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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412) | |||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||
![]() | Ward AB / Bangaru S / Antanasijevic A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins. 著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de ...著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de la Peña / James E Crowe / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV-2) infections. We used electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to characterize the antibody specificities against β-CoV spike proteins in prepandemic (PP) sera or SARS-CoV-2 convalescent (SC) sera. We observed that most PP sera had antibodies specific to seasonal human CoVs (HCoVs) OC43 and HKU1 spike proteins while the SC sera showed reactivity across all human β-CoVs. Detailed molecular mapping of spike-antibody complexes revealed epitopes that were differentially targeted by preexisting antibodies and SC serum antibodies. Our studies provide an antigenic landscape to β-HCoV spikes in the general population serving as a basis for cross-reactive epitope analyses in SARS-CoV-2-infected individuals. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 139.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 115.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 149.9 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 118.2 MB 118.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 935.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 934.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_24994_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_24994_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412)
全体 | 名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412) |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412)
超分子 | 名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: OC43 prefusion spike
分子 | 名称: OC43 prefusion spike / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFLILLISLP TAFAVIGDLK CPLDSRTGSL NNIDTGPPSI STATVDVTNG LGTYYVLDRV YLNTTLFLNG YYPTSGSTYR NMALKGTDKL STLWFKPPFL SDFINGIFAK VKNTKVFKDG VMYSEFPAIT IGSTFVNTSY SVVVQPRTIN STQDGVNKLQ GLLEVSVCQY ...文字列: MFLILLISLP TAFAVIGDLK CPLDSRTGSL NNIDTGPPSI STATVDVTNG LGTYYVLDRV YLNTTLFLNG YYPTSGSTYR NMALKGTDKL STLWFKPPFL SDFINGIFAK VKNTKVFKDG VMYSEFPAIT IGSTFVNTSY SVVVQPRTIN STQDGVNKLQ GLLEVSVCQY NMCEYPHTIC HPKLGNHFKE LWHMDTGVVS CLYKRNFTYD VNATYLYFHF YQEGGTFYAY FTDTGVVTKF LFNVYLGMAL SHYYVMPLTC ISRRDIGFTL EYWVTPLTSR QYLLAFNQDG IIFNAVDCMS DFMSEIKCKT QSIAPPTGVY ELNGYTVQPI ADVYRRKPDL PNCNIEAWLN DKSVPSPLNW ERKTFSNCNF NMSSLMSFIQ ADSFTCNNID AAKIYGMCFS SITIDKFAIP NGRKVDLQLG NLGYLQSFNY RIDTTATSCQ LYYNLPAANV SVSRFNPSTW NKRFGFIENS VFKPQPAGVL TNHDVVYAQH CFKAPKNFCP CKLNSSLCVG SGPGKNNGIG TCPAGTNYLT CHNLCNPDPI TFTGPYKCPQ TKSLVGIGEH CSGLAVKSDY CGGNPCTCQP QAFLGWSADS CLQGDKCNIF ANLILHDVNS GLTCSTDLQK ANTDIKLGVC VNYDLYGISG QGIFVEVNAT YYNSWQNLLY DSNGNLYGFR DYITNRTFMI RSCYSGRVSA AFHANSSEPA LLFRNIKCNY VFNNSLIRQL QPINYFDSYL GCVVNAYNST AISVQTCDLT VGSGYCVDYS KNRRSRRAIT TGYRFTNFEP FTVNSVNDSL EPVGGLYEIQ IPSEFTIGNM EEFIQTSSPK VTIDCAAFVC GDYAACKSQL VEYGSFCDNI NAILTEVNEL LDTTQLQVAN SLMNGVTLST KLKDGVNFNV DDINFSSVLG CLGSECSKAS SRSAIEDLLF DKVKLSDVGF VAAYNNCTGG AEIRDLICVQ SYKGIKVLPP LLSENQISGY TLAATSASLF PPWTAAAGVP FYLNVQYRIN GLGVTMDVLS QNQKLIANAF NNALDAIQEG FDATNSALVK IQAVVNANAE ALNNLLQQLS NRFGAISSSL QEILSRLDPP EAEAQIDRLI NGRLTALNAY VSQQLSDSTL VKFSAAQAME KVNECVKSQS SRINFCGNGN HIISLVQNAP YGLYFIHFSY VPTKYVTAKV SPGLCIAGDR GIAPKSGYFV NVNNTWMYTG SGYYYPEPIT ENNVVVMSTC AVNYTKAPYV MLNTSTPNLP DFREELDQWF KNQTSVAPDL SLDYINVTFL DLQVEMNRLQ EAIKVLNGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGRSL EVLFQGPGHH HHHHHHSAWS HPQFEKGGGS GGGGSGGSAW SHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2321 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |