+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex | |||||||||
![]() | sharpened, density-modified map used for figures. Upsampled for smoothness. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | rubisco / lyase / TIM-barrel / complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å | |||||||||
![]() | Blikstad C / Dugan E | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a carbonic anhydrase-Rubisco complex within the alpha-carboxysome. 著者: Cecilia Blikstad / Eli J Dugan / Thomas G Laughlin / Julia B Turnšek / Mira D Liu / Sophie R Shoemaker / Nikoleta Vogiatzi / Jonathan P Remis / David F Savage / ![]() ![]() 要旨: Carboxysomes are proteinaceous organelles that encapsulate key enzymes of CO fixation-Rubisco and carbonic anhydrase-and are the centerpiece of the bacterial CO concentrating mechanism (CCM). In the ...Carboxysomes are proteinaceous organelles that encapsulate key enzymes of CO fixation-Rubisco and carbonic anhydrase-and are the centerpiece of the bacterial CO concentrating mechanism (CCM). In the CCM, actively accumulated cytosolic bicarbonate diffuses into the carboxysome and is converted to CO by carbonic anhydrase, producing a high CO concentration near Rubisco and ensuring efficient carboxylation. Self-assembly of the α-carboxysome is orchestrated by the intrinsically disordered scaffolding protein, CsoS2, which interacts with both Rubisco and carboxysomal shell proteins, but it is unknown how the carbonic anhydrase, CsoSCA, is incorporated into the α-carboxysome. Here, we present the structural basis of carbonic anhydrase encapsulation into α-carboxysomes from . We find that CsoSCA interacts directly with Rubisco via an intrinsically disordered N-terminal domain. A 1.98 Å single-particle cryoelectron microscopy structure of Rubisco in complex with this peptide reveals that CsoSCA binding is predominantly mediated by a network of hydrogen bonds. CsoSCA's binding site overlaps with that of CsoS2, but the two proteins utilize substantially different motifs and modes of binding, revealing a plasticity of the Rubisco binding site. Our results advance the understanding of carboxysome biogenesis and highlight the importance of Rubisco, not only as an enzyme but also as a central hub for mediating assembly through protein interactions. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 50.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 249.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 193.2 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 174.7 MB 147.2 MB 147.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7smkMC ![]() 7snvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened, density-modified map used for figures. Upsampled for smoothness. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.60059 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened, full map
ファイル | emd_25201_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened, full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened, unfiltered half-map
ファイル | emd_25201_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened, unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened, unfiltered half-map
ファイル | emd_25201_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened, unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex
全体 | 名称: H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex
超分子 | 名称: H. neapolitanus carboxysomal rubisco/CsoSCA-peptide (1-50)complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 533 KDa |
-超分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (E.C.4.1.1.39), Rib...
超分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (E.C.4.1.1.39), Ribulose bisphosphate carboxylase small chain (E.C.4.1.1.39) タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Carboxysome shell carbonic anhydrase (E.C.4.2.1.1)
超分子 | 名称: Carboxysome shell carbonic anhydrase (E.C.4.2.1.1) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
---|
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 23641 / c2 |
分子量 | 理論値: 53.831723 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAVKKYSAG VKEYRQTYWM PEYTPLDSDI LACFKITPQP GVDREEAAAA VAAESSTGTW TTVWTDLLTD MDYYKGRAYR IEDVPGDDA AFYAFIAYPI DLFEEGSVVN VFTSLVGNVF GFKAVRGLRL EDVRFPLAYV KTCGGPPHGI QVERDKMNKY G RPLLGCTI ...文字列: MSAVKKYSAG VKEYRQTYWM PEYTPLDSDI LACFKITPQP GVDREEAAAA VAAESSTGTW TTVWTDLLTD MDYYKGRAYR IEDVPGDDA AFYAFIAYPI DLFEEGSVVN VFTSLVGNVF GFKAVRGLRL EDVRFPLAYV KTCGGPPHGI QVERDKMNKY G RPLLGCTI KPKLGLSAKN YGRAVYECLR GGLDFTKDDE NINSQPFMRW RDRFLFVQDA TETAEAQTGE RKGHYLNVTA PT PEEMYKR AEFAKEIGAP IIMHDYITGG FTANTGLAKW CQDNGVLLHI HRAMHAVIDR NPNHGIHFRV LTKILRLSGG DHL HTGTVV GKLEGDRAST LGWIDLLRES FIPEDRSRGI FFDQDWGSMP GVFAVASGGI HVWHMPALVN IFGDDSVLQF GGGT LGHPW GNAAGAAANR VALEACVEAR NQGRDIEKEG KEILTAAAQH SPELKIAMET WKEIKFEFDT VDKLDTQNRW SHPQF EK UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain |
-分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 23641 / c2 |
分子量 | 理論値: 12.866575 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAEMQDYKQS LKYETFSYLP PMNAERIRAQ IKYAIAQGWS PGIEHVEVKN SMNQYWYMWK LPFFGEQNVD NVLAEIEACR SAYPTHQVK LVAYDNYAQS LGLAFVVYRG N UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit |
-分子 #3: Carboxysome shell carbonic anhydrase
分子 | 名称: Carboxysome shell carbonic anhydrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carbonic anhydrase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.690505 KDa |
配列 | 文字列: MNTRNTRSKQ RAPFGVSSSV KPRLDLIEQA PNPAYDRHPA CITLPERTCR UniProtKB: Carboxysome shell carbonic anhydrase |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 202 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.2665 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Pelco EasiGlow | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3 seconds. | ||||||||||||
詳細 | 0.5 uM of rubisco and 0.5 mM of peptide |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5742 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 3 x 3 multishot image shift pattern. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 57000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Map-model FSC and geometry |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7smk: |