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- EMDB-25097: Electron cryo-tomography of CHIKV assembly intermediates in human... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25097
タイトルElectron cryo-tomography of CHIKV assembly intermediates in human U2OS cells
マップデータCHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human cells
試料
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードalphavirus / enveloped virus / virus assembly and budding / cryogenic electron tomography / subtomogram averaging / VIRUS
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.7 Å
データ登録者Chmielewski D / Schmid MF / Simmons G / Jin J / Chiu W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ Alphavirus Assembly and Budding Mechanism Revealed by Cellular CryoET
著者: Chmielewski D / Schmid M / Simmons G / Jin J / Chiu W
履歴
登録2021年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.54 Å/pix.
x 320 pix.
= 1132.8 Å		3.54 Å/pix.
x 320 pix.
= 1132.8 Å		3.54 Å/pix.
x 320 pix.
= 1132.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.59
最小 - 最大-8.61098 - 11.973019000000001
平均 (標準偏差)0.33008814 (±1.7825079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1132.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chikungunya virus

全体名称: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
要素
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human U2OS cells
NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 181/clone 25 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 65 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 176
抽出トモグラム数: 185 / 使用した粒子像数: 195
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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