike-domain Ferritin nanoparticle classes of immunogensSpFN-ALFQ and RFN-ALFQ immunization elicits potent neutralizing activity against SARS-CoV-2, variants of concern, and SARS-CoV-1Passively transferred IgG from immunized C57BL/6 mice protects K18-hACE2 mice from lethal SARS-CoV-2 challenge.
履歴
登録2021年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stain EM reconstruction of SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00266 / ムービー #1: 0.00266
最小 - 最大-0.07846612 - 0.06298305
平均 (標準偏差)-0.0029607683 (±0.007362028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 702.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.394.394.39
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z702.400702.400702.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0780.063-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Di...

全体名称: SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain
要素
  • 複合体: SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain

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超分子 #1: SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Di...

超分子名称: SpFN_1B-06-PL, a Ferritin-based Nanoparticle Vaccine Candidate Displaying Trimeric SARS-CoV-2 Spike Ectodomain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 3.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: 100 angstrom low pass filter
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 11502
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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