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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25390 | |||||||||||||||
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タイトル | 201Phi2-1 Chimallin Cubic (O, 24mer) assembly | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Phage / virus / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | host cell cytoplasm / Chimallin 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Laughlin TG / Deep A | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Architecture and self-assembly of the jumbo bacteriophage nuclear shell. 著者: Thomas G Laughlin / Amar Deep / Amy M Prichard / Christian Seitz / Yajie Gu / Eray Enustun / Sergey Suslov / Kanika Khanna / Erica A Birkholz / Emily Armbruster / J Andrew McCammon / Rommie E ...著者: Thomas G Laughlin / Amar Deep / Amy M Prichard / Christian Seitz / Yajie Gu / Eray Enustun / Sergey Suslov / Kanika Khanna / Erica A Birkholz / Emily Armbruster / J Andrew McCammon / Rommie E Amaro / Joe Pogliano / Kevin D Corbett / Elizabeth Villa / 要旨: Bacteria encode myriad defences that target the genomes of infecting bacteriophage, including restriction-modification and CRISPR-Cas systems. In response, one family of large bacteriophages uses a ...Bacteria encode myriad defences that target the genomes of infecting bacteriophage, including restriction-modification and CRISPR-Cas systems. In response, one family of large bacteriophages uses a nucleus-like compartment to protect its replicating genomes by excluding host defence factors. However, the principal composition and structure of this compartment remain unknown. Here we find that the bacteriophage nuclear shell assembles primarily from one protein, which we name chimallin (ChmA). Combining cryo-electron tomography of nuclear shells in bacteriophage-infected cells and cryo-electron microscopy of a minimal chimallin compartment in vitro, we show that chimallin self-assembles as a flexible sheet into closed micrometre-scale compartments. The architecture and assembly dynamics of the chimallin shell suggest mechanisms for its nucleation and growth, and its role as a scaffold for phage-encoded factors mediating macromolecular transport, cytoskeletal interactions, and viral maturation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25390.map.gz | 142.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25390-v30.xml emd-25390.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25390_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25390.png | 214.1 KB | ||
マスクデータ | emd_25390_msk_1.map | 190.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25390.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_25390_half_map_1.map.gz emd_25390_half_map_2.map.gz | 144.9 MB 145 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25390 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25390_validation.pdf.gz | 678 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25390_full_validation.pdf.gz | 677.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25390_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25390_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25390 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sqqMC 7sqrC 7sqsC 7sqtC 7squC 7sqvC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10862 (タイトル: Cryo-EM of recombinant 201phi2-1 chimallin / Data size: 679.9 Data #1: Unaligned frames as unormalized LZW-TIFF [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25390_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25390_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25390_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 201Phi2-1 Chimallin Cubic (O, 24mer) assembly
全体 | 名称: 201Phi2-1 Chimallin Cubic (O, 24mer) assembly |
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要素 |
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-超分子 #1: 201Phi2-1 Chimallin Cubic (O, 24mer) assembly
超分子 | 名称: 201Phi2-1 Chimallin Cubic (O, 24mer) assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 1.67 MDa |
-分子 #1: Chimallin
分子 | 名称: Chimallin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 69.784523 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMIRDTAT NTTQTQAAPQ QAPAQQFTQA PQEKPMQSTQ SQPTPSYAGT GGINSQFTRS GNVQGGDARA SEALTVFTRL KEQAVAQQD LADDFSILRF DRDQHQVGWS SLVIAKQISL NGQPVIAVRP LILPNNSIEL PKRKTNIVNG MQTDVIESDI D VGTVFSAQ ...文字列: SNAMIRDTAT NTTQTQAAPQ QAPAQQFTQA PQEKPMQSTQ SQPTPSYAGT GGINSQFTRS GNVQGGDARA SEALTVFTRL KEQAVAQQD LADDFSILRF DRDQHQVGWS SLVIAKQISL NGQPVIAVRP LILPNNSIEL PKRKTNIVNG MQTDVIESDI D VGTVFSAQ YFNRLSTYVQ NTLGKPGAKV VLAGPFPIPA DLVLKDSELQ LRNLLIKSVN ACDDILALHS GERPFTIAGL KG QQGETLA AKVDIRTQPL HDTVGNPIRA DIVVTTQRVR RNGQQENEFY ETDVKLNQVA MFTNLERTPQ AQAQTLFPNQ QQV ATPAPW VASVVITDVR NADGIQANTP EMYWFALSNA FRSTHGHAWA RPFLPMTGVA KDMKDIGALG WMSALRNRID TKAA NFDDA QFGQLMLSQV QPNPVFQIDL NRMGETAQMD SLQLDAAGGP NAQKAAATII RQINNLGGGG FERFFDHTTQ PILER TGQV IDLGNWFDGD EKRDRRDLDN LAALNAAEGN ENEFWGFYGA QLNPNLHPDL RNRQSRNYDR QYLGSTVTYT GKAERC TYN AKFIEALDRY LAEAGLQITM DNTSVLNSGQ RFMGNSVIGN NMVSGQAQVH SAYAGTQGFN TQYQTGPSSF Y UniProtKB: Chimallin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4192 / 平均電子線量: 42.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 408 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
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得られたモデル | PDB-7sqq: |