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万見
- EMDB-2509: Cryo-EM structure of immature HBV core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2509
タイトルCryo-EM structure of immature HBV core
マップデータcryo-EM 3-D reconstruction of immature pgRNA-filled HBV core
試料
  • 試料: Immature pgRNA-filled HBV Core
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
キーワードHBV / hepatitis B virus / pgRNA
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.5 Å
データ登録者Wang JC-Y / Nickens DG / Lentz TB / Loeb DD / Zlotnick A
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Encapsidated hepatitis B virus reverse transcriptase is poised on an ordered RNA lattice.
著者: Joseph Che-Yen Wang / David G Nickens / Thomas B Lentz / Daniel D Loeb / Adam Zlotnick /
要旨: Assembly of a hepatitis B virus (HBV) virion begins with the formation of an RNA-filled core composed of a symmetrical capsid (built of core protein), viral pregenomic RNA, and viral reverse ...Assembly of a hepatitis B virus (HBV) virion begins with the formation of an RNA-filled core composed of a symmetrical capsid (built of core protein), viral pregenomic RNA, and viral reverse transcriptase. To generate the circular dsDNA genome of HBV, reverse transcription requires multiple template switches within the confines of the capsid. To date, most anti-HBV therapeutics target this reverse transcription process. The detailed molecular mechanisms of this crucial process are poorly understood because of the lack of structural information. We hypothesized that capsid, RNA, and viral reverse transcriptase would need a precise geometric organization to accomplish reverse transcription. Here we present the asymmetric structure of authentic RNA-filled cores, determined to 14.5-Å resolution from cryo-EM data. Capsid and RNA are concentric. On the interior of the RNA, we see a distinct donut-like density, assigned to viral reverse transcriptase, which pins the viral pregenomic RNA to the capsid inner surface. The observation of a unique ordered structure inside the core suggests that assembly and the first steps of reverse transcription follow a single, determinate pathway and strongly suggests that all subsequent steps in DNA synthesis do as well.
履歴
登録2013年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月27日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2014年8月13日-
現状2014年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0776
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0776
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2509.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM 3-D reconstruction of immature pgRNA-filled HBV core
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.94 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0776 / ムービー #1: 0.0776
最小 - 最大-0.3463417 - 0.36404872
平均 (標準偏差)0.01064173 (±0.04804695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-79-79-79
サイズ159159159
Spacing159159159
セルA=B=C: 467.46002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.942.942.94
M x/y/z159159159
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z467.460467.460467.460
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-79-79-79
NC/NR/NS159159159
D min/max/mean-0.3460.3640.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Immature pgRNA-filled HBV Core

全体名称: Immature pgRNA-filled HBV Core
要素
  • 試料: Immature pgRNA-filled HBV Core
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

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超分子 #1000: Immature pgRNA-filled HBV Core

超分子名称: Immature pgRNA-filled HBV Core / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was purified from Huh7-H1 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / Sci species strain: subtype ayw, genotype D / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Huh7-H1 / 組換プラスミド: p1159, p1929
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Cp / 直径: 340 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: 300 mesh continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年12月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 513 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年12月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 513 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle phase-flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 11727

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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