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万見
- EMDB-25426: Rad24-RFC ADP state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25426
タイトルRad24-RFC ADP state
マップデータRad24-RFC ADP state
試料
  • 複合体: Rad24-RFC:9-1-1:DNA
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Checkpoint protein RAD24
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA damage / DNA replication / DNA sliding clamp / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...: / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication checkpoint signaling / DNA clamp loader activity / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : ...Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Checkpoint protein RAD24 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Castaneda JC / Schrecker M
資金援助3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107239
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127428
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA008748
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of loading and release of the 9-1-1 checkpoint clamp.
著者: Juan C Castaneda / Marina Schrecker / Dirk Remus / Richard K Hite /
要旨: Single-stranded or double-stranded DNA junctions with recessed 5' ends serve as loading sites for the checkpoint clamp, 9-1-1, which mediates activation of the apical checkpoint kinase, ATR. However, ...Single-stranded or double-stranded DNA junctions with recessed 5' ends serve as loading sites for the checkpoint clamp, 9-1-1, which mediates activation of the apical checkpoint kinase, ATR. However, the basis for 9-1-1's recruitment to 5' junctions is unclear. Here, we present structures of the yeast checkpoint clamp loader, Rad24-replication factor C (RFC), in complex with 9-1-1 and a 5' junction and in a post-ATP-hydrolysis state. Unexpectedly, 9-1-1 adopts both closed and planar open states in the presence of Rad24-RFC and DNA. Moreover, Rad24-RFC associates with the DNA junction in the opposite orientation of processivity clamp loaders with Rad24 exclusively coordinating the double-stranded region. ATP hydrolysis stimulates conformational changes in Rad24-RFC, leading to disengagement of DNA-loaded 9-1-1. Together, these structures explain 9-1-1's recruitment to 5' junctions and reveal new principles of sliding clamp loading.
履歴
登録2021年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rad24-RFC ADP state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.8428938 - 2.0203166
平均 (標準偏差)0.00017025422 (±0.03530903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rad24-RFC:9-1-1:DNA

全体名称: Rad24-RFC:9-1-1:DNA
要素
  • 複合体: Rad24-RFC:9-1-1:DNA
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Checkpoint protein RAD24
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Rad24-RFC:9-1-1:DNA

超分子名称: Rad24-RFC:9-1-1:DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 36.201039 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD ...文字列:
MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD EDVLKRLLQI IKLEDVKYTN DGLEAIIFTA EGDMRQAINN LQSTVAGHGL VNADNVFKIV DSPHPLIVKK ML LASNLED SIQILRTDLW KKGYSSIDIV TTSFRVTKNL AQVKESVRLE MIKEIGLTHM RILEGVGTYL QLASMLAKIH KLN NKA

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

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分子 #2: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.155414 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP ...文字列:
MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP LPQEAIERRI ANVLVHEKLK LSPNAEKALI ELSNGDMRRV LNVLQSCKAT LDNPDEDEIS DDVIYECCGA PR PSDLKAV LKSILEDDWG TAHYTLNKVR SAKGLALIDL IEGIVKILED YELQNEETRV HLLTKLADIE YSISKGGNDQ IQG SAVIGA IKASFENETV KAN

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

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分子 #3: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.794473 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ...文字列:
MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ICNYVTRIID PLASRCSKFR FKALDASNAI DRLRFISEQE NVKCDDGVLE RILDISAGDL RRGITLLQSA SK GAQYLGD GKNITSTQVE ELAGVVPHDI LIEIVEKVKS GDFDEIKKYV NTFMKSGWSA ASVVNQLHEY YITNDNFDTN FKN QISWLL FTTDSRLNNG TNEHIQLLNL LVKISQL

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

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分子 #4: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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UniProtKB: Replication factor C subunit 5

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分子 #5: Checkpoint protein RAD24

分子名称: Checkpoint protein RAD24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 80.096828 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDSTNLNKRP LLQYSLSSLG SQITKWSSSR PTSPVRKARS TENDFLSKQD TSSILPSIND DGGEQWYEKF KPNCLEQVAI HKRKLKDVQ EALDAMFLPN AKHRILLLSG PSGCSKSTVI KELSKILVPK YRQNSNGTSF RSTPNEHKVT EFRGDCIVND L PQMESFSE ...文字列:
MDSTNLNKRP LLQYSLSSLG SQITKWSSSR PTSPVRKARS TENDFLSKQD TSSILPSIND DGGEQWYEKF KPNCLEQVAI HKRKLKDVQ EALDAMFLPN AKHRILLLSG PSGCSKSTVI KELSKILVPK YRQNSNGTSF RSTPNEHKVT EFRGDCIVND L PQMESFSE FLKGARYLVM SNLSLILIED LPNVFHIDTR RRFQQLILQW LYSSEPLLPP LVICITECEI PENDNNYRKF GI DYTFSAE TIMNKEILMH PRLKRIKFNP INSTLLKKHL KFICVQNMKM LKEKNKWNKR QEVIDYIAQE TGDIRSAITT LQF WATSSG SLPISTREST ISYFHAIGKV IHGSHSTNND NEMINNLFEN SNNLLSKEDF KLGILENYNT FNKGEFSISD ASSI VDCLS ECDNMNGLPE SNEYGLREVR KTFRNISKQG HNHGTVYFPR EWKVRKLQNS FKVQAEDWLN VSLYKYNAVH SFRNI TLEF GYYAPLIRKC QSYKKKYILY YLKNLPSGSS GPKQTMDKFS DIMKVENGID VVDRIGGPIE ALSVEDGLAP LMDNDS NNC DHLEDQKKER DRRLRMLIDQ YERNVMMAND DLEDEETSFN DDPIVDSDSD NSNNIGNETF GRSDEDESLC EILSQRQ PR KAPVISESLS DSDLEILGLN LEVLFQGPGG DYKDDDDKDY KDDDDKDYKD DDDK

UniProtKB: Checkpoint protein RAD24

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHepes-KOH
300.0 mMKOAc
7.0 mMMg(OAc)2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4432412
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 183334
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1sxj

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3a1j

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ste:
Rad24-RFC ADP state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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