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- EMDB-25373: Get3 bound to ADP and the transmembrane domain of the tail-anchor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25373
タイトルGet3 bound to ADP and the transmembrane domain of the tail-anchored protein Bos1 - nucleotide binding domain map
マップデータ
試料
  • 複合体: The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1
    • 複合体: The TMD of the tail-anchored protein Bos1
      • タンパク質・ペプチド: TMD of the tail-anchored protein Bos1
    • 複合体: The targeting factor Get3
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1 homolog
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTail-anchored membrane protein targeting Deviant Walker A ATPase targeting factor / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase ASNA1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fry MY / Maggiolo AO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097572 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structurally derived universal mechanism for the catalytic cycle of the tail-anchored targeting factor Get3.
著者: Michelle Y Fry / Vladimíra Najdrová / Ailiena O Maggiolo / Shyam M Saladi / Pavel Doležal / William M Clemons /
要旨: Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) ...Tail-anchored (TA) membrane proteins, accounting for roughly 2% of proteomes, are primarily targeted posttranslationally to the endoplasmic reticulum membrane by the guided entry of TA proteins (GET) pathway. For this complicated process, it remains unknown how the central targeting factor Get3 uses nucleotide to facilitate large conformational changes to recognize then bind clients while also preventing exposure of hydrophobic surfaces. Here, we identify the GET pathway in Giardia intestinalis and present the structure of the Get3-client complex in the critical postnucleotide-hydrolysis state, demonstrating that Get3 reorganizes the client-binding domain (CBD) to accommodate and shield the client transmembrane helix. Four additional structures of GiGet3, spanning the nucleotide-free (apo) open to closed transition and the ATP-bound state, reveal the details of nucleotide stabilization and occluded CBD. This work resolves key conundrums and allows for a complete model of the dramatic conformational landscape of Get3.
履歴
登録2021年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_25373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 263.264 Å		0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 263.264 Å		0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 263.264 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.866 Å
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表面レベル登録者による: 0.0058
最小 - 最大-0.014666214 - 0.029405728
平均 (標準偏差)-0.0000047787616 (±0.00078824686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 263.264 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25373_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: focused refined half map

ファイルemd_25373_half_map_1.map
注釈focused refined half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: focused refined half map

ファイルemd_25373_half_map_2.map
注釈focused refined half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo t...

全体名称: The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1
要素
  • 複合体: The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1
    • 複合体: The TMD of the tail-anchored protein Bos1
      • タンパク質・ペプチド: TMD of the tail-anchored protein Bos1
    • 複合体: The targeting factor Get3
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1 homolog
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo t...

超分子名称: The targeting factor Get3 bound to ADP and the TMD of the cargo tail-anchored protein Bos1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 157 KDa

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超分子 #2: The TMD of the tail-anchored protein Bos1

超分子名称: The TMD of the tail-anchored protein Bos1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: The targeting factor Get3

超分子名称: The targeting factor Get3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 78 KDa

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分子 #1: ATPase ASNA1 homolog

分子名称: ATPase ASNA1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 39.164922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLPSLHDILD QHTYKWIFFG GKGGVGKTTT SSSFSVLMAE TRPNEKFLLL STDPAHNISD AFDQKFGKAP TQVSGIPNLY AMEVDASNE MKSAVEAVQK ETGSAA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK) ...文字列:
MLPSLHDILD QHTYKWIFFG GKGGVGKTTT SSSFSVLMAE TRPNEKFLLL STDPAHNISD AFDQKFGKAP TQVSGIPNLY AMEVDASNE MKSAVEAVQK ETGSAA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)ITCA SSFIKDGTFP GMDEMWSFIN LIKLIDTNEY STVIFD TAP TGHTLRFLEL PETVNKVLEI FTRLKDNMGG MLSMVMQTMG LSQNDIFGLI DKTYPKIDVV KRISAEFRDP SLCTFVG VC IPEFLSLYET ERLVQRLAVL DMDCHAIVIN FVLDANAATP CSMCRSRARM QNKYIDQINE LYDDFNIVLS PLRHDEVR G IANLRDYAET LIKPYRFCWS ANPDPSSAK

UniProtKB: ATPase ASNA1 homolog, ATPase ASNA1 homolog

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分子 #2: TMD of the tail-anchored protein Bos1

分子名称: TMD of the tail-anchored protein Bos1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.860031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDHHHHHHEN LYFQSADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AALDAQKATP PKLEDKSPDS PEMKDFRHGF DILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLLVFWIALI LLIIGIYYVL

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.73 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2732 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 63.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1790962
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70330
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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