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万見
- EMDB-25017: SARS spike protein with foldon domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25017
タイトルSARS spike protein with foldon domain
マップデータ3D refined map of SARS spike (C1 symmetry)
試料
  • 複合体: SARS spike protein with foldon domain
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Ward AB / Bangaru S / Sewall LM / Jackson AM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins.
著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de ...著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de la Peña / James E Crowe / Andrew B Ward /
要旨: Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV-2) infections. We used electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to characterize the antibody specificities against β-CoV spike proteins in prepandemic (PP) sera or SARS-CoV-2 convalescent (SC) sera. We observed that most PP sera had antibodies specific to seasonal human CoVs (HCoVs) OC43 and HKU1 spike proteins while the SC sera showed reactivity across all human β-CoVs. Detailed molecular mapping of spike-antibody complexes revealed epitopes that were differentially targeted by preexisting antibodies and SC serum antibodies. Our studies provide an antigenic landscape to β-HCoV spikes in the general population serving as a basis for cross-reactive epitope analyses in SARS-CoV-2-infected individuals.
履歴
登録2021年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refined map of SARS spike (C1 symmetry)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 492. Å		2.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 492. Å		2.05 Å/pix.
x 240 pix.
= 492. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.02167259 - 0.051500734
平均 (標準偏差)9.454035e-05 (±0.0021518467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 492.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SARS spike protein with foldon domain

全体名称: SARS spike protein with foldon domain
要素
  • 複合体: SARS spike protein with foldon domain

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超分子 #1: SARS spike protein with foldon domain

超分子名称: SARS spike protein with foldon domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F cells

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 8083
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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