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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Get3 bound to ADP and the transmembrane domain of the tail-anchored protein Bos1 - overall map | |||||||||
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![]() | Tail-anchored membrane protein targeting Deviant Walker A ATPase targeting factor / CHAPERONE | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Fry MY / Maggiolo AO / Clemons Jr WM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structurally derived universal mechanism for the catalytic cycle of the tail-anchored targeting factor Get3. 著者: Michelle Y Fry / Vladimíra Najdrová / Ailiena O Maggiolo / Shyam M Saladi / Pavel Doležal / William M Clemons / ![]() ![]() 要旨: Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) ...Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) pathway. For this complicated process, it remains unknown how the central targeting factor Get3 uses nucleotide to facilitate large conformational changes to recognize then bind clients while also preventing exposure of hydrophobic surfaces. Here, we identify the GET pathway in Giardia intestinalis and present the structure of the Get3-client complex in the critical postnucleotide-hydrolysis state, demonstrating that Get3 reorganizes the client-binding domain (CBD) to accommodate and shield the client transmembrane helix. Four additional structures of GiGet3, spanning the nucleotide-free (apo) open to closed transition and the ATP-bound state, reveal the details of nucleotide stabilization and occluded CBD. This work resolves key conundrums and allows for a complete model of the dramatic conformational landscape of Get3. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 100.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 107.2 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 84.1 MB 84.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 951.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 951 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.866 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25374_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25374_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The targeting factor Get3 bound to the TMD of the cargo tail-anch...
全体 | 名称: The targeting factor Get3 bound to the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1 |
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要素 |
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-超分子 #1: The targeting factor Get3 bound to the TMD of the cargo tail-anch...
超分子 | 名称: The targeting factor Get3 bound to the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 157 KDa |
-超分子 #2: The TMD of the tail-anchored protein Bos1
超分子 | 名称: The TMD of the tail-anchored protein Bos1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: The targeting factor Get3
超分子 | 名称: The targeting factor Get3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
分子量 | 理論値: 78 KDa |
-分子 #1: ATPase GET3
分子 | 名称: ATPase GET3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLPSLHDILD QHTYKWIFFG GKGGVGKTTT SSSFSVLMAE TRPNEKFLLL STDPAHNISD AFDQKFGKAP TQVSGIPNLY AMEVDASNEM KSAVEAVQKE TGSAADNDAE SKSEGDMFGG LNDLITCASS FIKDGTFPGM DEMWSFINLI KLIDTNEYST VIFDTAPTGH ...文字列: MLPSLHDILD QHTYKWIFFG GKGGVGKTTT SSSFSVLMAE TRPNEKFLLL STDPAHNISD AFDQKFGKAP TQVSGIPNLY AMEVDASNEM KSAVEAVQKE TGSAADNDAE SKSEGDMFGG LNDLITCASS FIKDGTFPGM DEMWSFINLI KLIDTNEYST VIFDTAPTGH TLRFLELPET VNKVLEIFTR LKDNMGGMLS MVMQTMGLSQ NDIFGLIDKT YPKIDVVKRI SAEFRDPSLC TFVGVCIPEF LSLYETERLV QRLAVLDMDC HAIVINFVLD ANAATPCSMC RSRARMQNKY IDQINELYDD FNIVLSPLRH DEVRGIANLR DYAETLIKPY RFCWSANPDP SSAK |
-分子 #2: The TMD of the tail-anchored protein Bos1
分子 | 名称: The TMD of the tail-anchored protein Bos1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QKYLLVFWIA LILLIIGIYY VL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.73 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2732 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 63.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |