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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2513 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of F420-reducing [NiFe] hydrogenase Frh | |||||||||
マップデータ | FrhABG dodecamer | |||||||||
試料 |
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キーワード | hydrogenase / flavoprotein / [NiFe] hydrogenase / electron transfer / ferredoxin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coenzyme F420 hydrogenase / coenzyme F420 hydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanothermobacter marburgensis (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Allegretti M / Mills DJ / McMullan G / Kuehlbrandt W / Vonck J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Atomic model of the F420-reducing [NiFe] hydrogenase by electron cryo-microscopy using a direct electron detector. 著者: Matteo Allegretti / Deryck J Mills / Greg McMullan / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / 要旨: The introduction of direct electron detectors with higher detective quantum efficiency and fast read-out marks the beginning of a new era in electron cryo-microscopy. Using the FEI Falcon II direct ...The introduction of direct electron detectors with higher detective quantum efficiency and fast read-out marks the beginning of a new era in electron cryo-microscopy. Using the FEI Falcon II direct electron detector in video mode, we have reconstructed a map at 3.36 Å resolution of the 1.2 MDa F420-reducing hydrogenase (Frh) from methanogenic archaea from only 320,000 asymmetric units. Videos frames were aligned by a combination of image and particle alignment procedures to overcome the effects of beam-induced motion. The reconstructed density map shows all secondary structure as well as clear side chain densities for most residues. The full coordination of all cofactors in the electron transfer chain (a [NiFe] center, four [4Fe4S] clusters and an FAD) is clearly visible along with a well-defined substrate access channel. From the rigidity of the complex we conclude that catalysis is diffusion-limited and does not depend on protein flexibility or conformational changes. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01963.001. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2513.map.gz | 39.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2513-v30.xml emd-2513.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2513.tif | 765.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2513 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2513_validation.pdf.gz | 326.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2513_full_validation.pdf.gz | 325.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2513_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2513 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | FrhABG dodecamer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : F420 reducing hydrogenase
全体 | 名称: F420 reducing hydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1000: F420 reducing hydrogenase
超分子 | 名称: F420 reducing hydrogenase / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: a dodecamer of the heterotrimer FrhA, FrhB, FrhG Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 1.2 MDa / 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FrhA / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis (古細菌) / 株: DSM 2133 / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 実験値: 440 KDa / 理論値: 440 KDa |
配列 | UniProtKB: Coenzyme F420 hydrogenase subunit alpha InterPro: Coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha, Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea, Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma |
-分子 #2: F420-reducing hydrogenase, subunit beta
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: FrhB / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis (古細菌) / 株: DSM 2133 / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa |
配列 | UniProtKB: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta InterPro: Coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha, Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea, Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma |
-分子 #3: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: FrhG / コピー数: 12 / 集合状態: dodecamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis (古細菌) / 株: DSM 2133 / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa |
配列 | UniProtKB: Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta InterPro: Coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha, Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea, Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 0.025mM FAD |
グリッド | 詳細: freshly glow discharged Quantifoil holey grid (1 micrometer holes) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 103 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: blotting 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 77 K / 最高: 80 K / 平均: 79 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification |
詳細 | data was collected in movie mode |
日付 | 2013年5月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 235 / 平均電子線量: 22 e/Å2 詳細: Every image is the average of six frames recorded by the direct electron detector aligned to each other ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 106000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each image |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 26000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C |
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ソフトウェア | 名称: Coot |
詳細 | The structure was built using Coot based on an earlier model built into a lower resolution EM map |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-4ci0: |