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万見
- EMDB-24947: Phencyclidine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24947
タイトルPhencyclidine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors
マップデータB-factor sharpened map
試料
  • 複合体: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE
機能・相同性
機能・相同性情報


pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / dendritic branch / conditioned taste aversion / regulation of respiratory gaseous exchange / protein localization to postsynaptic membrane ...pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / dendritic branch / conditioned taste aversion / regulation of respiratory gaseous exchange / protein localization to postsynaptic membrane / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / voltage-gated monoatomic cation channel activity / Synaptic adhesion-like molecules / NMDA glutamate receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / parallel fiber to Purkinje cell synapse / NMDA selective glutamate receptor complex / response to morphine / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / neuromuscular process / protein heterotetramerization / regulation of synapse assembly / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / glycine binding / regulation of axonogenesis / male mating behavior / regulation of dendrite morphogenesis / suckling behavior / startle response / response to amine / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / associative learning / monoatomic cation transport / social behavior / excitatory synapse / ligand-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / cellular response to glycine / positive regulation of dendritic spine maintenance / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / cellular response to manganese ion / phosphatase binding / glutamate receptor binding / long-term memory / regulation of neuron apoptotic process / prepulse inhibition / monoatomic cation channel activity / calcium ion homeostasis / glutamate-gated receptor activity / synaptic cleft / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception of pain / response to amphetamine / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / learning / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / visual learning / calcium channel activity / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / response to organic cyclic compound / cerebral cortex development / memory / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / calcium ion transport / rhythmic process / synaptic vesicle / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / dendritic spine / postsynaptic density / learning or memory
類似検索 - 分子機能
Gliding motility-associated protein, GldL / GldL N-terminal domain / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Gliding motility-associated protein, GldL / GldL N-terminal domain / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Gliding motility protein GldL
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chou T-H / Furukawa H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS111745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into binding of therapeutic channel blockers in NMDA receptors.
著者: Tsung-Han Chou / Max Epstein / Kevin Michalski / Eve Fine / Philip C Biggin / Hiro Furukawa /
要旨: Excitatory signaling mediated by N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) is critical for brain development and function, as well as for neurological diseases and disorders. Channel blockers of NMDARs ...Excitatory signaling mediated by N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) is critical for brain development and function, as well as for neurological diseases and disorders. Channel blockers of NMDARs are of medical interest owing to their potential for treating depression, Alzheimer's disease, and epilepsy. However, precise mechanisms underlying binding and channel blockade have remained limited owing to challenges in obtaining high-resolution structures at the binding site within the transmembrane domains. Here, we monitor the binding of three clinically important channel blockers: phencyclidine, ketamine, and memantine in GluN1-2B NMDARs at local resolutions of 2.5-3.5 Å around the binding site using single-particle electron cryo-microscopy, molecular dynamics simulations, and electrophysiology. The channel blockers form different extents of interactions with the pore-lining residues, which control mostly off-speeds but not on-speeds. Our comparative analyses of the three unique NMDAR channel blockers provide a blueprint for developing therapeutic compounds with minimal side effects.
履歴
登録2021年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年7月20日-
現状2022年7月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24947.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.76
最小 - 最大-6.5604362 - 10.756372
平均 (標準偏差)-0.0006551475 (±0.4414858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors

全体名称: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors
要素
  • 複合体: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE

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超分子 #1: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors

超分子名称: Hetero-tetrameric GluN1a-GluN2B NMDAR receptors / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.225883 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ASDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL QATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS ...文字列:
MSTMHLLTFA LLFSCSFARA ASDPKIVNIG AVLSTRKHEQ MFREAVNQAN KRHGSWKIQL QATSVTHKPN AIQMALSVCE DLISSQVYA ILVSHPPTPN DHFTPTPVSY TAGFYRIPVL GLTTRMSIYS DKSIHLSFLR TVPPYSHQSS VWFEMMRVYN W NHIILLVS DDHEGRAAQK RLETLLEERE SKAEKVLQFD PGTKNVTALL MEARELEARV IILSASEDDA ATVYRAAAML DM TGSGYVW LVGEREISGN ALRYAPDGII GLQLINGKNE SAHISDAVGV VAQAVHELLE KENITDPPRG CVGNTNIWKT GPL FKRVLM SSKYADGVTG RVEFNEDGDR KFAQYSIMNL QNRKLVQVGI YNGTHVIPND RKIIWPGGET EKPRGYQMST RLKI VTIHQ EPFVYVKPTM SDGTCKEEFT VNGDPVKKVI CTGPNDTSPG SPRHTVPQCC YGFCIDLLIK LARTMQFTYE VHLVA DGKF GTQERVQNSN KKEWNGMMGE LLSGQADMIV APLTINNERA QYIEFSKPFK YQGLTILVKK EIPRSTLDSF MQPFQS TLW LLVGLSVHVV AVMLYLLDRF SPFGRFKVNS EEEEEDALTL SSAMWFSWGV LLNSGIGEGA PRSFSARILG MVWAGFA MI IVASYTANLA AFLVLDRPEE RITGINDPRL RNPSDKFIYA TVKQSSVDIY FRRQVELSTM YRHMEKHNYE SAAEAIQA V RDNKLHAFIW DSAVLEFEAS QKCDLVTTGE LFFRSGFGIG MRKDSPWKQQ VSLSILKSHE NGFMEDLDKT WVRYQECDS RSNAPATLTF ENMAGVFMLV AGGIVAGIFL IFIEIAYKRH KDANGAQ

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 98.888945 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGTMRLFLLA VLFLFSFARA TGWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GALVPRGRSQ KSPPSIGIAV ILVGTSDEVA IKDAHEKDD FHHLSVVPRV ELVAMNETDP KSIITRICDL MSDRKIQGVV FADDTDQEAI AQILDFISAQ TLTPILGIHG G SSMIMADK ...文字列:
MGTMRLFLLA VLFLFSFARA TGWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GALVPRGRSQ KSPPSIGIAV ILVGTSDEVA IKDAHEKDD FHHLSVVPRV ELVAMNETDP KSIITRICDL MSDRKIQGVV FADDTDQEAI AQILDFISAQ TLTPILGIHG G SSMIMADK DESSMFFQFG PSIEQQASVM LNIMEEYDWY IFSIVTTYFP GYQDFVNKIR STIENSFVGW ELEEVLLLDM SL DDGDSKI QNQLKKLQSP IILLYCTKEE ATYIFEVANS VGLTGYGYTW IVPSLVAGDT DTVPSEFPTG LISVSYDEWD YGL PARVRD GIAIITTAAS DMLSEHSFIP EPKSSCYNTH EKRIYQSNML NRYLINVTFE GRNLSFSEDG YQMHPKLVII LLNK ERKWE RVGKWKDKSL QMKYYVWPRM CPETEEQEDD HLSIVTLEEA PFVIVESVDP LSGTCMRNTV PCQKRIISEN KTDEE PGYI KKCCKGFCID ILKKISKSVK FTYDLYLVTN GKHGKKINGT WNGMIGEVVM KRAYMAVGSL TINEERSEVV DFSVPF IET GISVMVSRSN GTVSPSAFLE PFSADVWVMM FVMLLIVSAV AVFVFEYFSP VGYNRCLADG REPGGPSFTI GKAIWLL WG LVFNNSVPVQ NPKGTTSKIM VSVWAFFAVI FLASYTANLA AFMIQEEYVD QVSGLSDKKF QRPNDFSPPF RFGTVPNG S TERNIRNNYA EMHAYMGKFN QRGVDDALLS LKTGKLDAFI YDAAVLNYMA GRDEGCKLVT IGSGKVFAST GYGIAIQKD SGWKRQVDLA ILQLFGDGEM EELEALWLTG ICHNEKNEVM SSQLDIDNMA GVFYMLGAAM ALSLITFICE HLFYWQFRHS FMG

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE

分子名称: 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 1PC
分子量理論値: 243.387 Da
Chemical component information

ChemComp-1PC:
1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE / フェンシクリジン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 285 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163971
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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