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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25143 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of positive allosteric modulator-bound active human calcium-sensing receptor | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Park J / Zuo H / Frangaj A / Fu Z / Yen LY / Zhang Z / Mosyak L / Slavkovich VN / Liu J / Ray KM ...Park J / Zuo H / Frangaj A / Fu Z / Yen LY / Zhang Z / Mosyak L / Slavkovich VN / Liu J / Ray KM / Cao B / Vallese F / Geng Y / Chen S / Grassucci R / Dandey VP / Tan YZ / Eng E / Lee Y / Kloss B / Liu Z / Hendrickson WA / Potter CS / Carragher B / Graziano J / Conigrave AD / Frank J / Clarke OB / Fan QR | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Symmetric activation and modulation of the human calcium-sensing receptor. 著者: Jinseo Park / Hao Zuo / Aurel Frangaj / Ziao Fu / Laura Y Yen / Zhening Zhang / Lidia Mosyak / Vesna N Slavkovich / Jonathan Liu / Kimberly M Ray / Baohua Cao / Francesca Vallese / Yong Geng ...著者: Jinseo Park / Hao Zuo / Aurel Frangaj / Ziao Fu / Laura Y Yen / Zhening Zhang / Lidia Mosyak / Vesna N Slavkovich / Jonathan Liu / Kimberly M Ray / Baohua Cao / Francesca Vallese / Yong Geng / Shaoxia Chen / Robert Grassucci / Venkata P Dandey / Yong Zi Tan / Edward Eng / Yeji Lee / Brian Kloss / Zheng Liu / Wayne A Hendrickson / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Joseph Graziano / Arthur D Conigrave / Joachim Frank / Oliver B Clarke / Qing R Fan / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS ...The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS receptor corrects disorders of calcium homeostasis. Here, we report the cryogenic-electron microscopy reconstructions of a near-full-length CaS receptor in the absence and presence of allosteric modulators. Activation of the homodimeric CaS receptor requires a break in the transmembrane 6 (TM6) helix of each subunit, which facilitates the formation of a TM6-mediated homodimer interface and expansion of homodimer interactions. This transformation in TM6 occurs without a positive allosteric modulator. Two modulators with opposite functional roles bind to overlapping sites within the transmembrane domain through common interactions, acting to stabilize distinct rotamer conformations of key residues on the TM6 helix. The positive modulator reinforces TM6 distortion and maximizes subunit contact to enhance receptor activity, while the negative modulator strengthens an intact TM6 to dampen receptor function. In both active and inactive states, the receptor displays symmetrical transmembrane conformations that are consistent with its homodimeric assembly. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 117.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7silMC ![]() 7simC ![]() 7sinC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.8 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of calcium-sensing receptor in both PAM-bound and unbound active states [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Homodimer human calcium sensing receptor
全体 | 名称: Homodimer human calcium sensing receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimer human calcium sensing receptor
超分子 | 名称: Homodimer human calcium sensing receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 192 KDa |
-分子 #1: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
分子 | 名称: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 99.299461 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAFYSCCWVL LALTWHTSAY GPDQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA ...文字列: MAFYSCCWVL LALTWHTSAY GPDQRAQKKG DIILGGLFPI HFGVAAKDQD LKSRPESVEC IRYNFRGFRW LQAMIFAIEE INSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKALE ATLSFVAQNK IDSLNLDEFC NCSEHIPSTI AVVGATGSGV STAVANLLGL F YIPQVSYA SSSRLLSNKN QFKSFLRTIP NDEHQATAMA DIIEYFRWNW VGTIAADDDY GRPGIEKFRE EAEERDICID FS ELISQYS DEEEIQHVVE VIQNSTAKVI VVFSSGPDLE PLIKEIVRRN ITGKIWLASE AWASSSLIAM PQYFHVVGGT IGF ALKAGQ IPGFREFLKK VHPRKSVHNG FAKEFWEETF NCHLQEGAKG PLPVDTFLRG HEESGDRFSN SSTAFRPLCT GDEN ISSVE TPYIDYTHLR ISYNVYLAVY SIAHALQDIY TCLPGRGLFT NGSCADIKKV EAWQVLKHLR HLNFTNNMGE QVTFD ECGD LVGNYSIINW HLSPEDGSIV FKEVGYYNVY AKKGERLFIN EEKILWSGFS REVPFSNCSR DCLAGTRKGI IEGEPT CCF ECVECPDGEY SDETDASACN KCPDDFWSNE NHTSCIAKEI EFLSWTEPFG IALTLFAVLG IFLTAFVLGV FIKFRNT PI VKATNRELSY LLLFSLLCCF SSSLFFIGEP QDWTCRLRQP AFGISFVLCI SCILVKTNRV LLVFEAKIPT SFHRKWWG L NLQFLLVFLC TFMQIVICVI WLYTAPPSSY RNQELEDEII FITCHEGSLM ALGFLIGYTC LLAAICFFFA FKSRKLPEN FNEAKFITFS MLIFFIVWIS FIPAYASTYG KFVSAVEVIA ILAASFGLLA CIFFNKIYII LFKPSRNTIE DYKDDDDK |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN
分子 | 名称: CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: TCR |
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分子量 | 理論値: 216.236 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-TCR: |
-分子 #5: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PO4: |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #7: 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine
分子 | 名称: 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 9IG |
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分子量 | 理論値: 303.826 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-9IG: |
-分子 #8: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.6 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solution were made fresh from concentrated, and filtered to avoid microbial contamination. | ||||||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging. | ||||||||||||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最高: 100.0 K |
詳細 | Preliminary grid screening was performed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13246 / 平均電子線量: 70.35 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 892000 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.16) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio (cryoSPARC) |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.16) / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) 詳細: non-uniform refinement and local refinement in cryoSPARC 3.0 |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |