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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of hemolysin A secretion system HlyB/D complex | |||||||||
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![]() | hydrolase / transport / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / protein secretion / ABC-type transporter activity / peptidase activity / killing of cells of another organism / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Zhao H / Chen J | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The hemolysin A secretion system is a multi-engine pump containing three ABC transporters. 著者: Hongtu Zhao / James Lee / Jue Chen / ![]() 要旨: Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A ...Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A secretion system has long been considered a prototype in structural and mechanistic studies of T1SSs. Three membrane proteins-an inner membrane ABC transporter HlyB, an adaptor protein HlyD, and an outer membrane porin TolC-are required for secretion. However, the stoichiometry and structure of the complex are unknown. Here, cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures determined in two conformations reveal that the inner membrane complex is a hetero-dodecameric assembly comprising three HlyB homodimers and six HlyD subunits. Functional studies indicate that oligomerization of HlyB and HlyD is essential for protein secretion and that polypeptides translocate through a canonical ABC transporter pathway in HlyB. Our data suggest that T1SSs entail three ABC transporters, one that functions as a protein channel and two that allosterically power the translocation process. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7sgrMC ![]() 8dckC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Membrane protein complex of HlyB and HlyD
全体 | 名称: Membrane protein complex of HlyB and HlyD |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane protein complex of HlyB and HlyD
超分子 | 名称: Membrane protein complex of HlyB and HlyD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 810 KDa |
-分子 #1: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
分子 | 名称: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 79.621492 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDSCHKIDYG LYALEILAQY HNVSVNPEEI KHRFDTDGTG LGLTSWLLAA KSLELKVKQV KKTIDRLNFI SLPALVWRED GRHFILTKV SKEANRYLIF DLEQRNPRVL EQSEFEALYQ GHIILIASRS SVTGKLAKFD FTWFIPAIIK YRKIFIETLV V SVFLQLFA ...文字列: MDSCHKIDYG LYALEILAQY HNVSVNPEEI KHRFDTDGTG LGLTSWLLAA KSLELKVKQV KKTIDRLNFI SLPALVWRED GRHFILTKV SKEANRYLIF DLEQRNPRVL EQSEFEALYQ GHIILIASRS SVTGKLAKFD FTWFIPAIIK YRKIFIETLV V SVFLQLFA LITPLFFQVV MDKVLVHRGF STLNVITVAL SVVVVFEIIL SGLRTYIFAH STSRIDVELG AKLFRHLLAL PI SYFESRR VGDTVARVRE LDQIRNFLTG QALTSVLDLL FSFIFFAVMW YYSPKLTLVI LFSLPCYAAW SVFISPILRR RLD DKFSRN ADNQSFLVES VTAINTIKAM AVSPQMTNIW DKQLAGYVAA GFKVTVLATI GQQGIQLIQK TVMIINLWLG AHLV ISGDL SIGQLIAFNM LAGQIVAPVI RLAQIWQDFQ QVGISVTRLG DVLNSPTESY HGKLALPEIN GNITFRNIRF RYKPD SPVI LDNINLSIKQ GEVIGIVGRS GSGKSTLTKL IQRFYIPENG QVLIDGHDLA LADPNWLRRQ VGVVLQDNVL LNRSII DNI SLANPGMSVE KVIYAAKLAG AHDFISELRE GYNTIVGEQG AGLSGGQRQR IAIARALVNN PKILIFDEAT SALDYES EH IIMRNMHKIC KGRTVIIIAH RLSTVKNADR IIVMEKGKIV EQGKHKELLS EPESLYSYLY QLQSD UniProtKB: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB |
-分子 #2: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion ...
分子 | 名称: Membrane fusion protein (MFP) family protein,Hemolysin secretion protein D, chromosomal タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.748895 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTWLMGFSE FLLRYKLVWS ETWKIRKQLD TPVREKDENE FLPAHLELIE TPVSRRPRLV AYFIMGFLVI AVILSVLGQV EIVATANGK LTLSGRSKEI KPIENSIVKE IIVKEGESVR KGDVLLKLTA LGAEADTLKT QSSLLQTRLE QTRYQILSRS I ELNKLPEL ...文字列: MKTWLMGFSE FLLRYKLVWS ETWKIRKQLD TPVREKDENE FLPAHLELIE TPVSRRPRLV AYFIMGFLVI AVILSVLGQV EIVATANGK LTLSGRSKEI KPIENSIVKE IIVKEGESVR KGDVLLKLTA LGAEADTLKT QSSLLQTRLE QTRYQILSRS I ELNKLPEL KLPDEPYFQN VSEEEVLRLT SLIKEQFSTW QNQKYQKELN LDKKRAERLT ILARINRYEN LSRVEKSRLD DF DDTLEVT ALVQNKDIGF INVGQNAIIK VEAFPYTRYG YLVGKVKNIN LDAIEDQKLG LVFNVIVSVE ENDLSTGNKH IPL SSGMAV TAEIKTGMRS VISYLLSPLE ESVTESLHER UniProtKB: Membrane fusion protein (MFP) family protein, Hemolysin secretion protein D, chromosomal |
-分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...
分子 | 名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 37 / 式: 6OU |
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分子量 | 理論値: 717.996 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6OU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136123 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |