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- EMDB-24943: Structure of a monomeric photosystem II core complex from a cyano... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24943
タイトルStructure of a monomeric photosystem II core complex from a cyanobacterium acclimated to far-red light
マップデータMonomeric photosystem II core complex from, sharpened
試料
  • 複合体: Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red light
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 15種
キーワードPhotosystem II / far-red light photoacclimation / chlorophyll f / chlorophyll d / bicarbonate / photoactivation / photosynthesis / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / : ...oxygen evolving activity / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 ...Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem q(B) protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gisriel CJ / Bryant DA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM140174 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structure of a monomeric photosystem II core complex from a cyanobacterium acclimated to far-red light reveals the functions of chlorophylls d and f.
著者: Christopher J Gisriel / Gaozhong Shen / Ming-Yang Ho / Vasily Kurashov / David A Flesher / Jimin Wang / William H Armstrong / John H Golbeck / Marilyn R Gunner / David J Vinyard / Richard J ...著者: Christopher J Gisriel / Gaozhong Shen / Ming-Yang Ho / Vasily Kurashov / David A Flesher / Jimin Wang / William H Armstrong / John H Golbeck / Marilyn R Gunner / David J Vinyard / Richard J Debus / Gary W Brudvig / Donald A Bryant /
要旨: Far-red light (FRL) photoacclimation in cyanobacteria provides a selective growth advantage for some terrestrial cyanobacteria by expanding the range of photosynthetically active radiation to include ...Far-red light (FRL) photoacclimation in cyanobacteria provides a selective growth advantage for some terrestrial cyanobacteria by expanding the range of photosynthetically active radiation to include far-red/near-infrared light (700-800 nm). During this photoacclimation process, photosystem II (PSII), the water:plastoquinone photooxidoreductase involved in oxygenic photosynthesis, is modified. The resulting FRL-PSII is comprised of FRL-specific core subunits and binds chlorophyll (Chl) d and Chl f molecules in place of several of the Chl a molecules found when cells are grown in visible light. These new Chls effectively lower the energy canonically thought to define the "red limit" for light required to drive photochemical catalysis of water oxidation. Changes to the architecture of FRL-PSII were previously unknown, and the positions of Chl d and Chl f molecules had only been proposed from indirect evidence. Here, we describe the 2.25 Å resolution cryo-EM structure of a monomeric FRL-PSII core complex from Synechococcus sp. PCC 7335 cells that were acclimated to FRL. We identify one Chl d molecule in the Chl position of the electron transfer chain and four Chl f molecules in the core antenna. We also make observations that enhance our understanding of PSII biogenesis, especially on the acceptor side of the complex where a bicarbonate molecule is replaced by a glutamate side chain in the absence of the assembly factor Psb28. In conclusion, these results provide a structural basis for the lower energy limit required to drive water oxidation, which is the gateway for most solar energy utilization on earth.
履歴
登録2021年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sa3
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24943.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Monomeric photosystem II core complex from, sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.058870178 - 0.12884623
平均 (標準偏差)0.00009027467 (±0.00198104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-140-140-140
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0590.1290.000

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添付データ

-
追加マップ: Monomeric photosystem II core complex from, unsharpened

ファイルemd_24943_additional_1.map
注釈Monomeric photosystem II core complex from, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red...

全体名称: Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red light
要素
  • 複合体: Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red light
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem q(B) protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL D
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red...

超分子名称: Monomeric photosystem II from cyanobacteria acclimated to far-red light
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem q(B) protein

分子名称: Photosystem q(B) protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 40.111781 KDa
配列文字列: MTTISTRPTS RFPTWDRFCN WVTSTENRLY IGWFGVLMLP LLGVSITVFV TAFIAAPPVD IDGIREPLSG SLLYGNNIIT AAVVPTSNA IGLHFYPIWE AATLDEWLYN GGPYQMIAFH YIPALLCYLG REWELSYRLG MRPWICIAYS APVAATISVF L IYPIGQGS ...文字列:
MTTISTRPTS RFPTWDRFCN WVTSTENRLY IGWFGVLMLP LLGVSITVFV TAFIAAPPVD IDGIREPLSG SLLYGNNIIT AAVVPTSNA IGLHFYPIWE AATLDEWLYN GGPYQMIAFH YIPALLCYLG REWELSYRLG MRPWICIAYS APVAATISVF L IYPIGQGS FSDGLPMGIS GTFNFMFVFQ AEHNILMHPF HMLGVAGVLG GSLFCAMHGS LVTSSLVRET SDSQSQNEGY KF GQEEETY NILAAHGYFG RLIFQYASFN NSRQLHFFLA AWPVVCIWFV ALGISTMAFN LNGFNFNHSV LDSQGRVLPS WAD VVNRAS LGFEVMHERN AHNFPLDLAS GESVQVAMRA PHIGA

UniProtKB: Photosystem q(B) protein

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 56.44098 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT SVLNDPGRLI AVHIMHNALC AGFAGSMLLF ELALFDPSDP VLNPMWRQGC FLMPFVSRLG VVNSWQGWSV TGETFTNPG FWTFETVAIA HIIFSGLSFL AACWHWVYWD VATFFDPKTD EPVIDLPKVF GIHLTLAGIL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV ...文字列:
MGLPWYRVHT SVLNDPGRLI AVHIMHNALC AGFAGSMLLF ELALFDPSDP VLNPMWRQGC FLMPFVSRLG VVNSWQGWSV TGETFTNPG FWTFETVAIA HIIFSGLSFL AACWHWVYWD VATFFDPKTD EPVIDLPKVF GIHLTLAGIL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV SDPLGLTGHI QGVAPEWGAA GFDPHNPGGV VAHHIALGIV AIIGGLFHIF VRPPEYLYKG LRMGNIEGTL AS GLAVFFS GAFIAAGTMW YGTATTPIEL WGPTRYQWDQ GFFQQAISRQ VKASISDGKS PSEAWSEIPT KLAFYDYIGN SPA KGGLFR VGRMVDGDGL PTGWLGHPVF KDGEGRELTV RRMPNFFENF PVVLFDQDGI VRADIPFRQA ESKYGIEQTG VTVS FYGGE LDGQTFSDPK DVKKYARRAQ LGEPFEFDRS VYDSDGLFRT SNRGFFAFFH VIFGLLWFFG HIWHGLRALF QDVFS GIDP SLSAEQVEWG YFKKVGDPTS QQTPA

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 52.375664 KDa
配列文字列: METPLETIPD LSLSPTAEVG SILAPASPGY DEATSGYAWW AGNARLITPE LTGRFLGAHV AHAGLVALWA GGMLLFEVSH FNLSKPMYE QGCILMPHIA TLGIGVGQSG EITSMFPFFA IGVAHLIGSA VLGIGGMYHA IKGPEKLYGF FQFDWTDRAK V AQILGFHI ...文字列:
METPLETIPD LSLSPTAEVG SILAPASPGY DEATSGYAWW AGNARLITPE LTGRFLGAHV AHAGLVALWA GGMLLFEVSH FNLSKPMYE QGCILMPHIA TLGIGVGQSG EITSMFPFFA IGVAHLIGSA VLGIGGMYHA IKGPEKLYGF FQFDWTDRAK V AQILGFHI AILGIFALLF AAKAMYWGGL YDPWAPGGGD VRLVTNPTLD PRIIFGYLIK RPTGGEGWIV SVNNLEDIIG GH IWIGCIL IAGGIWHILV PPLRWTYNLF PWTGETYLSQ SLGNVAGQAF IAAAFIWFNN TAYPSVFYGP TVPESSQAQS FVF LMRDQG MGADVASAQG PTGLGKYLQR SPTGEIIFGG ETMRFWDARA PWLEPLRGKN GLDLDKLQHD VQPWQLRRAA EYMT HSPIG SLNSVAGLAT ESNAFNYVSP RTWLASAHFI FGFFFLVGHL WHAGRARAAA AGFETGLDRE DEPVLSMAPI DPSLR SD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 39.596496 KDa
配列文字列: MTITMGSLGS ARDWIKQLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC SFLAIGAWFT GTTFVTSWYT HGLVSSYLEG CNFLTVAVST PAESMGHSL LLLWGPEASG DFVRWCQIGG LWTFTALHGV FGLIGFMLRQ IEIARLVGIR PYNAIAFSAP IAVYCATFLI Y PLGQSSWF ...文字列:
MTITMGSLGS ARDWIKQLDD WLKRDRFVFI GWSGLLLFPC SFLAIGAWFT GTTFVTSWYT HGLVSSYLEG CNFLTVAVST PAESMGHSL LLLWGPEASG DFVRWCQIGG LWTFTALHGV FGLIGFMLRQ IEIARLVGIR PYNAIAFSAP IAVYCATFLI Y PLGQSSWF FGPGFGVSAI FRFLLFFQGF HNYTLNPFHM MGVTGVLGGA LLCAIHGATV QNTLFRDNQS KNTFKGFSTD QG EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGMA GLAFNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGLR AWLSEMDQPA KKFVFPDEVL PRGFSE

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 9.136276 KDa
配列文字列:
MAGVTGERPF GDIVTSVRYW IIHSITIPAL FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPNEYYPSNQ MELPIVDDRY NPDRTLKYQD

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 5.02396 KDa
配列文字列:
MTNIGREQPI SYPIFTIRWL AIHALAIPSV FFLGSIAAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 4.229917 KDa
配列文字列:
MVTLKIVVYL TVSFFVGLFI FGFLSGDPAR NPSGRDFD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア) / 株: ATCC 29403 / PCC 7335
分子量理論値: 5.069053 KDa
配列文字列:
MDVAFLVAEL PEAYRAFGPL IDVLPILPIF FLLLAFVWQA SVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #9: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
分子量理論値: 1.975426 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #10: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #11: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 28 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #13: CHLOROPHYLL D

分子名称: CHLOROPHYLL D / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: CL7
分子量理論値: 895.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D

+
分子 #14: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #16: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #17: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

+
分子 #18: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #19: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #20: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #21: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #23: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #24: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 230 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3wu2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 315307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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