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万見- EMDB-25263: SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 + S2L20 Global Refinement -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25263 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 + S2L20 Global Refinement | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | McCallum M / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Molecular basis of immune evasion by the Delta and Kappa SARS-CoV-2 variants. 著者: Matthew McCallum / Alexandra C Walls / Kaitlin R Sprouse / John E Bowen / Laura E Rosen / Ha V Dang / Anna De Marco / Nicholas Franko / Sasha W Tilles / Jennifer Logue / Marcos C Miranda / ...著者: Matthew McCallum / Alexandra C Walls / Kaitlin R Sprouse / John E Bowen / Laura E Rosen / Ha V Dang / Anna De Marco / Nicholas Franko / Sasha W Tilles / Jennifer Logue / Marcos C Miranda / Margaret Ahlrichs / Lauren Carter / Gyorgy Snell / Matteo Samuele Pizzuto / Helen Y Chu / Wesley C Van Voorhis / Davide Corti / David Veesler / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) transmission leads to the emergence of variants, including the B.1.617.2 (Delta) variant of concern that is causing a new wave of ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) transmission leads to the emergence of variants, including the B.1.617.2 (Delta) variant of concern that is causing a new wave of infections and has become globally dominant. We show that these variants dampen the in vitro potency of vaccine-elicited serum neutralizing antibodies and provide a structural framework for describing their immune evasion. Mutations in the B.1.617.1 (Kappa) and Delta spike glycoproteins abrogate recognition by several monoclonal antibodies via alteration of key antigenic sites, including remodeling of the Delta amino-terminal domain. The angiotensin-converting enzyme 2 binding affinities of the Kappa and Delta receptor binding domains are comparable to the Wuhan-Hu-1 isolate, whereas B.1.617.2+ (Delta+) exhibits markedly reduced affinity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25263.map.gz | 15.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25263-v30.xml emd-25263.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25263.png | 141.9 KB | ||
その他 | emd_25263_additional_1.map.gz emd_25263_half_map_1.map.gz emd_25263_half_map_2.map.gz | 255.3 MB 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25263 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25263 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25263_validation.pdf.gz | 616.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25263_full_validation.pdf.gz | 615.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25263_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25263_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25263 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25263 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.843 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_25263_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map a
ファイル | emd_25263_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map a | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map b
ファイル | emd_25263_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map b | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 Fab + S2L20 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 Fab + S2L20 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 Fab + S2L20 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 Fab + S2L20 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 141.522891 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESGVYS S ANNCTFEY ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESGVYS S ANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LL ALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQP TESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVI RGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYRYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS KPCNG VEGF NCYFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL TGTGVLTESN KKFLPF QQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNV FQ TRAGCLIGAE HVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTNSRRRA RSVASQSIIA YTMSLGAENS VACSNNSIAI PTNFTISV T TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKDFGGFNF SQILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI CSGWTFGAG PALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST PSALGKLQNV VNQNAQALNT L VKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDKPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DF CGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFV SGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQE LGKYE QGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GRSLEVLFQG PGSGGLNDIF EAQKIEWHEG SGHHHHHHHH |
-分子 #2: S2M11 Fab light chain
分子 | 名称: S2M11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.208458 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IVMMQSPGTL SLSPGERATL SCRASQSVSS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASSRATGIPD RFSGSGSGTD FTLTISRLEP EDFAVYYCQ QYGSSAWTFG QGTKV |
-分子 #3: S2M11 Fab heavy chain
分子 | 名称: S2M11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.65122 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTFTG YYMHWVRQAP GQGLEWMGWI NPISSGTSYA QTFQGRVTMT SDTSITTAYM ELSRLRSDD TAVYYCARAA PFYDFWSGYS YFDYWGQGTL VTV |
-分子 #4: S2L20 Fab light chain
分子 | 名称: S2L20 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.829141 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VIWMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQDIR FYLNWYQQKP GKAPKLLISD ASNMETGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ QYDNLPFTFG PGTKVDFK |
-分子 #5: S2L20 Fab heavy chain
分子 | 名称: S2L20 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.453958 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG VVQPGGSLRL SCAASGFTFN SYGMHWVRQA PGKGLEWVAF IRYDGGNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMKSLRAE DTAVYYCANL KDSRYSGSYY DYWGQGTLVT VS |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 45 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 354 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 543668 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |