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- EMDB-25040: Structure of H1 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25040
タイトルStructure of H1 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10
マップデータCryo-EM map of Fab 310-39G10 bound to H1 NC99 influenza hemagglutinin
試料
  • 複合体: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-39G10 Fab, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-39G10 Fab, Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Allelic polymorphism controls autoreactivity and vaccine elicitation of human broadly neutralizing antibodies against influenza virus.
著者: Maya Sangesland / Alba Torrents de la Peña / Seyhan Boyoglu-Barnum / Larance Ronsard / Faez Amokrane Nait Mohamed / Thalia Bracamonte Moreno / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg ...著者: Maya Sangesland / Alba Torrents de la Peña / Seyhan Boyoglu-Barnum / Larance Ronsard / Faez Amokrane Nait Mohamed / Thalia Bracamonte Moreno / Ralston M Barnes / Daniel Rohrer / Nils Lonberg / Musie Ghebremichael / Masaru Kanekiyo / Andrew Ward / Daniel Lingwood /
要旨: Human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin stalk of group 1 influenza A viruses (IAVs) are biased for IGHV1-69 alleles that use phenylalanine (F54) but not leucine (L54) ...Human broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the hemagglutinin stalk of group 1 influenza A viruses (IAVs) are biased for IGHV1-69 alleles that use phenylalanine (F54) but not leucine (L54) within their CDRH2 loops. Despite this, we demonstrated that both alleles encode for human IAV bnAbs that employ structurally convergent modes of contact to the same epitope. To resolve differences in lineage expandability, we compared F54 versus L54 as substrate within humanized mice, where antibodies develop with human-like CDRH3 diversity but are restricted to single V genes. While both alleles encoded for bnAb precursors, only F54 IGHV1-69 supported elicitation of heterosubtypic serum bnAbs following immunization with a stalk-only nanoparticle vaccine. L54 IGHV1-69 was unproductive, co-encoding for anergic B cells and autoreactive stalk antibodies that were cleared from B cell memory. Moreover, human stalk antibodies also demonstrated L54-dependent autoreactivity. Therefore, IGHV1-69 polymorphism, which is skewed ethnically, gates tolerance and vaccine expandability of influenza bnAbs.
履歴
登録2021年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25040.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Fab 310-39G10 bound to H1 NC99 influenza hemagglutinin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0145
最小 - 最大-0.053279757 - 0.084932975
平均 (標準偏差)4.3829968e-07 (±0.0017858744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10

全体名称: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10
要素
  • 複合体: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-39G10 Fab, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 310-39G10 Fab, Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10

超分子名称: Structure of H1 NC99 influenza hemagglutinin bound to Fab 310-39G10
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1
分子量理論値: 35.932309 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK EKEVLVLWGV HHPPNIGNQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRR FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPWYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PS

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New Zealand:South Canterbury/35/2000 H1N1
分子量理論値: 26.637555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RETRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNKLERR MENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDFHDSNV KNLYEKVKSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCN NECMESVKNG T YDYPKYSE ...文字列:
RETRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNKLERR MENLNKKVD DGFLDIWTYN AELLVLLENE RTLDFHDSNV KNLYEKVKSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCN NECMESVKNG T YDYPKYSE ESKLNREKID GVKYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG SGLNDIFEAQ KIEWHEGHHH HHH

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分子 #3: 310-39G10 Fab, Heavy Chain

分子名称: 310-39G10 Fab, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.796269 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS RYTISWVRQA PGQGLEWMGR ISPIAGLENY AQKFQGRVTI TADISTSTAY MELSSLRSD DTAVYYCAGS SGYYQPPPYW GQGTLVTVSS

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分子 #4: 310-39G10 Fab, Light Chain

分子名称: 310-39G10 Fab, Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.679963 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQAPFS LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSSLAWYHQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFSLYYC QQYGSSPLTF GQGTRLEIK

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HCl
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: TBS buffer, PH 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting time: 5.5 s Blotting force: 0 Waiting time: 7 s.
詳細hemagglutinin at 2mg/ml is complexed with the Fab at a molar ratio 1:3 (HA:Fab). The sample is incubated for 30min at RT and diluted with TBS to a final concentration of 0.2mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 853 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 49.88 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 135198
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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