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万見
- EMDB-2503: Cryo-EM Structure of Isomeric Molluscan Hemocyanin Type 1 trigger... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2503
タイトルCryo-EM Structure of Isomeric Molluscan Hemocyanin Type 1 triggered by viral infection
マップデータReconstruction of isomeric Halitotis diversicolor hemocyanin type 1 triggered by AbSV
試料
  • 試料: Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection
  • タンパク質・ペプチド: isomeric hemocyanin type 1
キーワードisomeric molluscan hemocyanin / viral infection / AbSV / phenoloxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemocyanin isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Haliotis diversicolor (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Zhu HT / Zhuang J / Feng HL / Liang RF / Wang JY / Xie LH / Zhu P
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structure of isomeric molluscan hemocyanin triggered by viral infection.
著者: Hongtao Zhu / Jun Zhuang / Hongli Feng / Rongfeng Liang / Jiangyong Wang / Lianhui Xie / Ping Zhu /
要旨: Hemocyanins (Hcs) of arthropods and mollusks function not only as oxygen transporters, but also as phenoloxidases (POs). In invertebrates, PO is an important component in the innate immune cascade, ...Hemocyanins (Hcs) of arthropods and mollusks function not only as oxygen transporters, but also as phenoloxidases (POs). In invertebrates, PO is an important component in the innate immune cascade, where it functions as the initiator of melanin synthesis, a pigment involved in encapsulating and killing of pathogenic microbes. Although structures of Hc from several species of invertebrates have been reported, the structural basis for how PO activity is triggered by structural changes of Hc in vivo remains poorly understood. Here, we report a 6.8 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the isomeric form of hemocyanin, which was isolated from Abalone Shriveling syndrome-associated Virus (AbSV) infected abalone (Halitotis diversicolor), and build a pseudoatomic model of isomeric H. diversicolor hemocyanin 1 (HdH1). Our results show that, compared with native form of HdH1, the architecture of isomeric HdH1 turns into a more relaxed form. The interactions between certain functional units (FUs) present in the native form of Hc either decreased or were totally abolished in the isomeric form of Hc. As a result of that, native state Hc switches to its isomeric form, enabling it to play its role in innate immune responses against invading pathogens.
履歴
登録2013年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2014年8月27日-
更新2014年8月27日-
現状2014年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of isomeric Halitotis diversicolor hemocyanin type 1 triggered by AbSV
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 400 pix.
= 478.4 Å		1.2 Å/pix.
x 400 pix.
= 478.4 Å		1.2 Å/pix.
x 400 pix.
= 478.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.196 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.7 / ムービー #1: 1.7
最小 - 最大-5.1972332 - 10.29769993
平均 (標準偏差)0.00007128 (±1.00920987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 478.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1961.1961.196
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z478.400478.400478.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-5.19710.2980.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection

全体名称: Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection
要素
  • 試料: Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection
  • タンパク質・ペプチド: isomeric hemocyanin type 1

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超分子 #1000: Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection

超分子名称: Isomeric Molluscan Hemocyanin triggered by AbSV infection
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 8 MDa

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分子 #1: isomeric hemocyanin type 1

分子名称: isomeric hemocyanin type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HdH1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Haliotis diversicolor (無脊椎動物)
分子量理論値: 8 MDa
配列UniProtKB: Hemocyanin isoform 1 / GO: GO: 0055114 / InterPro: Di-copper centre-containing domain superfamily

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20mM phosphate buffer, containing 2.5mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 125418 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2012年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 2379 / 平均電子線量: 18 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 125418 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細EMAN2 was initially used for particle picking, 2D classification, projection refinement and 3D reconstruction for both normal and isomeric hemocyanins with C5 symmetry imposed. Subsequently, 57,043 isomeric hemocyanin particles were imported to Relion-1.1 for further refinement and reconstruction by applying D5 symmetry, using the reconstructed map from EMAN2 as the initial model. Xmipp-2.4 was used for the? bfactor correction to generate the final 3D reconstruction map of isomeric hemocyanin.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion-1.1, Xmipp-2.4 / 使用した粒子像数: 57043

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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