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- EMDB-25363: The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25363
タイトルThe structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Protein phosphatase methylesterase 1
キーワードThe structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase methylesterase-1 / protein C-terminal methylesterase activity / protein methylesterase activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation ...protein phosphatase methylesterase-1 / protein C-terminal methylesterase activity / protein methylesterase activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein demethylation / positive regulation of microtubule binding / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / lncRNA binding / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / regulation of growth / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / regulation of cell differentiation / ERK/MAPK targets / T cell homeostasis / protein phosphatase activator activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mesoderm development / phosphoprotein phosphatase activity / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / lateral plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / AURKA Activation by TPX2 / protein dephosphorylation / meiotic cell cycle / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / response to lead ion / RAF activation / regulation of protein phosphorylation / Spry regulation of FGF signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / tau protein binding / PKR-mediated signaling / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / spindle pole / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of TP53 Degradation / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / cadherin binding
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase methylesterase, eukaryotic / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Lipases, serine active site. / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase ...Protein phosphatase methylesterase, eukaryotic / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Lipases, serine active site. / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Alpha/beta hydrolase family / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Armadillo-like helical / Alpha/Beta hydrolase fold / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / Protein phosphatase methylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li Y / Balakrishnan VK
資金援助3件
OrganizationGrant number国
American Cancer SocietyRSG-10-153-01-DMC
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM096060-01
Other privateA19-3376-5007
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Coupling to short linear motifs creates versatile PME-1 activities in PP2A holoenzyme demethylation and inhibition.
著者: Yitong Li / Vijaya Kumar Balakrishnan / Michael Rowse / Cheng-Guo Wu / Anastasia Phoebe Bravos / Vikash K Yadav / Ylva Ivarsson / Stefan Strack / Irina V Novikova / Yongna Xing /
要旨: Protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzymes target broad substrates by recognizing short motifs via regulatory subunits. PP2A methylesterase 1 (PME-1) is a cancer-promoting enzyme and undergoes ...Protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzymes target broad substrates by recognizing short motifs via regulatory subunits. PP2A methylesterase 1 (PME-1) is a cancer-promoting enzyme and undergoes methylesterase activation upon binding to the PP2A core enzyme. Here, we showed that PME-1 readily demethylates different families of PP2A holoenzymes and blocks substrate recognition in vitro. The high-resolution cryoelectron microscopy structure of a PP2A-B56 holoenzyme-PME-1 complex reveals that PME-1 disordered regions, including a substrate-mimicking motif, tether to the B56 regulatory subunit at remote sites. They occupy the holoenzyme substrate-binding groove and allow large structural shifts in both holoenzyme and PME-1 to enable multipartite contacts at structured cores to activate the methylesterase. B56 interface mutations selectively block PME-1 activity toward PP2A-B56 holoenzymes and affect the methylation of a fraction of total cellular PP2A. The B56 interface mutations allow us to uncover B56-specific PME-1 functions in p53 signaling. Our studies reveal multiple mechanisms of PME-1 in suppressing holoenzyme functions and versatile PME-1 activities derived from coupling substrate-mimicking motifs to dynamic structured cores.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Xing Y
履歴
登録2021年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25363.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.53 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.07003537 - 0.18328618
平均 (標準偏差)0.00009027806 (±0.0075679645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 254.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex

全体名称: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
要素
  • 複合体: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Protein phosphatase methylesterase 1

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超分子 #1: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex

超分子名称: The structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.378344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ ...文字列:
MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ YFRNLCSDDT PMVRRAAASK LGEFAKVLEL DNVKSEIIPM FSNLASDEQD SVRLLAVEAC VNIAQLLPQE DL EALVMPT LRQAAEDKSW RVRYMVADKF TELQKAVGPE ITKTDLVPAF QNLMKDCEAE VRAAASHKVK EFCENLSADC REN VIMSQI LPCIKELVSD ANQHVKSALA SVIMGLSPIL GKDNTIEHLL PLFLAQLKDE CPEVRLNIIS NLDCVNEVIG IRQL SQSLL PAIVELAEDA KWRVRLAIIE YMPLLAGQLG VEFFDEKLNS LCMAWLVDHV YAIREAATSN LKKLVEKFGK EWAHA TIIP KVLAMSGDPN YLHRMTTLFC INVLSEVCGQ DITTKHMLPT VLRMAGDPVA NVRFNVAKSL QKIGPILDNS TLQSEV KPI LEKLTQDQDV DVKYFAQEAL TVLSLA

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

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分子 #2: Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa...

分子名称: Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.69527 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
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MLTCNKAGSR MVVDAANSNG PFQPVVLLHI RDVPPADQEK LFIQKLRQCC VLFDFVSDPL SDLKWKEVKR AALSEMVEYI THNRNVITE PIYPEVVHMF AVNMFRTLPP SSNPTGAEFD PEEDEPTLEA AWPHLQLVYE FFLRFLESPD FQPNIAKKYI D QKFVLQLL ELFDSEDPRE RDFLKTTLHR IYGKFLGLRA YIRKQINNIF YRFIYETEHH NGIAELLEIL GSIINGFALP LK EEHKIFL LKVLLPLHKV KSLSVYHPQL AYCVVQFLEK DSTLTEPVVM ALLKYWPKTH SPKEVMFLNE LEEILDVIEP SEF VKIMEP LFRQLAKCVS SPHFQVAERA LYYWNNEYIM SLISDNAAKI LPIMFPSLYR NSKTHWNKTI HGLIYNALKL FMEM NQKLF DDCTQQFKAE KLKEKLKMKE REEAWVKIEN LAKANPQVLK KRIT

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

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分子 #3: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.636152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

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分子 #4: Protein phosphatase methylesterase 1

分子名称: Protein phosphatase methylesterase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein phosphatase methylesterase-1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.352379 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSALEKSMHL GRLPSRPPLP GSGGSQSGAK MRMGPGRKRD FSPVPWSQYF ESMEDVEVEN ETGKDTFRVY KSGSEGPVLL LLHGGGHSA LSWAVFTAAI ISRVQCRIVA LDLRSHGETK VKNPEDLSAE TMAKDVGNVV EAMYGDLPPP IMLIGHAMGG A IAVHTASS ...文字列:
MSALEKSMHL GRLPSRPPLP GSGGSQSGAK MRMGPGRKRD FSPVPWSQYF ESMEDVEVEN ETGKDTFRVY KSGSEGPVLL LLHGGGHSA LSWAVFTAAI ISRVQCRIVA LDLRSHGETK VKNPEDLSAE TMAKDVGNVV EAMYGDLPPP IMLIGHAMGG A IAVHTASS NLVPSLLGLC MIDVVEGTAM DALNSMQNFL RGRPKTFKSL ENAIEWSVKS GQIRNLESAR VSMVGQVKQC EG ITSPEGS KSIVEGIIEE EEEDEEGSES ISKRKKEDDM ETKKDHPYTW RIELAKTEKY WDGWFRGLSN LFLSCPIPKL LLL AGVDRL DKDLTIGQMQ GKFQMQVLPQ CGHAVHEDAP DKVAEAVATF LIRHRFAEPI GGFQCVFPGC

UniProtKB: Protein phosphatase methylesterase 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated by cryoSparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 276737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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